DNA Prefix--字典树

来源:互联网 发布:京瓷1800扫描仪软件 编辑:程序博客网 时间:2024/05/21 08:39

Given a set of n DNA samples, where each sample is a string containing characters from {A, C, G, T}, we are trying to find a subset of samples in the set, where the length of the longest common prefix multiplied by the number of samples in that subset is maximum.

To be specific, let the samples be:

ACGT

ACGTGCGT

ACCGTGC

ACGCCGT

If we take the subset {ACGT} then the result is 4 (4 * 1), if we take {ACGT, ACGTGCGT, ACGCCGT} then the result is 3 * 3 = 9 (since ACG is the common prefix), if we take {ACGT, ACGTGCGT, ACCGTGC, ACGCCGT} then the result is 2 * 4 = 8.

Now your task is to report the maximum result we can get from the samples.

Input

Input starts with an integer T (≤ 10), denoting the number of test cases.

Each case starts with a line containing an integer n (1 ≤ n ≤ 50000) denoting the number of DNA samples. Each of the next n lines contains a non empty string whose length is not greater than 50. And the strings contain characters from {A, C, G, T}.

Output

For each case, print the case number and the maximum result that can be obtained.

Sample Input

3

4

ACGT

ACGTGCGT

ACCGTGC

ACGCCGT

3

CGCGCGCGCGCGCCCCGCCCGCGC

CGCGCGCGCGCGCCCCGCCCGCAC

CGCGCGCGCGCGCCCCGCCCGCTC

2

CGCGCCGCGCGCGCGCGCGC

GGCGCCGCGCGCGCGCGCTC

Sample Output

Case 1: 9

Case 2: 66

Case 3: 20

分析:题目大意是给你一个集合,让你从这个集合里面选取一个子集,然后求解这个子集的最长公共序列和子集元素个数的乘积,求解是的这些可能里面的最大值

这道题一开始我想来想去感觉很是复杂,首先集合的组合就有很多种,更别说每种组合再去统计最长公共序列了!后来才了解到有字典树这种好玩的东西存在!

下面先简单介绍一下字典树:

定义:

又称单词查找树,Trie树,是一种树形结构,是一种哈希树的变种。典型应用是用于统计,排序和保存大量的字符串(但不仅限于字符串),所以经常被搜索引擎系统用于文本词频统计。它的优点是:利用字符串的公共前缀来减少查询时间,最大限度地减少无谓的字符串比较,查询效率比哈希树高。

性质:

根节点不包含字符,除根节点外每一个节点都只包含一个字符; 从根节点到某一节点,路径上经过的字符连接起来,为该节点对应的字符串; 每个节点的所有子节点包含的字符都不相同。

应用:

串的快速检索

给出N个单词组成的熟词表,以及一篇全用小写英文书写的文章,请你按最早出现的顺序写出所有不在熟词表中的生词。
在这道题中,我们可以用数组枚举,用哈希,用字典树,先把熟词建一棵树,然后读入文章进行比较,这种方法效率是比较高的。

“串”排序

给定N个互不相同的仅由一个单词构成的英文名,让你将他们按字典序从小到大输出
用字典树进行排序,采用数组的方式创建字典树,这棵树的每个结点的所有儿子很显然地按照其字母大小排序。对这棵树进行先序遍历即可。

最长公共前缀

对所有串建立字典树,对于两个串的最长公共前缀的长度即他们所在的结点的公共祖先个数,于是,问题就转化为当时公共祖先问题
     这道题就是第三种应用,我们对每个串建立字典树,是字典树不断扩大,具体见代码:

/*字典树: *  对于每个序列纵向建树, 实际上每个字符串都是从根到叶子节点的一条路径,并通过num的值来统计出现次数 *  可想而知,这是一颗多么漂亮而又庞大的数 * */import java.util.*; public  class Main{    static Scanner in = new Scanner(System.in);    public static void main(String args[]){         int k=in.nextInt();          int ca = 0;        while(k-->0){           ca++;          int n = in.nextInt();            String s ;          int max = 0 ;          TreeNode root  = new TreeNode();          for (int i = 0; i < n; i++) {          s = in.next(); max = root.insert(root, s);   }            System.out.println("Case "+ca+": "+ max);        }        System.exit(0);//作用是将jvm直接干掉,其实就是释放全部内存,oj会内存超时    }    }//字典树节点class TreeNode{int size = 4;//字符的种类,即每个节点的孩子数目    int ans;int num;////有多少单词通过这个节点,即由根至该节点组成的字符串模式出现的次数TreeNode[] son; TreeNode() {num = 0;son = new TreeNode[size]; } int insert(TreeNode root,String str){     if(str==null||str.length()==0){        return 0;    }     TreeNode p = root;//每次从根节点开始     int len=str.length();     int id = 0,t;    for(int i=0; i<len; i++){          switch(str.charAt(i)){          case 'A': id=0; break;          case 'C': id=1; break;          case 'G': id=2; break;          case 'T': id=3; break;          }          if(p.son[id]==null){          p.son[id]=new TreeNode();          }          p=p.son[id]; //字符串每个字符向下一层         (p.num)++;          t=(i+1)*(p.num); //i代表公共子序列长度,num其实代表样本数目         ans=Math.max(ans, t);//求解最大的     }        return ans; }}

好玩的东西以后持续更新。。

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