GO与其它数据库见的id转换
来源:互联网 发布:手机快捷方式软件 编辑:程序博客网 时间:2024/06/03 20:05
GO数据库的查找和浏览FAQ
3. 在一些模式生物中,一个基因通常有多个与之相关的核苷酸序列,如EST、蛋白序列等。要查询到这些序列,可以从该模式生物数据库中通过基因联系(gene association)查询到基因获得ID(gene accession ID),或是分别在Compugen中查询大的转录产物(transcipt)和SWISS-PROT/TrEMBL中查询蛋白。 4. 如何得到由GO术语注解的蛋白序列?
在GO网页上选择能查询到所有数据库的Amigo浏览器,键入GO术语(如“线粒体”),在结果中显示了被注释的基因。然后选择你所需基因,在网页的最低端把选项拖至“get fasta sequence”区域,再确定即可。
5. 如何能够找到所有和一个特定的GO术语相关的人类基因呢?
GO术语是和SWISS-PROT/TrEMBL/InterPro and Ensembl中的蛋白序列无赘余地对应的。这些注释在EBI上的GOA-Human 文件中,GO的FTP站点上,Ensembl,EMBL-Bank上都可找到。
6.可以直接使用GenBank的gi获取码在GO数据库中进行查询吗?
GO 数据库中除了Compugen所提供的GenBank获取码之外,没有包含其他GenBank获取码的信息,但是在EBI的GOA(GO Annotation)中,有一个综合的对GenBank/EMBL/DDBJ进行查询的方式,详细请见:ftp: //ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/old/HUMAN/xrefs.goa. GO与其他分类系统的定位关系(Mapping to GO)
GO 并不只是希望为基因组建立一个标准化的、结构清晰的注释语言。GO致力于各种基因组数据库的标准化。GO为各种基因组分类系统和GO注释之间的转化提供了转化表,见http://www.geneontology.org/GO.indices.html
阅读全文
0 0
- GO与其它数据库见的id转换
- 字符串与其它数据类型的转换
- QString与其它类型的转换
- string与其它类型转换
- SQLite数据库与其它一些数据库的性能比较
- CString与其它类型之间的相互转换
- std:string 与其它基本数据类型的转换
- wxString与其它类型的转换(转自wxWiki)
- 十进制数与其它进制数转换的一种算法
- Matlab中cell与其它类型之间的转换
- ANSI SQL与其它数据库引擎SQL的比较
- java与其它语言通信转换
- BSTR与其它字符串类型转换
- MySQL与其它主流数据库比较
- 一个10进制与其它进制转换的类
- js关于blob与其它对象的转换和下载--草稿
- PHP与其它CGI的比较
- 汉语与其它语言的区别
- java自动向上转型问题
- Python中文编码问题详解
- 消息队列
- TCP_NODELAY TCP_CORK
- HashMap简单说明
- GO与其它数据库见的id转换
- Android Studio中如何查看获取MD5和SHA1值(应用签名)
- SHELL字符串处理技巧(${}、##、%%)
- Shader编程学习笔记(一)—— 图形硬件简史与可编程管线
- Spyder环境里, 如何导入自己编写的模块?
- UE4中利用【蓝图】设置人物跑了一段后 按下一个键 重回到它原来的起始的位置
- 作为邮件营销革命的幕后推手,智能化营销到底有何魔力?
- [MYSQL] 数据库建立与删除
- 方法重写与方法重载