R在linux下的一些坑

常用安装包的方法

install方法

#Windows下安装方法类似，加上一键安装依赖包的参数install.packages("mongolite",dependencies = TRUE)

biocLite方法

##下载安装包source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("mongolite")##本地安装####在下载的包的目录下执行   R CMD INSTALL mongolite_1.2.tar.gz

报错处理

连接mirror失败

#查看配置信息 ?download.file#可能是linux没有安装wgetyum install wget#也有可能是防火墙设置

相关包安装

1、安装mongolite包

#linux版本为CentOS，需要安装cyrus-sasl-develyum install openssl-develyum install cyrus-sasl-devel

2、安装RCurl包

# 报错## * installing *source* package ‘RCurl’ ...## ** package ‘RCurl’ successfully unpacked and MD5 sums checked## checking for curl-config... no## Cannot find curl-config# 解决方法sudo yum -y install curl  sudo yum -y install libcurl libcurl-devel  

3、安装rvest包

# linux版本是CentOSsudo yum -y install libxml2-devel# install的依赖参写上install.packages("rvest",dependencies = TRUE)

4、安装rgdal包

# linux版本是CentOS## 不知道哪些是必要的，反正一股脑的都装上就能用了~yum install gdalyum install proj-develyum install gdal gdal-devel yum install proj-nad yum install proj-epsg ## 下面的貌似可以不装yum install gdal gdal-python gdal-devel mapserver mapserver-python libxml2 libxml2-python python-lxml python-py python-devel gcc# install的依赖参写上install.packages("rgdal")