扩增子统计绘图4曼哈顿图:差异OTU和Taxonomy
来源:互联网 发布:软件贵金属喊单室 编辑:程序博客网 时间:2024/05/22 09:22
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写在前面
优秀的作品都有三部分曲,如骇客帝国、教父、指环王等。
扩增子系列课程也分为三部曲:
第一部《扩增子图表解读》:加速大家对同行文章的解读能力。
第二部《扩增子分析解读》:学习数据分析的基本思路和流程。
第三部《扩增子统计绘图》:即是对结果进行可视和统计检验,达到出版级的图表结果。
《扩增子统计绘图》系列文章介绍
《扩增子统计绘图》是之前发布的《扩增子图表解读》和《扩增子分析解读》的进阶篇,是在大家可以看懂文献图表,并能开展标准扩增子分析的基础上,进行结果的统计与可视化。其章节设计与《扩增子图表解读》对应,为八节课八种常用图形(箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、火山图、维恩图、三元图和网络图),基本满足文章常用的图片种类需求。
也适合对公司标准化分析返回结果的进一步统计、可视化及美化,达到出版级别,冲击高分文章。
本部分练习所需文件位于百度网盘,链接:http://pan.baidu.com/s/1hs1PXcw 密码:y33d。
1箱线图:Alpha多样性
2散点图:Beta多样性,PCoA, CCA
3热图:差异菌、OTU及功能
本节需要上一节热图基础上继续运行
曼哈顿图:差异OTU和Taxonomy
## Manhattan图展示差异OTU和Taxonomy# 读取taxonomy,并添加各列名称taxonomy = read.delim("rep_seqs_tax.txt", row.names= 1,header=F, sep="\t")colnames(taxonomy) = c("kingdom","phylum","class","order","family","genus","species","evalue")# 标记差异OTU类型x$level = as.factor(ifelse(x$sig==1, "enriched",ifelse(x$sig==-1, "depleted","nosig")))x$otu = rownames(x)# 转换Pvalue为负对数x$neglogp = -log(x$PValue)# Taxonomy排序,并筛选OTU表中存在的library(dplyr)taxonomy$id=rownames(taxonomy)taxonomy = arrange(taxonomy, phylum, class, order, family, genus, species)rownames(taxonomy) = taxonomy$ididx = rownames(taxonomy) %in% x$otutax = taxonomy[idx, ] # subset taxonomy from used OTU# 手动筛选显著的组x = x[rownames(tax), ] # reorder according to taxx$tax = gsub("p__","",tax$phylum,perl=TRUE) top_phylum=c("Bacteroidetes","Firmicutes","Planctomycetes","Proteobacteria","Verrucomicrobia")x[!(x$tax %in% top_phylum),]$tax = "Low Abundance" # no level can get value# 设置各类的level对应顺序x$otu = factor(x$otu, levels=x$otu) # set x orderx$level = factor(x$level, levels=c("enriched","depleted","nosig"))levels(x$tax)=c(top_phylum,"Low Abundance")# 调整Y轴范围更美观x[x$neglogp>15,]$neglogp = 15# Manhattan plot## 添加显著阈值线FDR = min(x$neglogp[x$level=="depleted"])library(ggplot2)p = ggplot(x, aes(x=otu, y=neglogp, color=tax, size=logCPM, shape=level)) + geom_point(alpha=.7) + geom_hline(yintercept=FDR, linetype=2, color="lightgrey") + scale_shape_manual(values=c(17, 25, 20))+ scale_size(breaks=c(5, 10, 15)) + labs(x="OTU", y="-loge(P)") + theme(axis.ticks.x=element_blank(),axis.text.x=element_blank(),legend.position="top")pggsave(file=paste("man_otu_", sampleA, "vs", sampleB, ".pdf", sep=""), p, width = 10, height = 3, useDingbats=F)ggsave(file=paste("man_otu_", sampleA, "vs", sampleB, ".png", sep=""), p, width = 10, height = 3)
图1. 曼哈顿图展示差异OTU所在的门。看到差异OTU以下调为主(空心下三角形),其中以拟杆菌门(Bacteroidetes)密集下调。
详细的图片讲解,可参考4曼哈顿图:差异OTU或Taxonomy
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