R语言将层次聚类中的树分成簇
来源:互联网 发布:洗数据 编辑:程序博客网 时间:2024/05/18 22:13
说明
在聚类树图中可以观测到聚类的层次,但是仍然得不到组的信息,不过我们可以定义一个聚类树图会拥有多少个簇,并控制树的高度以便将树分成不同的组。
操作
接上节的数据hc
将数据分成四组
fit = cutree(hc,4)
检查数据的簇标签
fit [1] 1 1 2 1 2 1 2 2 1 1 1 2 2 1 1 1 2 1 2 3 4 3 4 3 3 4 4 3 4 4 4 3 3 3 4 4 3 4 4 4 4 4 4 4 3 3 4 4 4 3 4 3 3 4 4 4 3 4 4 3
统计每一个簇中的对象数
table(fit)fit 1 2 3 4 11 8 16 25
使用红色矩形框可视化矩形的簇
plot(hc,hang = -0.01,cex =0.7)rect.hclust(hc,k=4,border = "red")
除了使用红色矩形来框来界定簇,还可以使用它对单独某个簇进行标记:
plot(hc,hang = -0.01,cex =0.7)rect.hclust(hc,k = 4,which = 2,border = "red")
标记特定簇
还可以调用dendextend包,使用不同的颜色来绘制红色矩形框的各个不同聚簇。
根据分支所在的不同簇,对其涂色
library(dendextend)#deletedend %>% color_branches(k=4) %>% plot(horiz = TRUE,main = "Horizontal Dendrogram")
不同簇不同色
在这些簇周围添加红色矩形框
dend %>% color_branches(k=4) %>% plot(horiz = TRUE,main = "Horizontal Dendrogram")dend %>% rect.dendrogram(k=4,horiz = TRUE)
最后,在图中添加一条切割线来展示对树的操作结:
dend %>% color_branches(k=4) %>% plot(horiz = TRUE,main = "Horizontal Dendrogram")dend %>% rect.dendrogram(k=4,horiz = TRUE)abline(v = heights_per_k.dendrogram(dend)["4"] + .1,lwd = 2,lty = 2,col = "blue")
水平聚类树中绘制分割线
阅读全文
0 0
- R语言将层次聚类中的树分成簇
- 层次聚类--R
- R语言使用层次聚类处理数据
- R语言 : 层次聚类分析
- R语言实现层次聚类分析
- 基于层次的聚类----AGNES算法使用(R语言)
- 基于层次的聚类----AGNES算法使用(R语言)
- R语言之系统聚类(层次)分析之图谱形式完整版
- 基于R语言的聚类分析(k-means,层次聚类)
- R语言-AHP层次分析法
- R语言聚类
- 全面了解R语言中的k-means如何聚类?
- C语言中的名字层次
- R聚类算法-层次聚类算法
- R WGCNA基础(2)——层次聚类
- R语言中的类和对象
- R语言中的色彩
- R语言中的SVM
- HTML5 inline-block和float的共性和区别
- Nginx反向代理和负载均衡部署指南
- 用git命令克隆github项目
- mysql使用binlog恢复使用delete误删的数据
- WIN7右键在目录当前打开命令行Cmd窗口
- R语言将层次聚类中的树分成簇
- 几点感想-20170611
- spark源码之sparkEnv(1)RPC通信
- Java实现-打劫房屋2
- 拓扑排序
- leetcode 260. Single Number III
- Problem C
- android开发艺术探索 学习笔记(二) Activity的启动模式
- eclipsed的C/C++环境配置