Caffe+Matlab配置

一、caffe与matlab接口
首先是安装matlab，然后是进行caffe与matlab的接口；
1 安装好matlab——按照正常步骤进行安装即可
2 修改Makecaffe.config——编译matcaffe之前需要将Makefile.config，由于我的MATLAB的路径是/home/xaver/local/matlab（这个路径指的是包含/bin这个文件夹的那一层目录），所以Makefile.config修改如下，记得去掉#号
MATLAB_DIR:= /home/xaver/local/matlab
3 编译——然后就可以编译了，进到caffe的根目录，我的是/home/xaver/deeplearning/caffe-master
Make clean (注意sudo权限问题)
Make caffe –j4
Make matcaffe
编译时，我的有出现警告GCC版本太低，但是下面确实写了编译成功，因为之前试着降版本到4.7，但是后来在编译文件时出现了很多错误，主要报错地点在/examples和/tools中，不过网上有很多通过降级成功的，这条路不再详细叙述

4 然后编译mattest，测试下编译好的matcaffe是否能用——在这一步一般不会编译成功，这里需要修改两个领域共计四个库的链接。其原理是因为matlab与caffe通过接口进行编译的过程中，两者所引用的库应当指向同一个即可。
这些库包含有：第一类库，libstdc++.so.6；第二类库，libopencv_core.so.2.4，libopencv_highgui.so.2.4，libopencv_imgproc.so.2.4
具体的方法基本思想是找到matlab和caffe所依赖的这些库的位置，然后通过某种方式建立连接即可。
1 找到matlab中这些库的位置
libstdc++.so.6：它在matlab中的位置时 matlab/sys/os/glnxa64/中
libopencv_core.so.2.4，libopencv_highgui.so.2.4，libopencv_imgproc.so.2.4：matlab/bin/glnxa64中
而且通过ls libopencv_* -l 命令可以看到这些库通过链接的都是这个文件夹中自己的库。
2 找到caffe所依赖的这些库的位置
这四个库资源都是在：/usr/lib/x86_64-linux-gnu中
3 进行链接
1）首先需要备份或删除matlab中的那几个库的软链接，建议备份，命令如下：
Sudo mv /home/xaver/local/MATLAB/sys/os/glnxa64/ libstdc++.so.6 /home/xaver/local/MATLAB/sys/os/glnxa64/ libstdc++.so.6
注意以上路径并不一定就是你的路径，物理意义上表示的是你的matlab所安装的路径
2）然后是进行链接，使用如下命令
Sudo ln –s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 / /home/xaver/local/MATLAB/sys/os/glnxa64/ libstdc++.so.6
这条命令的前边的地址是需要链接的对象，俗称卖家，后面是需求链接那个对象的地址，俗称买方，买方从卖方那里获取库的使用。
对于其他三个库，照此方法进行链接，但是要注意按照步骤一和二来修改相应的地址
4 再次使用sudo make mattest进行测试
5 这里提供一个实例，来进行实际的matlab的操作
<1>下载bvlc_reference_caffenet.caffemodel
链接：http://dl.caffe.berkeleyvision.org/bvlc_reference_caffenet.caffemodel
下载好之后放入文件夹/caffe-master/models/bvlc_reference_caffenet 这是因为一会运行的demo要使用这个模型。
<2>在终端输入命令“matlab”(打不开的自己去添加PATH)打开Matlab，切换到目录/caffe-master/matlab/demo/（这很重要）
<3>输入命令 run(‘classification_demo.m’) 或者双击打开classification_demo.m直接点击上面控制台上的“运行”即可，不需要输入参数。
<4>输出是一个1000×1的矩阵，因为ImageNet数据集有1000个类别。

参考文献：
[1]caffe与matlab接口：http://blog.csdn.net/fangbinwei93/article/details/52865461
[2]实例操作：http://www.cnblogs.com/laiqun/p/6031925.html

