Cygwin安装及Cmdstan-2.16.0在Cygwin下的使用

Cygwin官网 https://cygwin.com/install.html 

功能：Get that Linux feeling - on Windows（在Windows环境下模拟Linux）

一 、安装

1. 首先从官网上下载（根据电脑系统类型选择下载）；

2. 双击下载的.exe（64位系统"setup-x86_64.exe"）选择默认安装模式（也可根据自己喜好选择）-> [下载源建议选择国内的源，我选择的是163源，在User URL内输入"http://mirrors.163.com/cygwin/"]->安装完成；

3. 添加环境变量，把cygwin安装路径下的bin目录添加到环境变量path中（如默认安装下添加"C:\cygwin64\bin"到path中）。

二、简单使用

说明：Cygwin把它的安装路径作为Linux环境中的根目录"/"，windows下的盘都挂载在"/cygdrive"下

1. 在Cygwin窗口执行Linux命令；
2. 查看windows下的盘用 df -h；
3. 以Cmdstan Cmdstan 为例展示Cmdstan-2.16.0在Cygwin下的使用

（说明：Cmdstan使用需要又g++和make的支持）

*******************************************install Smdstan********************************************************

首先移动到cmdstan文件夹（例typed "cd /cygdrive/e/mediaE/matlab/CommonAlgorithm/bayes/cmdstan-2.16.0"）(注红色字体部分是Windows下的路径）；

Now,通过make命令生成Stan binary。我的电脑是4核的，通过选项 -j 确定使用内核（以使用2核为例typed "make build -j2"）。

*******************************************finished Smdstan********************************************************

下面测试该安装,在cmdstan-2.16.0文件下的examples有个bernoulli的案例，bernoulli文件下两个子文件bernoulli.stan和bernoulli.data.r

首先，生产.exe文件，typed

make examples/bernoulli/bernoulli.exe

（该命令告诉STAN将model文件bernoulli.stan转换成C++代码，编译并产生bernoulli.exe文件，该.exe可执行文件和bernoulli.stan在同一个文件下）

其次，利用bernoulli分析bernoulli.data.r数据，typed

./bernoulli.exe sample data file=bernoulli.data.r

(注意"./"，没有它Cygwin64没有办法执行.exe文件，执行该命令之后会生成文件output.csv，该文件可以用EXCEL打开）

最后，利用bin文件夹下的stansummary.exe查看结果，回到cmdstan-2.16.0文件，typed

$ bin/stansummary.exe E:/mediaE/matlab/CommonAlgorithm/bayes/cmdstan-2.16.0/examples/bernoulli/output.csv

最后分析结果如下图：

（说明，在window的Cmd同样可以执行到上述结果，可参考post by John，CmdStan的使用可以参考https://github.com/stan-dev/cmdstan/wiki/Getting-Started-with-CmdStan）

感谢：Cygwin官网，John ,Stan官网