R极简教程-5：包

R包介绍

包可谓是R语言发展至今最重要的因素。包其实就是一个一个的函数脚本，安装了一个包以后，你就可以使用这个包里数据或者函数。R语言写起来很快，所以很多科学家再研究出新算法新工具之后，都会第一时间发布一个R版本的工具。所以R语言再科学界的地位很高。

大部分R包的安装方法很简单，就是一行代码：

install.package("XXX")

就可以完成安装，对于一些复杂的生物学方面的包，需要再Bioconductor网站上寻找，然后用Bioconductor的命令去安装。

我写的ChAMP包，和即将发布的EpiCluster包都在Biocondcutor上。^_^

但是值得注意的是，再有些时候，R之间的以来关系很复杂，如果需要安装一些很大很复杂的R包，你需要安装一系列的依赖软件，才能确保你要安装的软件可以顺利运行。

另外，包的更新换代非常频繁，有时候你发现自己的包和别人的运行效果不一样，可能的原因是你们的版本不同。

此外，一些很特殊的包需要其他一些语言和工具的支持，比如RJava包需要Java支持，RPostgreSQL需要PostgreSQL数据库支持，RSpark需要Spark支持等等……面对那些问题，最好参看相关的文档，找到解决办法。不过，再大多数时候，install.packages()可以解决大部分问题

包的开发

如果你到一定水平，就可以开发自己的R包，就算你不到一定水平，也可以尝试修改别人的R包。比如说，有些包要求的R语言版本是3.4，但是你安装的是3.3，你就可以直接下载包的原始文件，修改一下它的版本号，然后直接安装使用。

这些深入细节的问题，你知道的越多，越有利于你平时的工作。R中的一些包确实不太稳定，因为不是所有科学家都是优秀的程序员。能够自己修改程序，可以让大部分工作都更便捷。

举例说明，pheatmap这个包，这是我很喜欢的一个R包，小巧实用，专门用来绘制热图（不是地图上红一块绿一块那种热力图啊！）。

首先上网站找到pheatmap包的页面：

其中，第一个红框是有关于这个包的说明文档，第二个是原始的安装包，其中包含的就是一些脚本和说明文件。

我们点击第二个红框，将其下载下来，解压进入：

这就是一个包的内部文件，R文件夹下，是每一个函数脚本（必须是函数）。man文件夹是针对每一个函数的说明文档。其余的是一些描述等等。你可以修改这个文件夹下的文件，来改变它们的功能。

我们用Rstudio打开DESCRIPTION，修改一下版本号：

然后用RStudio再R文件夹下新增一个R文件，仿写pheatmap就行了：

就四行代码：

myboxplot <- function(){  print("This is myboxplot function.")  boxplot(matrix(rnorm(1000,0,1),nrow=20))}

然后在man文件夹下新增一个Rd文件：

也没几行：

% Generated by roxygen2 (4.1.1): do not edit by hand% Please edit documentation in R/pheatmap.r\name{myboxplot}\alias{myboxplot}\title{a test function}\usage{myboxplot()}\examples{myboxplot()}\author{XXX}

最后修改一下NAMESPACE文件，再export中加入myboxplot这样就能再安装后使用：

这样，我们就已经再pheatmap包中增加了一个我们自己的函数myboxplot，然后我们u需要打包这个包：

再windows系统下打开cmd命令框（这里需要再之前的安装步骤中将R路径添加进入了环境变量），cd到包所在的目录下。

输入命令生成R包：

R CMD build pheatmap

然后可以看到这样的画面：

这意思就是，pheatmap_1.0.9.tar.gz包已经打包生成成功了。

然后我们可以安装这个包：点击RStudio上方的Tools按钮，选择这个tar.gz包，然后点击install就行了。

然后程序报错：

> install.packages("C:/Users/Yi/Desktop/pheatmap_1.0.8/pheatmap_1.0.9.tar.gz", repos = NULL, type = "source")Installing package into ‘C:/Users/Yi/Documents/R/win-library/3.4’(as ‘lib’ is unspecified)ERROR: dependencies 'RColorBrewer', 'scales', 'gtable' are not available for package 'pheatmap'* removing 'C:/Users/Yi/Documents/R/win-library/3.4/pheatmap'Warning in install.packages :  running command '"C:/PROGRA~1/R/R-34~1.0/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\Users\Yi\Documents\R\win-library\3.4" "C:/Users/Yi/Desktop/pheatmap_1.0.8/pheatmap_1.0.9.tar.gz"' had status 1Warning in install.packages :  installation of package ‘C:/Users/Yi/Desktop/pheatmap_1.0.8/pheatmap_1.0.9.tar.gz’ had non-zero exit status> 

错误提示，缺少依赖包（’RColorBrewer’, ‘scales’, ‘gtable’）：这不是我们的程序写出了问题，而是以来出错的。

如果你使用install.package()直接从互联网下载安装，那么如果你想要安装的包缺乏一些以来软件，R会自动帮你下载那些依赖包进行安装。但是如果你直接通过tar.gz文件进行安装，就不会帮助你自动下载依赖。

没关系，我们自己安装一下这些R包：

install.packages('RColorBrewer')install.packages('scales')install.packages('gtable')

在安装一些较大的R包的时候，有时候即使使用互联网安装也会出现一些dependence缺失的情况，那种情况一般是因为多级引用，比如A引用了B，B引用了C，但是A没有引用C等等一连串的问题……但是一般来说，安装过程中报什么错，你就安装什么包，这样循环下去就行了。

安装好那些依赖包以后，再次尝试安装，就成功了：

> install.packages("C:/Users/Yi/Desktop/pheatmap_1.0.8/pheatmap_1.0.9.tar.gz", repos = NULL, type = "source")Installing package into ‘C:/Users/Yi/Documents/R/win-library/3.4’(as ‘lib’ is unspecified)* installing *source* package 'pheatmap' ...** R** preparing package for lazy loading** help*** installing help indices** building package indices** testing if installed package can be loaded*** arch - i386*** arch - x64* DONE (pheatmap)> 

然后，我们调用我们自己安装的这个包，试试我们写的函数能不能用？

library("pheatmap")myboxplot()

然后我们就可以看到，我们自己写的myboxplot()函数已经可以像其他函数一行调用安装了，你可以把这个R包传给其他朋友使用。但是，你没有权限去修改这个R包在网上的一行程序，因为毕竟它不是属于你的，只有R包的维护人有资格通过SVN去修改源代码。所以你写的R包只能自己使用或者传给别人安装。

总而言之，R包是很重要的一个部分，我们简单介绍了R包和其开发维护过程。