以下是经历过程

http://blog.csdn.net/fangbinwei93/article/details/52865461
我成功啦 成功地完成了调试matlab！
在没有更改g++的情况下，实现了matlab与caffe的接口，其本质原因是基于matlab所使用的libstdc以及libopencv等文件与caffe使用的不是用一个，使用
Ldd ~/deepLearning/caffe/matlab/+caffe/private/caffe_mexa64 中所连接的lib文件是指向系统的/usr/lib/x86_64-linux-gnu中，而在matlab命令框中输入！Ldd ~/deepLearning/caffe/matlab/+caffe/private/caffe_mexa64，其指向的是matlab本身的库，然后我进到matlab本身的库里面，如matlab。Sys/os/glnx64/libstdc++.so.6这个软链接指向的是matlab本身自带的libstdc++.so.6
修改好之后，再次在编译caffe_,mexa64上出错，观察这里的提示：提示_ZN2cv8imencodeERKNSt 很长一串的东西，经过一番google，找到点眉目，我再次对比了终端下和MATLAB下所引用的库，感觉应该是opencv那几个库的问题（并不能保证所有人都是这几个库出问题），我像上面一样，改了下面3个库的软链接，对于matlab来说，opencv位于/matlab/bin/glnx64下，对于系统而言，与之前一样，在/usr/lib/x86_64-linux-gnu中，使用删除原始链接，在添加新的软链接的方式即可，主要针对的三个库分别为：libopencv_core.so.2.4 libopencv_highgui.so.2.4 libopencv_imgproc.so.2.4这三个库，然后就可以了编译成功make mattest了，主要参考的文章是这个
http://blog.csdn.net/fangbinwei93/article/details/52865461

然后使用这个上面的一个例子进行编译
http://www.cnblogs.com/laiqun/p/6031925.html

http://blog.csdn.net/fangbinwei93/article/details/52865461
这里面有一句有意思的代码
在matlab命令窗口输入system(‘exho LDLIBRARYPATH′)，发现里面的路径包含/usr/local/MATLAB/R2014a/sys/os/glnxa64、/usr/local/MATLAB/R2014a/bin/glnxa64，这两个路径里都有libstdc++.so.6，但是它不包含GLIBCXX3.4.20，所以让MATLAB找到系统的libstdc++.so.6就行了，所以看到一种方法是exportLDLIBRARYPATH=LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6

发现了一个问题，在终端和matlab中输出的 echo $LD_LIBRARY_PATH的结果是不一样的，在matlab中，压根就没有libstdc++这个东西

这是一个问题，目前看到有什么GCC库不兼容，caffe和matlab所支持的gcc版本不同等问题
首先是自己在网上找到一些资料信息，然后是结合老师的文档进行阅读，这里预计五篇文献
1 http://blog.csdn.net/ws_20100/article/details/50525879
Caffe的matlab接口的使用方法
包含两个内容，一是编译MatCaffe，二是使用MatCaffe
1）使用如下命令编译Matcaffe，之后可以用如下命令测试MatCaffe：
Make all matcaffe
Make mattes
其中提到了出现错误的解决方法：libstdc++.so.6 version ‘GLIBCXX_3.4.15’ not found
2）使用MatCaffe
这一点就等到以后再看，这篇文章使用了一个例子来解释matcaffe的具体使用方法，前提是假设已经下载了BLVC CaffeNet，并且在caffe根目录启动matlab
2 http://blog.csdn.net/u012746763/article/details/50419153
Matlab下对caffe接口的调用
Gcc降级+编译matlab+运行demo，文章写于2015年12月
1）gcc降级：他说的是matlab2013a支持gcc较低版本gcc4.4.x，而ubuntu支持gcc4.8，所以要先将gcc降级，大概逻辑是先安装gcc4.4，然后降级
文章的底部说这是针对于matlab2013a版本，对于2014a版本无需降级gcc，需要在Makefile第410行添加
CXXFLAGS+=-STD=C++11

3 我在Makefile.config中添加了matlab的路径，使用make all matcaffe之后，发现不能运行成功，报的错误如下，读取之后，大概意思是caffe支持的版本是4.7.x，而我正使用的版本是5.4.0，版本不兼容

