openslide安装教程

首先说明：我使用openslide-matlab主要是为了处理全扫病理图像，提取数据集，由于全扫描的病理图像其数据量非常大，处理不方便，需要依赖openslide。下面就将介绍具体步骤：
matlab版本openslide安装
1.下载openslide-matlab的包，github上有https://github.com/fordanic/openslide-matlab
2.run openslide-matlab中的openslide-load-library.m文件
出现报错：libopenslide.so.0 not availiable on the MATLAB path
解决方法：locate libopenslide.so.0 找到文件在机子中的位置（’/usr/loacl/lib/libopenslide.so.0’）
将openslide-load-library.m文件中第45行换成libopenslide.so.0的地址
3.继续 run opendslide-load-library.m 会出现libopenslide.h not availiable on the MATLAB path
解决方法：locate libopenslide.h
在第53行改为：openslideHeaderLocation=（‘/usr/local/include/opendslide/openslide.h’)；
4.继续run opendslide-load-library.m就会没有问题了
5.测试：run openslide-example.m应该就会没有问题了

补充说明：在第二步的时候可能会没有用还会说找不到
解决方法：将第47行改为：if isempty(‘/usr/loacl/lib/libopenslide.so.0’)

python版本的openslide安装：
1.下载openslide，进行解压
2.安装一些必要的安装库：zlib, libpng, libjpeg, libtiff, OpenJPEG 1.x or >= 2.1,GDK-PixBuf, libxml2, SQLite >= 3.6.20, cairo >= 1.2, and glib >= 2.16
3.命令安装这些库：
1. sudo apt-get install libopenjpeg-dev libsqlite3-dev
2. sudo apt-get install openslide-tools
3. sudo apt-get install python-openslide
4. sudo apt-get install python3-openslide

4.进入到openslide的下面
（1）cd到文件夹下面
（2）./configure
1. make
2. make install
按照步骤安装
5.测试
1. import openslide
2. import numpy
3. import matplotlib.pyplot as plt
4.
5. slide = openslide.open_slide(“/xxx.tif”)
6. ds = slide.level_downsamples
7. for i in xrange(slide.level_count):
8. size = int(4096*(ds[0]/ds[i]))
9. tile = numpy.array(slide.read_region((300,1100), i, (size,size) ))
10. plt.figure()
11. plt.imshow(tile)
12. plt.show()

在和Python结合的时候注意一些python依赖库的安装，在.py文件当中，import导入库的时候出现红色波浪线说明没有此库需要安装，安装方法：
pip install 库名