caffe编译遇到的问题（持续更新）

caffe编译遇到的问题（持续更新）

1:错误：

    .build_release/tools/caffe: error while loading shared libraries: libhdf5.so.10: cannot open shared object file: No such file    or directory
解决：

echo "export LD_LIBRARY_PATH=/home/abc/anaconda2/lib:$LD_LIBRARY_PATH" >>~/.bashrc

2.错误：

/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopencv_highgui.so：对‘TIFFOpen@LIBTIFF_4.0’未定义的引用

/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopencv_highgui.so：对‘TIFFReadEncodedStrip@LIBTIFF_4.0’未定义的引用

/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopencv_highgui.so：对‘TIFFSetField@LIBTIFF_4.0’未定义的引用

/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopencv_highgui.so：对‘TIFFSetWarningHandler@LIBTIFF_4.0’未定义的引用

/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopencv_highgui.so：对‘TIFFSetErrorHandler@LIBTIFF_4.0’未定义的引用

collect2:错误：ld返回1

make:*** [.build_release/tools/extract_features.bin]错误1

解决：

这个可能是权限问题，采用以下指令：
sudo su；
make all ；
make test ；
make runtest ；
make pycaffe；
一切都能顺利解决

3.错误：

编译matlab是会遇到错误，由于matlab版本不同而支持的编译器版本不同，所以会出现问题。

Matlab2014a（2015a）的版本是支持版本4.7.x所以在使用matlab调用mex文件的时候，基本上都会报错，根据报错信息，考虑如下两步解决方案。

1.降级安装gcc/g++版本为4.7.x

(1).下载gcc/g++4.7.x

1. $ sudo apt-get install -y gcc-4.7  

2. $ sudo apt-get install -y g++-4.7  

(2).链接gcc/g++实现降级

1. $ cd /usr/bin  

2. $ sudo rm gcc  

3. $ sudo ln -s gcc-4.7 gcc  

4. $ sudo rm g++  

5. $ sudo ln -s g++-4.7 g++  

3.验证版本

1. gcc  -v 

之后再进行编译

4.错误：

python/caffe/_caffe.cpp:1:52:致命错误：Python.h：没有那个文件或目录

编译中断。

make:*** [python/caffe/_caffe.so]错误1

解决：

执行：sudofind / -name 'Python.h'找到他的路径，

在Makefile.config的PYTHON_INCLUDE加上/home/abc/anaconda2/include/python2.7\（路径是自己的）

5.错误：import caffe时：

ImportError:No module named skimage.io

解决办法：

可能是我们没有安装所谓的skimage.io模块，所以可以用以下的命令来安装：

easy_installscikit-image

pipinstall scikit-image

关掉终端，重新进入再编译

6.错误：

importcaffe

Traceback(most recent call last):

File"<stdin>", line 1, in <module>

ImportError:No module named caffe

解决：

echo'export PATH="/home/abc/caffe-master/python:$PATH"' >>~/.bashrc

source~/.bashrc

关掉终端，重新进入再编译

7.错误：

InvalidMEX-file'/home/abc/caffe-master/matlab/+caffe/private/caffe_.mexa64':libhdf5.so.10: cannot open

sharedobject file: No such file or directory

解决：

在linux下输入：

ldd /home/abc/caffe-master/matlab/+caffe/private/caffe_.mexa64

在matlab的命令窗口输入：

!ldd /home/abc/caffe-master/matlab/+caffe/private/caffe_.mexa64 /home/abc/caffe-master/matlab/+caffe/private/caffe_.mexa64

