SOAPfuse 安装

抄自：http://www.bio-info-trainee.com/tag/soapfuse

一，软件安装

软件下载地址：https://sourceforge.net/projects/soapfuse/files/SOAPfuse_Package/SOAPfuse-v1.27.tar.gz

下载压缩包，解压后即可使用。

将source文件夹中的bin加入环境变量；

export PATH=/home/biotools/SOAPfuse-v1.27/source/bin/:$PATH

PERL5LIB=$PERL5LIB:/home//biotools/SOAPfuse-v1.27/source/bin/perl_module; export PERL5LIB

二 、下载数据

首先下载5个文件：

我把这些文件都放在的当前文件夹下面的raw这个子文件夹，因为我要当前文件夹作为该软件的database文件夹！！！

然后运行命令！

我在SOAPfuse-v1.27文件下面运行：

perl ../SOAPfuse-v1.27/source/SOAPfuse-S00-Generate_SOAPfuse_database.pl  \

-wg raw/hg19.fa  -gtf raw/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz  -cbd raw/cytoBand.txt.gz   -gf raw/HGNC_Gene_Family_dataset \

-rft raw/HumanRef_refseg_symbols_relationship.list \

 -sd ../SOAPfuse-v1.27 -dd ./

这一步耗时很长，4~6小时，创造了transcript.fa和gene.fa，然后还对他们建立bwa和soap的index，所以有点慢！

构建成功会有提示：

Congratulations!

You have constructed SOAPfuse database files successfully.

These database files are all stored in directory you supplied:

/home/jmzeng/biosoft/SOAPfuse/db_v1.27/

They are all generated based on public data files you supplied:

whole_genome_fasta_file:   /home/jmzeng/biosoft/SOAPfuse/db_v1.27/raw/hg19.fa

gtf_annotation_file:       /home/jmzeng/biosoft/SOAPfuse/db_v1.27/raw/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz

Chr_Bandregion_file:       /home/jmzeng/biosoft/SOAPfuse/db_v1.27/raw/cytoBand.txt.gz

HGNC_gene_family_file:     /home/jmzeng/biosoft/SOAPfuse/db_v1.27/raw/HGNC_Gene_Family_dataset

gtf_segname2refseg_list:   /home/jmzeng/biosoft/SOAPfuse/db_v1.27/raw/HumanRef_refseg_symbols_relationship.list

这些目录很重要，接下来制作配置文件会用得着！

To use these database files, just set the 'DB_db_dir' in config file as belowed:

DB_db_dir  =   /home/jmzeng/biosoft/SOAPfuse/db_v1.27

配置文件需要修改下面5个

DB_db_dir = /DATABASE_DIR/

PG_pg_dir = /TOOL_DIR/source/bin

PS_ps_dir = /TOOL_DIR/source

PD_all_out = /out_directory/

PA_all_fq_postfix = PostFix

其实你仔细阅读了说明书，你就知道该修改成什么样子了！

最后制作sample list文件

我这里只有一个sample,所以文件就一句话即可

####http://soap.genomics.org.cn/soapfuse.html

test test test 100

所以我的有下面两个文件，都是为了顺应作者的需求我才搞了test/test/test这么无聊的东西！！！

/home/jmzeng/test_for_soapfuse/test/test/test_1.fq.gz

/home/jmzeng/test_for_soapfuse/test/test/test_2.fq.gz

如果你有多个sample需要一起运行，你就要仔细读作者的readme了，它把这个配置文件搞得特别复杂！！！

三，运行命令

如果文件都准备好了，运行命令非常简单！！

perl SOAPfuse-RUN.pl -c <config_file> -fd <WHOLE_SEQ-DATA_DIR> -l <sample_list> -o <out_directory> [Options]

运行的非常慢！！！

因为需要重新比对，知道

四，数据结果解读