学习生信的系列教程

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生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作，却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么参数需要修改，结果可以出来，却把我不住对还是错。

学习生信从来就不是一个简单的事，需要做好持久战的心理准备。

在学习时，我们都希望由浅入深的逐步深入，不断地练习和实践，这就是为什么我们需要一本书，因为书很系统。但生信发展的历史短于计算机编程的历史，如果想要一门程序设计的入门数据，每种语言都可以找到几本。但想要一个囊括生信的书，就有些难了。本身生信跨领域，需要多学科的知识，而其内部又有不少分子，都囊括了太大，包括的少又有些隔靴搔痒的感觉。

我们当时都是零基础下自学Linux, 自学Python，自学R，自学高通量测序；这些学习经历，之前都零星地记录在博客里。现在回头去看几年前自己记录的东西，觉得好简单，而当时却费了很大的力气。这些零星的随手记，当时也只是为了自己看，到现在确实只有自己能看得懂，不便惠及更多的人。

因此我们创建了生信宝典，希望从不同的角度传播知识。这个不同有三点含义，一是形式上的不同，摒弃之前主编们单人作战想写啥就写啥，而是有组织有计划的内容聚合，提供一系列的教程，由入门到提高。二是内容的不同，不去用网上现有教程的通用数据做例子，而是拿实际生物数据，讲述如何解释生信中普遍碰到的问题，讲述如何处理自己的数据。三是立足点不同。在写作时，我们回到了当年，在回忆中用整个阶段的学习去指导当初的那个小白，从那些会了的人觉得微不足道而不会的人又迈不过的坎入手，直击痛点。知识点的收录依据不是是否炫酷，是否难，而是是否必要。如果必要，再简单，也要提及；如果不必要，再炫酷，也暂不纳入。

通过大量的生信例子、关键的注释和浓缩的语句形成下面的一系列学习教程。每一篇内容都不多，可以当做小说阅读，也可以跟着去练，反复几遍，每读一次都会有不同的收获和体会。

程序学习心得

• 生物信息之程序学习
• 如何优雅的提问
• 生信宝典视频教程
• 好色之旅-画图三字经

Linux 学习

• 文件和目录
• 文件操作
• 文件内容操作
• 环境变量和可执行属性
• 管道、标准输入输出
• 命令运行监测和软件安装
• 常见错误和快捷操作
• 文件列太多，很难识别想要的信息在哪列？
• 文件排序和FASTA文件操作
• 用了Docker，妈妈再也不担心我的软件安装了 - 基础篇
• Linux服务器数据定期同步和备份方式
• 不用Linux也可以的强大文本处理方法
• 又双叒叕一个软件安装方法
• 查看服务器配置信息

R统计和作图

• 入门环境Rstudio
• 热图绘制 (heatmap)
• 基础概念和矩阵操作
• 热图简化
• 热图美化
• 线图绘制
• 线图一步法
• 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）
• 箱线图一步法
• 火山图
• 富集分析泡泡图 （文末有彩蛋）
• 散点图绘制
• 一文看懂PCA主成分分析
• 富集分析DotPlot，可以服
• 韦恩图
• 柱状图
• 图形设置中英字体
• 教师节献礼 - 文章用图的修改和排版
• 非参数法生存分析
• 文章用图的修改和排版(2)

NGS基础

• NGS基础 - FASTQ格式解释和质量评估
• NGS基础 - 高通量测序原理
• NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件
• NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换
• 本地安装UCSC基因组浏览器
• 测序数据可视化 (一)
• 测序文章数据上传找哪里

NGS分析工具评估

• 39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)
• 39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具大比拼 （完整翻译版）)
• 无参转录组分析工具评估和流程展示

癌症数据库

• UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)
• ICGC数据库使用
• TCGA数据库在线使用

Python学习

• Python学习极简教程 （一）
• Python学习教程（二）
• Python学习教程（三）
• Python学习教程 （四）
• Python学习教程（五）
• Python学习教程 （六）
• Pandas，让Python像R一样处理数据，但快
• Python解析psiBlast输出的JSON文件结果