看看哪个文件没有找到依赖项。我的是libhdf5.so.10他nofound然后再看看在linux下他的默认链接是哪一个：

libhdf5.so.10=> /home/abc/anaconda2/lib/libhdf5.so.10

然后：

sudo cp /home/abc/anaconda2/lib/libhdf5.so.10 /usr/lib/x86_64-linux-gnu

再在matlab窗口下看他又没有找到，一般就可以了。

這個命令

strings /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX

的結果是：

GLIBCXX_3.4.19
GLIBCXX_3.4.20
GLIBCXX_3.4.21
GLIBCXX_DEBUG_MESSAGE_LENGTH

8.错误：

Checkfailed: error == cudaSuccess (2 vs. 0) out of memory

***Check failure stack trace: ***

@ 0x7fcd92132daa (unknown)

解决：

一次性读入的图片太多了，所以就超出了显存。因此需要将train.prototxt中的文件train和test的batch_size调小一点。

9.错误：

在生成lmdb时：

E0502 00:10:19.496055  5957 io.cpp:80] Could not open or find file /home/abc/caffe-master/data/mushroom/test1/2__09.png 0

解决方案：

1.检查数据图像存放的路径是否填写正确

2.在txt文件里面，图像路径与图像标签是否用空格” “分隔，“\t”分隔会出现此类错误（caffe版本更新，改变了分隔符号）

10.错误：

安装ubuntu14.04之后做的第一件事就是更新源，于是从网上找到来网易的源，结果更新后出现如下错误：W: 无法下载 http://mirrors.163.com/ubuntu/dists/trusty-security/main/binary-i386/Packages  Hash 校验和不符

W: 无法下载 http://mirrors.163.com/ubuntu/dists/trusty-security/universe/binary-i386/Packages  Hash 校验和不符。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。

解决：

更新软件源

11.升级gcc

首先添加ppa到库：

1 sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test2 sudo apt-get update

如果提示未安装，还需要先安装它的包：

1 sudo apt-get install software-properties-common

安装g++4.9

sudo apt-getinstallgcc-4.9 g++-4.9

（非必须）现在可以考虑刷新一下，否则比如locate等命令，是找不到新版本文件所在目录的：

1 sudo updatedb && sudo ldconfig2 locate gcc

如果是阿里云ECS等做了限制的或者是其他奇怪的系统上，你会发现 gcc -v 显示出来的版本还是gcc-4.8的，因此需要更新一下链接：

update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.9 49 \ --slave /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-4.9 \ --slave /usr/bin/gcc-ar gcc-ar /usr/bin/gcc-ar-4.9 \--slave /usr/bin/gcc-nm gcc-nm /usr/bin/gcc-nm-4.9 \ --slave /usr/bin/gcc-ranlib gcc-ranlib /usr/bin/gcc-ranlib-4.9

更新链接不仅仅是为了使用新安装的gcc版本，更重要的是以后可以随时切换。

不是要一股脑全复制粘贴进控制台运行。要注意反斜杠(\)前要有空格，因为它只提供换行的功能。

于是到这里升级gcc版本就已经完成了。

参考连接：http://www.linuxidc.com/Linux/2016-02/128327.htm

12。问题：

Makefile:588: recipe for target ‘.build_release/cuda/src/caffe/layers/embed_layer.o’ failed
make: * [.build_release/cuda/src/caffe/layers/embed_layer.o] Error 1
/usr/include/string.h: In function ‘void* __mempcpy_inline(void*, const void*, size_t)’:
/usr/include/string.h:652:42: error: ‘memcpy’ was not declared in this scope
return (char *) memcpy (__dest, __src, __n) + __n;

这个问题疑似跟Ubuntu16.04的版本有关系，google到一个方法：在caffe的Makefile里面第409行（我的）

NVCCFLAGS += -ccbin=$(CXX) -Xcompiler -fPIC $(COMMON_FLAGS)

更改为

NVCCFLAGS += -D_FORCE_INLINES -ccbin=$(CXX) -Xcompiler -fPIC $(COMMON_FLAGS)

13. ubuntu16.04配置MATLAB2016amatest问题：

在修改makefile里面的CXXFLAGS（大约410行），添加CXXFLAGS += -std=C++11后，直接 make matcaffe 。最后编译成功。

