python实例1--获取序列名称和序列

O00626|HUMAN Small inducible cytokine A22.
MARLQTALLVVLVLLAVALQATEAGPYGANMEDSVCCRDYVRYRLPLRVVKHFYWTSDS<=
CPRPGVVLLTFRDKEICADPR
VPWVKMILNKLSQ
获取序列名称和序列

#!/usr/bin/python#打开文件，fh是句柄名fh = open('./seqA.fas')myfile = fh.read()#read函数将整个文本读成一个字符串name = myfile.split('\n')[0][5:]#用回车作为分隔符，[0]是选取分割后的第1项，[5:]取第六个字符以后的，下标从0开始seq = ''.join(myfile.split('\n')[1:])#''内是连接符，[1:]是取分割后的第2个及以后print("the name is: %s"%name)#注意：这里没有逗号print("the seq is: %s"%seq)fh.close()#关闭

运行结果：
the name is: O00626|HUMAN Small inducible cytokine A22.
theseqis:MARLQTALLVVLVLLAVALQATEAGPYGANMEDSVCCRDYVRYRLPLRVVKHFYWTSDS<=CPRPGVVLLTFRDKEICADPRVPWVKMILNKLSQ
问题：read()函数一次读取文件，需要足够的可用内存
******************************* 改进 *************************************
用readline()来读取一行

#!/usr/bin/pythonfh = open('./seqA.fas')#readline只读取一行（含回车）,这里是第一行，读取后就是字符串了，[1:-1]取第二个到倒数第二个，-1是最后一个，但是这里不包括最后name = fh.readline()[1:-1]seq = ""for line in fh:        seq += line.replace('\n','')print "name: %s"%nameprint "seq: %s"%seqfh.close()

技巧：去掉回车符

 line = f.readline() line = line[:-1]