NGS软件

• Rfam 12.0+本地使用 （最新版教程）
• 轻松绘制各种Venn图
• ETE构建、绘制进化树
• psRobot：植物小RNA分析系统
• 生信软件系列 - NCBI使用
• 去东方，最好用的在线GO富集分析工具

Cytoscape网络图

• Cytoscape教程1
• Cytoscape之操作界面介绍
• 新出炉的Cytoscape视频教程

分子对接

• 来一场蛋白和小分子的风花雪月
• 不是原配也可以-对接非原生配体
• 简单可视化-送你一双发现美的眼睛
• 你需要知道的那些前奏

生信宝典之傻瓜式

• 生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列
• 生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络
• 生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达

生信人写程序

• 生信人写程序1. Perl语言模板及配置
• 生信人写程序2. Editplus添加Perl, Shell, R, markdown模板和语法高亮

小技巧系列

• 参考文献中杂志名字格式混乱问题一次解决

友情链接流程

宏基因组 - 扩增子分析流程

• 质控,实验设计,双端序列合并 查看原始数据的质量，编写合格的实验设计用于分析，双端序列合并为单端的扩增子序列；
• 提取barcode,质控及样品拆分,切除扩增引物 将Barcode序列从序列中拆除，筛选高质量的测序结果并标记文库中每条序列中的样品来源，最后切除扩增时使用的引物；
• 格式转换,去冗余,聚类 转换QIIME生成fasta格式为Usearch要求格式；使用Usearch对序列去冗余并筛选高丰度，极大降低下游计算量和去除噪音；最后使用用Usearch聚类生成OTU，默认会组内自动去除大量嵌合体；
• 去嵌合体,非细菌序列,生成代表性序列和OTU表 本讲详细讲了嵌合体的概念，并使用参考数据库去除嵌合体；学习基于参数数据库筛选细菌序列，这些都是可选的操作，根据实际情况决定是否需要，最终生成高质量的OTU序列作为参考序列；
• 物种注释,OTU表操作 这部分采于不同数据库进行细菌或真菌注释；同时根据实际情况，对OTU表进一步按样品、丰度、物种等条件筛选；
• 进化树,Alpha,Beta多样性 将OTU多序列比对生成进化树，为依赖进化关系的计算方法提供输入文件；再进行多种Alpha和Beta多样性的计算；
• 物种分类统计,筛选进化树和其它 对物种进行分类统计,筛选高丰度结果用于进化树展示，和其它用于R统计分析的结果生成。

生信媛 - Biostar handbook

• 手把手教你入门生信——The Biostar Handbook
• 课程1、2-Linux中生信分析常用命令入门
• 课程3、4-NCBI的Entrez Direct和SRA toolkit的安装及使用
• 课程5、6-编写可重复使用的脚本
• 课程7、8-二代测序质控：fastqc、prinseq、trimmomatic、seqtk
• 课程9、10-测序文件的质控&在线序列比对
• 课程11、12-下载序列，建blast数据库以及本地blast
• 课程13、14-常用的mapping软件bwa & sam格式简介
• 课程15、16-samtools简介&利用readseq对GenBank文件格式转换
• 课程17、18-awk进行简单的编程&序列比对软件bwa和bowtie2
• 课程19、20-利用samtools mpileup和bcftools进行SNP calling
• 课程21、22-使用samtools和FreeBayes进行变异的calling并用snpEff注释
• 课程23、24-SNP calling
• 课程25、26-bedtools的安装和使用
• 课程27、28-RNAseq分析
• 课程29、30（大结局）-差异表达分析以及用ErmineJ做GO

Biobabble - ChIP-seq

• CS0: ChIPseq从入门到放弃
• CS1: ChIPseq简介
• CS2: BED文件
• CS3: peak注释
• CS4：关于ChIPseq注释的几个问题
• CS5: 吃着火锅，唱着歌，还把分析给做了

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