14.问题：

刚开始我是直接在终端输入：

[plain] view plain copy

1. export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/:/usr/local/cuda-8.0/lib64    
2. export LD_PRELOAD=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopencv_highgui.so.2.4:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopencv_imgproc.so.2.4:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopencv_core.so.2.4:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfreetype.so.6 

然后再 make mattest 成功，但是关掉终端后再打开测试还是会有同样的错误，于是我就直接在系统文件里面加入路径。

首先终端输入：

[plain] view plain copy

1. sudo gedit ~/.bashrc  

然后把如下两个路径加到文件最下面。

[plain] view plain copy

1. export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/:/usr/local/cuda-8.0/lib64    
2. export LD_PRELOAD=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopencv_highgui.so.2.4:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopencv_imgproc.so.2.4:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopencv_core.so.2.4:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfreetype.so.6    

保存 退出，重启电脑。make mattest成功了。

15.import caffe时错误提示

错误提示：ImportError: No module named skimage.io

解决方法：

直接使用终端安装：

pip install -U scikit-image

如果提示不识别   pip  命令，在Ubuntu14.04（64bit）下，使用下面命令安装pip包管理软件，也可以使用新立得软件包搜索“scikit-image”安装。

wget https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py --no-check-certificate

sudo python get-pip.py16MATLAB_DIR must be specified in Makefile.config to build matcaffe.make: *** [matlab/+caffe/private/caffe_.] 错误 1
解决方法：打开caffe-master 文件夹下的Makefile.config文件，找到有MATLAB_DIR：所在行：# MATLAB_DIR := /usr/local/MATLAB/R2014a，将该行的注释去掉。完美解决！
17.问题
symbol lookup error: /home/caffe/anaconda/lib/libreadline.so.6: undefined symbol: PC – caffe安装错误解决办法：
先执行命令locate libreadline.so.6 然后会发现比如系统目录下：/lib/x86_64-Linux-gnu/libreadline.so.6会有这个文件
然后cp /lib/x86_64-linux-gnu/libreadline.so.6 ~/anaconda/lib
完美解决！
18 问题：/home/abc/anaconda2/lib/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required by /home/abc/caffe-1/.build_release/tools/../lib/libcaffe.so.1.0.0)。执行：$ strings /home/abc/anaconda3/bin/../lib/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX  会发现：GLIBCXX_3.4.。。。GLIBCXX_3.4.19GLIBCXX_FORCE_NEWGLIBCXX_DEBUG_MESSAGE_LENGTH没有3.4.20　　解决办法：$ conda install libgcc安装后：$ strings /home/abc/anaconda3/bin/../lib/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX 结果：GLIBCXX_3.4.19GLIBCXX_3.4.20GLIBCXX_3.4.21解决！19.问题：在caffe的make run test时error while loading shared libraries: libcudnn.so.5: cannot open shared object file: No such file or 
directory
解决：
1. export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-8.0/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
2. $ sudo echo "/usr/local/cuda-8.0/lib64" > /etc/ld.so.conf.d/cuda.conf3. $ sudo ldconfig
20.问题：>>> import caffe
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named 'caffe'
解决：export PYTHONPATH=/home/abc/caffe-master/python:$PYTHONPATH
21.“fatal error: hdf5.h: 没有那个文件或目录”解决方法
Step 1
在Makefile.config文件的第85行，添加/usr/include/hdf5/serial/ 到 INCLUDE_DIRS，也就是把下面第一行代码改为第二行代码。
INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include
INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include /usr/include/hdf5/serial/Step 2
在Makefile文件的第173行，把 hdf5_hl 和hdf5修改为hdf5_serial_hl 和 hdf5_serial，也就是把下面第一行代码改为第二行代码。
LIBRARIES += glog gflags protobuf boost_system boost_filesystem m hdf5_hl hdf5
LIBRARIES += glog gflags protobuf boost_system boost_filesystem m hdf5_serial_hl hdf5_serial
22. blob size exceeds INT_MAX:
    hdf5过大问题