Rosalind-DNA互补链
来源:互联网 发布:圣玛瑜伽 知乎 编辑:程序博客网 时间:2024/04/29 08:55
Rosalind——生物信息刷题库,用编程解决问题
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R
方案1
strsplit+chartr+paste
dna <- "AAAACCCGGT"bp <- strsplit(dna,"")[[1]]bp_anti <- chartr("ACGT","TGCA",bp)paste(bp_anti,collapse = "")
方案2
Kmisc包
install.packages("Kmisc")library(Kmisc)dna <- "AAAACCCGGT"dna_rev <- str_rev(dna)chartr("ACGT","TGCA",dna_rev)
方案3
Biostrings包
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("Biostrings")library("Biostrings")seq <- "AAAACCCGGT"toString(reverseComplement(DNAString(seq))
Shell
方案1
echo "AAAACCCGGT" | tr 'ACGT' 'TGCA' | rev
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