plink做SNP筛选和GWAS

1.vcf转ped/map:

plink --vcf spirits.recode.vcf --recode --out test

2.统计每个snp的MAF，并将maf < 0.05; miss > 0.2的SNP筛选出来并过滤掉。

plink --file 513lines_4429snps_110506 --freq --out testplink --file 513lines_4429snps_110506 --maf 0.05 --geno 0.2 --out test --recode

3.针对508lines_traits.txt文件中的性状进行全基因组关联分析
用excel编辑获取fid，iid文件以及表型文件：
选择个体文件：
1 L1
2 L2
3 L3
4 L4
5L5
6 L6
7 L7
8 L8
9 L9
10L10件：

FID     IID     T1      T2      T31       L1      4.5514  4.0234  1.50552       L2      2.4888  2.2576  1.48783       L3      4.9849  3.413   1.14114       L4      7.9829  5.8398  1.311275       L5      1.7586  3.088   1.78246       L6      2.2273  4.0377  1.9437       L7      8.1565  4.6783  0.69938       L8      2.8122  3.6162  1.331929       L9      2.3489  4.4685  1.9838

命令：

plink --bfile test --keep keep.txt --recode --out use_testplink --allow-no-sex --file use_test --pheno phe.txt --assoc --adjust --all-pheno --out test

生成.qassoc.adjusted，.qassoc，分别是校正p值和原始p值