Amber16和AmberTools16在CentOS 7下GPU加速版的安装

来源：互联网发布：电脑microsoft windows 编辑：程序博客网时间：2024/06/05 17:49

AMBER分子动力学程序包是由加州圣弗兰西斯科大学(University of California San Francisco,UCSF)的Peter A Kollman和其同事编写的，程序很全，大约包含60多个程序，相互协调工作。现在已经发展到版本17。AMBER功能涵盖种类非常多的生物分子，包括蛋白、核算以及药物小分子。

硬件环境：

编译依赖

yum install gcc                  #安装gccyum install g++                  #安装g++yum install gfortran             #安装gfortranyum install flex                 #安装flexyum install cmake                #安装cmakeyum install bzip2-devel

编译安装Amber16和AmberTools

tar xvjf AmberTools16.tar.bz2tar xvjf Amber16.tar.bz2 cd amber16/./configure --no-updates gnu test -f /home/Aspirin/amber/amber16/amber.sh && source /home/Aspirin/amber/amber16/amber.shmake cleanmake install./configure -cuda -mpi --no-updates gnutest -f /home/Aspirin/amber/amber16/amber.sh && source /home/Aspirin/amber/amber16/amber.shmake cleanmake installcd testmake test

配置环境变量

gedit  ~/.bashrc    #打开 bashrc文件              #install amber16export AMBERHOME=/home/aspirin/amber/amber16export PATH=AMBERHOME/bin:$PATHsource /home/aspirin/amber/amber16/amber.shsource ~/.bashrc  #source 后立即生效

运行效果

仅供参考！

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