atat 编译安装测试说明

来源：互联网发布：ubuntu grub rescue 编辑：程序博客网时间：2024/05/18 01:48

科学计算软件编译安装方法说明 --- atat 篇（提供免费测试QQ 178068275）

官网地址：

http://www.brown.edu/Departments/Engineering/Labs/avdw/atat/

截止目前（2017.5.4）最新版本：

http://www.brown.edu/Departments/Engineering/Labs/avdw/atat/atat3_23.tar.gz

1. 什么是atat？

ATAT is a generic name that refers to a collection of alloy theory tools developped by Axel van de Walle, in collaboration with various research groups and with various sources of financial support.
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2. atat编译环境

Intel Compiler /GNU Compiler + MPI Compiler

3. 安装 Intel Compiler 编译器，设置编译环境

如果使用的是Intel的CPU，建议使用Intel的编译器。

详细安装方法参见博客相关文章。

例如使用TH-1A的Intel 2013编译器编译lammps，可以加载如下环境变量：

source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/bin/iccvars.sh intel64    source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/bin/ifortvars.sh intel64  source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/mkl/bin/mklvars.sh intel64

4.安装 MPI Compiler，设置编译环境

编译并行版的程序需要并行编译器，例如MPI并行的程序需要MPI编译器，常用的MPI例如Intel MPI 、MPICH 、OPENMPI等。

不同的机器可能针对自身硬件进行MPI优化，天河系统的MPI是基于开源MPICH进行的二次开发优化，进而支持性能卓越的天河自主高速互联网络。

详细安装方法参见博客相关文章。

例如使用TH-1A的Intel 2013编译器编译的mpich，可以加载如下环境变量：

export MPI_HOME=/usr/local/mpi-intel2013    export PATH=$MPI_HOME/bin:$PATH    export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH

5.编译atat

tar atat3_23.tar.gzcd atatvim makefile  #BINDIR=$HOME/bin  BINDIR="/path/to/install/atat/bin"  # 修改安装目录  #for g++ compiler on all platforms  #CXX=g++  CXX=icpc # 修改编译器  #for MPI: limited implementation at this point  #MPICXX=mpiCC -DATAT_MPI  MPICXX=mpicxx -DATAT_MPI # 修改编译器make allmake install

6.配置~/ezvasp.rc

#!/bin/csh#enter name of vasp executable hereset VASPCMD=/path/to/bin/vasp # 设置vasp可执行程序#enter the directories containing the pseudopotentials hereset POTLDA="/path/to/pot_lad" # 设置为实际的路径set POTGGA="/path/to/pot_gga"set POTPAWLDA="/path/to/paw_lda"set POTPAWGGA="/path/to/potpaw_gga"set POTPAWPBE="/path/to/potpaw_pbe"

备注：

如果是使用例如TH-1A系统，那么VASPCMD命令请修改为实际申请计算资源时候的命令，例如：

set VASPCMD="yhrun -N 2 -n 24 -p debug /path/to/bin/vasp"

7.配置输入文件（举例）

输入文件：

lat.in

3.394820 0.000000 0.0000000.000000 3.394820 0.0000000.000000 0.000000 3.3948200.500000 0.500000 0.5000000.500000 -0.500000 0.5000000.500000 0.500000 -0.5000000.000000 0.000000 0.000000 Al,Ti

vasp.wrap

[INCAR]PREC = highISMEAR = -1SIGMA = 0.1NSW=41IBRION = 2ISIF = 3KPPRA = 1000DOSTATICUSEPOT = PAWPBE

8.编写提交脚本（举例）

sub.sh

#!/bin/bashexport PATH=/path/to/install/atat/bin:$PATHexportrm -rf ~/.machines.rcmaps -d &touch readysleep 5cd 0runstruct_vaspcd ..pollmach runstruct_vasp

9.提交脚本

yhbatch -N 2 -n 24 -p debug sub.sh

欢迎交流！

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