RNA-seq分析服务器安装生信工具过程

一.测试服务器设定

1.使登录后自动进入/home目录下

vim ~/.bashrc#在文件中加入以下行后保存退出cd /home

2.新建RNAseq_tool文件夹，存放各工具

mkdir RNAseq_tool

二.各生信工具在测试服务器下的安装

1.sratoolkit下载及安装

#下载并解压wget "ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz"tar -xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz#进入bin目录cd [download_location]/sratoolkit[version]/bin/#设置path并使其生效vi /etc/profile增加以下行export PATH=$PATH:/home/RNAseq_tool/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/binvi /etc/environment增加以下行：PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/home/RNAseq_tool/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin"source /etc/profilesource /etc/enviroment#测试安装是否成功fastq-dump –version#运行案例fastq-dump -X 5 -Z SRR390728

#配置SRAtoolkit的下载路径[安装路径]/bin/vdb-config –i 设定下载路径

2.fastqc下载及安装

#fastqc需要java环境，首先下载并配置java，此处下载 jre1.8.0_144wget http://javadl.oracle.com/webapps/download/AutoDL?BundleId=225345_090f390dda5b47b9b721c7dfaa008135#进入安装目录解压tar –xzvf jre-8u144-linux-x64.tar.gz#配置java的环境变量vi /etc/profile添加以下行JAVA_HOME=/usr/java/jre1.8.0_144/export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib:$CLASSPATHexport PATH = $PATH:$JAVA_HOME/binvi /etc/environment添加java安装目录，此时文件内容为：PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/home/RNAseq_tool/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin:/usr/java/jre1.8.0_144/bin"#下载及解压wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zipunzip fastqc_v0.11.5.zipcd FastQC#添加执行权限chmod 755 fastqc#建立软连接ln -s [download_location]/FastQC/fastqc /usr/local/bin/fastqc#测试fastqc是否正常运行fastqc SRR390728.fastq #运行结果如下图所示

处理好的SRR390728_fastqc.html可以通过WinSCP下载到Windows系统上进行查看。

3.cutadapt下载及安装

#安装python-pip，python-devapt-get install python-pip python-dev#使用pip安装cutadapt，该方法将cutadapt二进制文件安装到./usr/.local/bin中,无需设置环境变量pip install --user --upgrade cutadapt#尝试运行cutadapt --version

4.fastx-toolkit下载及安装

#下载并安装依赖库libgtextutils 0.7wget https://github.com/agordon/libgtextutils/releases/download/0.7/libgtextutils-0.7.tar.gztar –xzvf libgtextutils-0.7.tar.gz#进入解压后文件夹进行编译安装./configuremakemake install#下载并解压fastx 0.0.14：wget https://github.com/agordon/fastx_toolkit/releases/download/0.0.14/fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2tar –xjvf fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2#进入解压后文件夹进行编译安装./configuremakemake install#配置环境变量vi /etc/profile添加如下行export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH

5.安装bowtie2(旧流程）

#安装依赖包libtbb2apt-get install libtbb2#下载并解压bowtie2wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2/bowtie2-2.3.2-linux-x86_64.zip/downloadunzip bowtie2-2.3.2-linux-x86_64.zip#配置环境变量vi /etc/profileexport PATH=$PATH://home/RNAseq_tool/bowtie2-2.3.2

6.安装Tophat2（旧流程）

#下载并解压wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gztar –xzvf tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz#添加软连接cd /usr/local/binln –s /home/RNAseq_tool/tophat-2.1.1.Linux_x86_64/tophat2#测试tophat2#下载并解压测试数据wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/test_data.tar.gztar –xzvf test_data.tar.gz#测试：（实际使用时需要额外生成index文件）cd test_datatophat2 -r 20 test_ref reads_1.fq reads_2.fq

7.安装HISAT2（Tophat替代工具）

#下载源码并解压wget http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/downloads/hisat2-2.0.0-beta-source.zipunzip hisat2-2.0.0-beta-source.zip#进入解压后目录并编译安装cd hisat2-2.0.0-beta/make#添加环境变量并使其立即生效export PATH=$PATH:/home/RNAseq_tool/hisat2-2.0.0-betasource ~/.bashrc#试运行hisat2

8.安装samtools

#下载依赖库：libncurses5-dev, zlib1g-dev libbz2-dev liblzma-devapt-get install libncurses5-dev zlib1g-dev libbz2-dev liblzma-dev#下载samtools 1.5，bcftools 1.5，htslib 1.5：wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.5/samtools-1.5.tar.bz2wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.5/bcftools-1.5.tar.bz2wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.5/htslib-1.5.tar.bz2#安装三个工具（分别进入各工具文件夹，进行编译安装，顺序：htslib>bcftools>samtools）./configuremakemake install#注：编译安装默认路径为/usr/local/bin，所以无需添加环境变量#测试安装samtools 

9.安装RSeQC(用于对bam文件进行质控,项目主页：http://rseqc.sourceforge.net/）

# Python2.7环境下pip install RSeQC

其由许多功能脚本组成，具体可以看官网信息（http://rseqc.sourceforge.net/）

10.安装HTseq（项目主页：http://htseq.readthedocs.io/en/release_0.9.1/）

# 安装依赖sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib python-pysam python-htseq# Python2.7环境下pip install HTSeq#常用功能展示htseq-count -h

11.安装bedtools

#下载并解压wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.26.0/bedtools-2.26.0.tar.gztar –xzvf bedtools-2.26.0.tar.gz#进入解压后文件目录进行编译安装makemake install#测试安装bedtools --version

12.安装cufflinks（旧流程）

#下载并解压wget http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gztar –xzvf cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz#将目录添加至环境变量中export PATH=$PATH:/home/RNAseq_tool/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64#测试安装cufflinks

13.安装stringtie（cufflinks替代文件，项目主页：https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/

#下载并解压wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.3b.Linux_x86_64.tar.gztar -zxvf stringtie-1.3.3b.Linux_x86_64.tar.gz#添加目录至系统环境变量vim /etc/profile添加如下行export PATH=$PATH:/home/RNAseq_tool/stringtie-1.3.3b.Linux_x86_64#试运行，如果如下图