那么怎么解决这个问题呢？张敬老师之前给的文档里面也碰到了相同的问题，给出了两个博客，细读以下
http://www.cnblogs.com/loveyakamoz/archive/2012/12/26/2833967.html
更改Ubuntu gcc、g++默认编译器版本
方法一：首先看一下你的Ubuntu都装了哪些版本的gcc：ls/usr/bin/gcc* -l
我的显示的是其默认安装和指向是gcc-5，现在来改成gcc-4.7
删除gcc-5的软连接文件/usr/bin/gcc（只是删除软连接）
Sudo rm /usr/bin/gcc
然后建里一个软链接，指向gcc-4.7
Sudo ln –s /usr/bin/gcc-4.7 /usr/bin/gcc
好了，现在用命令 gcc –v 看是什么
http://blog.csdn.net/hduxiejun/article/details/53514466
Caffe中使用matlab接口的第一步是对GCC进行降级
先安装gcc4.7，在终端执行命令
sudo apt-get install gcc-4.7 g++-4.7 g++-4.7-multilib gcc-4.7-multilib
然后再终端执行以下系统gcc降级命令
http://blog.csdn.net/ture_dream/article/details/52651746
这个上面在下载gcc时，是直接进行安装安装的
sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test
sudo apt-get update
sudo apt-get install gcc-4.7
sudo apt-get install g++-4.7

方法总结：1）下载gcc4.7；2）删除软链接；3）gcc –v查看
Ls /usr/bin/gcc* -l
sudo apt-get install gcc-4.7 g++-4.7 g++-4.7-multilib gcc-4.7-multilib
Sudo rm -rf /usr/bin/gcc
Sudo rm -rf /usr/bin/g++
Sudo ln –s /usr/bin/gcc-4.7 /usr/bin/gcc
Sudo ln –s /usr/bin/g++-4.7 /usr/bin/gcc
Gcc –v
Sudo make matcaffe
Sudo make mattest

4 遇到的问题
在编译make matcaffe过程中，遇到了下面的问题，首先把问题描述清楚，

Undefined reference to ‘google::protobuf::internal::empty_string_’
Undefined reference to ‘google::base::CheckOpMessageBuilder::NewString()’
https://stackoverflow.com/questions/30124264/undefined-reference-to-googleprotobufinternalempty-string-abicxx11
这个上面出现了我的第一种问题——怀疑是一个C++ABI问题。在GCC5中更改了std::string的ABI。
如果libprotobuf是用的gcc4.x或者更早版本，而该app是用gcc5构造的，你将会看到问题，因为libprotobuf使用了std::string在它的接口中。有两个选择：一是使用gcc5来重构libprotobuf，另一种是使用-D_GLIBCXX_USE_CXX11_ABI=0构造应用程序，这将强制GCC使用旧的ABI版本
http://blog.csdn.net/quincuntial/article/details/50593268
这个上面说采用的google的protobuf版本是最新的版本与caffe不兼容。
http://wenda.chinahadoop.cn/question/3956
这个上面说重装一遍protobuf
Sudo apt-getl update
Sudo apt-get install libprotobuf-dev

再次运行了一遍，在原来提示的基础上，又发现
Undefined reference to ‘leveldb::Status::ToString() const’
我要看下日志，这些未被定义的文件，是在哪里没有被定义的？是不是函数库不匹配，或者没有下载，或者没有连接上？
内容如下，

恍惚间，看到这句话，z在问题的结尾有
“Makefile:517:recipe for target ‘matlab/+caffe/private/caffe_.mexa64’ failed
Make：*[matlab/+caffe/private/caffe_.mexa64]error 255
这点不是跟张敬老师里面写的这条相似吗？
根据对老师所言的理解，是matlab下面的库与系统的库不一致或者确实存在问题，因此需要将所有的系统的对应库，接到matlab对应目录下即可
我首先分别在/home/xaver/local/MATLAB/R2015a/sys/os/glnxa64和/usr/lib/x86_64-linux-gnu/下分别查看了”libstdc++.so.6“的状态，前者有，但是后缀名是.bak，记得在安装matlab时，安装sudo install matlab-support时，将相关的不兼容文件保存为.bak，不知道这个文件是不是？
操作如下：进入MATLAB目录：/usr/local/MATLAB/R2015a/sys/os/glnxa64；sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 libstdc++.so.6

