R包安装的各种方法

经过整整两天的R包安装，终于体会到R包安装的复杂（特别是装一个老版本的R包）

如果是单纯地想重现文献的结果，那么切记选用sessionInfo()里面的一模一样R语言版本，因为不同版本的package会有许多差别。

1、安装好相同版本的R语言

2、自动装包

首先是用install.packages()安装CRAN上面的包，以及bioc()安装bioconductor上面的包

注意，此时就是bioconductor的好处就是，你用的R语言不同，他给你装的R包版本也不同。

3、手动装包

接下来，会有一些包装不上，用cat nohup.out|grep "ERROR"，看看哪儿些包没有装好，然后手动编译装包。

这个时候要看清楚文献用的包是哪儿个版本

CRAN

进入CRAN（https://cran.r-project.org/web/packages/）找到需要的包，点进去有Old sources，找到对应的版本，下载tar.gz文件，然后用以下命令，源码编译安装

bin/R CMD INSTALL ***.tar.gz

bioconductor

如果是bioconductor上面的包，可以直接在bioconductor里面搜索，不过要注意对应的R语言版本号（见下面），像R3.1这样对应bioconductor的2.14和3.0，2.14版本会旧一些，然后再用于以下命令，源码编译安装

bin/R CMD INSTALL ***.tar.gz

Release    R

3.5    3.4

3.4    3.3

3.3    3.3

3.2, 3.1    3.2

2.14, 3.0    3.1

2.12, 2.13    3.0

2.10, 2.11    2.15

2.9    2.14

2.8    2.13

2.7    2.12

2.6    2.11

2.5    2.10

2.4    2.9

2.3    2.8

2.2    2.7

2.1    2.6

2.0    2.5

1.9    2.4

1.8    2.3

1.7    2.2

1.6    2.1

github

github上面的包就有点麻烦，虽然有devtools，但是那个一般不太靠谱。可以下载出来zip文件， 然后解压，再压缩成tar.gz，同上述步骤，源码编译安装

4、实在装不上的包

有一些实在太老的包，老版本编译一直出错，也不再维护。可以直接source源码里面的方法，再把这个包import的包给手动library一下即可。

dir.files<-list.files(path = "C:/Users/f/Documents/R/win-library/3.3/aaRon/R")

dir.files<- paste("C:/Users/f/Documents/R/win-library/3.3/aaRon/R",dir.files,sep = "/")

for(i in 1:length(dir.files)){

  source(dir.files[i])

}