Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit

RDKit: Open-Source Cheminformatics Software 点击打开链接

RDKit安装包下载：点击打开链

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安装boost库

python2 -m pip install boost  #视自己安装命令而定

安装gcc、g++、make、cmkae

yum install gcc  yum install gcc-c++  yum install make  yum install cmake 

安装依赖的开发库

yum install cmake tk-devel readline-devel zlib-devel bzip2-devel sqlite-devel

安装过程

tar zxvf rdkit-Release_2017_09_1b1.tar.gzmv rdkit-Release_2017_09_1b1 rdkitcd opt/rdkitmkdir buildcd buildcmake ..make -j14make installctest

#测试发现一些错误，暂时没找到解决办法，但是运行测试代码OK#

环境变量配置

gedit ~/.bashrc    #RDkit  export RDBASE=/opt/rdkit    export PYTHONPATH=$RDBASEexport LD_LIBRARY_PATH=$RDBASE/lib:/opt/rdkit/libsource ~/.bashrc 

安装后测试：

from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import Drawdef depict_pic(smiles='c1ccccc1',mol_name='benzene',size=(300,300),kekulize=True,wedgeBonds=True):      mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)    #mol_name ='/home/liuwei/' +  mol_name + '.jpg'    mol_name = mol_name + '.jpg'    Draw.MolToImageFile(mol,mol_name,size,kekulize,wedgeBonds)if __name__ == '__main__':    depict_pic(mol_name = 'test')

文件夹下出现一个test.jpg文件