4、关于mex错误中的libstd++.so.6、libcudart.so.8.0
原来关于libstdc++.so.6的处理方法能够保证make mattest能过。但是运行具体m文件时还是会出错。这是因为MATLAB下面的库与系统的库不一致或者确实问题。除了上述的opencv（在/bin/glnxa64/下）之外，还有libstd++.so.6和libcu*.8.0等等
处理方法有也简单，根据提示，将所有的系统的对应库，软件接到MATLAB对应的目录下即可。
问题：Invalid MEX-file ‘/home/user/zhangjing/caffe-YangWANG/matlab/+caffe/private/caffe_.mexa64’: /usr/local/MATLAB/R2015a/bin/glnxa64/../../sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6: version
`GLIBCXX_3.4.20’ not found (required by /home/user/zhangjing/caffe-YangWANG/matlab/+caffe/private/caffe_.mexa64)
1、进入MATLAB目录：/usr/local/MATLAB/R2015a/sys/os/glnxa64
2、把系统目录 /usr/local/cuda/lib64/中的cuda相关的库（；libcu*.so.*）全部软连接到当前目录
sudo ln -s /usr/local/cuda/lib64/libcublas.so.8.0 libcublas.so.8.0
sudo ln -s /usr/local/cuda/lib64/libcudnn.so.5 libcudnn.so.5
sudo ln -s /usr/local/cuda/lib64/libcufft.so.8.0 libcufft.so.8.0
sudo ln -s /usr/local/cuda/lib64/libcufftw.so.8.0 libcufftw.so.8.0
sudo ln -s /usr/local/cuda/lib64/libcuinj64.so.8.0 libcuinj64.so.8.0
sudo ln -s /usr/local/cuda/lib64/libcurand.so.8.0 libcurand.so.8.0
sudo ln -s /usr/local/cuda/lib64/libcusolver.so.8.0 libcusolver.so.8.0
sudo ln -s /usr/local/cuda/lib64/libcusparse.so.8.0 libcusparse.so.8.0
sudo ln -s /usr/local/cuda/lib64/libcudart.so.8.0 libcudart.so.8.0
3、把系统目录/usr/lib/x86_64-linux-gnu/下的libstd++.so.6软连接到当前目录
sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 libstdc++.so.6

http://blog.csdn.net/shaoxiaohu1/article/details/51411301
Invalid MEX-file “caffe_.mexa” 的解决方法
我觉得这个说的挺有道理的，matlab找不到caffe的部分动态链接库文件，
http://blog.csdn.net/qq_17278169/article/details/64128525
这篇文章的情况跟我的类似，编译caffe的一个protobuf问题，也是因为在系统中安装了anaconda，导致里面安装的protobuf版本和系统安装的版本有冲突
我分别在/etc/environment和xaver/.bashrc中进行了查看，在./bashrc中找到了anaconda的路径进行了删除，在使用echo $PATH，source ./bashrc没有了这个路径
再次在caffe中运行make all 再次是protobuf相关的问题，我猜测是不是因为没有protobuf的包，我在安装一次看行不行
但是又报这样的错误，unable to locate package libprotobuf
http://www.cppblog.com/colorful/archive/2012/04/29/173122.aspx
这个文章说 sudo apt-get update下，结果。。。还是不行
https://jingyan.baidu.com/article/1876c85270b4c6890b137692.html
这个说的也不行
http://blog.csdn.net/u012999651/article/details/51781691
这个上面说sudo apt-get upgrade，更进了一步，不知道行不行，upgrade是什么意思？
http://www.baiyuxiong.com/?p=529
update是更新软件列表，upgrade是更新软件，我怎么有种不好的预感，我的gcc就是要4.7版本的?!

http://blog.csdn.net/rt5rte54654/article/details/54742981
这个版本出现的问题跟我的一样（22：54）
http://www.cnblogs.com/laiqun/p/6031925.html
这个博客之前看过，但是没有深入理解，因为心中倾向于改得少的，然后这篇文章说得理由不是很清晰
http://caffecn.cn/?/question/41
我结合上面两个博客，可是测试仍出现问题
Invalid MEX-file ‘/usr/local/caffe/matlab/+caffe/private/caffe_.mexa64’: /usr/local/caffe/matlab/+caffe/private/caffe_.mexa64: undefined symbol:
然后这个里面有人说：那你在用matcaffe做training和testing的时候有没有错误？
如果能train和test的话就忽略这个错把。
http://www.cnblogs.com/laiqun/p/6031925.html
这个博客里面提示了测试的案例，我准备尝试下
尝试了，到最后一步，还是失手了，同样的错误
闪了 十二点二十了 得回家了