用 Pipeline 将训练集参数重复应用到测试集

更新了最后部分两个完整的代码

当我们对训练集应用各种预处理操作时（特征标准化、主成分分析等等），
我们都需要对测试集重复利用这些参数。

pipeline 实现了对全部步骤的流式化封装和管理，可以很方便地使参数集在新数据集上被重复使用。

pipeline 可以用于下面几处：

• 模块化 Feature Transform，只需写很少的代码就能将新的 Feature 更新到训练集中。
• 自动化 Grid Search，只要预先设定好使用的 Model 和参数的候选，就能自动搜索并记录最佳的 Model。
• 自动化 Ensemble Generation，每隔一段时间将现有最好的 K 个 Model 拿来做 Ensemble。

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栗子：

问题是要对数据集 Breast Cancer Wisconsin 进行分类，
它包含 569 个样本，第一列 ID，第二列类别(M=恶性肿瘤，B=良性肿瘤)，
第 3-32 列是实数值的特征。

from pandas as pdfrom sklearn.cross_validation import train_test_splitfrom sklearn.preprocessing import LabelEncoderdf = pd.read_csv('https://archive.ics.uci.edu/ml/machine-learning-databases/'                 'breast-cancer-wisconsin/wdbc.data', header=None)                                 # Breast Cancer Wisconsin datasetX, y = df.values[:, 2:], df.values[:, 1]encoder = LabelEncoder()y = encoder.fit_transform(y)                    >>> encoder.transform(['M', 'B'])                    array([1, 0])X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=.2, random_state=0)

我们要用 Pipeline 对训练集和测试集进行如下操作：

• 先用 StandardScaler 对数据集每一列做标准化处理，（是 transformer）
• 再用 PCA 将原始的 30 维度特征压缩的 2 维度，（是 transformer）
• 最后再用模型 LogisticRegression。（是 Estimator）

调用 Pipeline 时，输入由元组构成的列表，每个元组第一个值为变量名，元组第二个元素是 sklearn 中的 transformer 或 Estimator。

注意中间每一步是 transformer，即它们必须包含 fit 和 transform 方法，或者 fit_transform。
最后一步是一个 Estimator，即最后一步模型要有 fit 方法，可以没有 transform 方法。

然后用 Pipeline.fit对训练集进行训练，pipe_lr.fit(X_train, y_train)
再直接用 Pipeline.score 对测试集进行预测并评分 pipe_lr.score(X_test, y_test)

from sklearn.preprocessing import StandardScalerfrom sklearn.decomposition import PCAfrom sklearn.linear_model import LogisticRegressionfrom sklearn.pipeline import Pipelinepipe_lr = Pipeline([('sc', StandardScaler()),                    ('pca', PCA(n_components=2)),                    ('clf', LogisticRegression(random_state=1))                    ])pipe_lr.fit(X_train, y_train)print('Test accuracy: %.3f' % pipe_lr.score(X_test, y_test))                # Test accuracy: 0.947

还可以用来选择特征：

例如用 SelectKBest 选择特征，
分类器为 SVM，

anova_filter = SelectKBest(f_regression, k=5)clf = svm.SVC(kernel='linear')anova_svm = Pipeline([('anova', anova_filter), ('svc', clf)])

完整：

from sklearn import svmfrom sklearn.datasets import samples_generatorfrom sklearn.feature_selection import SelectKBestfrom sklearn.feature_selection import f_regressionfrom sklearn.pipeline import Pipeline# generate some data to play withX, y = samples_generator.make_classification(     n_informative=5, n_redundant=0, random_state=42)# ANOVA SVM-Canova_filter = SelectKBest(f_regression, k=5)clf = svm.SVC(kernel='linear')anova_svm = Pipeline([('anova', anova_filter), ('svc', clf)])anova_svm.set_params(anova__k=10, svc__C=.1).fit(X, y)prediction = anova_svm.predict(X)anova_svm.score(X, y)   

当然也可以应用 K-fold cross validation：

model = Pipeline(estimators)seed = 7kfold = KFold(n_splits=10, random_state=seed)results = cross_val_score(model, X, Y, cv=kfold)print(results.mean())

完整：

# Create a pipeline that standardizes the data then creates a modelfrom pandas import read_csvfrom sklearn.model_selection import KFoldfrom sklearn.model_selection import cross_val_scorefrom sklearn.preprocessing import StandardScalerfrom sklearn.pipeline import Pipelinefrom sklearn.discriminant_analysis import LinearDiscriminantAnalysis# load dataurl = "https://archive.ics.uci.edu/ml/machine-learning-databases/pima-indians-diabetes/pima-indians-diabetes.data"names = ['preg', 'plas', 'pres', 'skin', 'test', 'mass', 'pedi', 'age', 'class']dataframe = read_csv(url, names=names)array = dataframe.valuesX = array[:,0:8]Y = array[:,8]# create pipelineestimators = []estimators.append(('standardize', StandardScaler()))estimators.append(('lda', LinearDiscriminantAnalysis()))model = Pipeline(estimators)# evaluate pipelineseed = 7kfold = KFold(n_splits=10, random_state=seed)results = cross_val_score(model, X, Y, cv=kfold)print(results.mean())

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Pipeline 的工作方式：

当管道 Pipeline 执行 fit 方法时，
首先 StandardScaler 执行 fit 和 transform 方法，
然后将转换后的数据输入给 PCA，
PCA 同样执行 fit 和 transform 方法，
再将数据输入给 LogisticRegression，进行训练。

如下图

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资料：
http://blog.csdn.net/lanchunhui/article/details/50521648
https://dnc1994.com/2016/04/rank-10-percent-in-first-kaggle-competition/

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