[linux] 安装CONSERV源码包

参考Blog---------------------------------------------

linux下使用yum安装gcc详解：点击打开链接

Linux下通过源码编译安装程序：点击打开链接

[Linux] yum和apt-get用法及区别：点击打开链接

make, make install用法：点击打开链接

----------背景知识----------------------------------

tar 只是一种压缩文件格式，所以，它只是把文件压缩打包而已。 tar一般包括编译脚本，你可以在你的环境下编译，所以具有通用性。
tar一般都是源码打包的软件，需要自己解包，然后进行安装三部曲，./configure, make, make install. 来安装软件。

一般来说著名的linux系统基本上分两大类：
1.RedHat系列：Redhat、Centos、Fedora等
2.Debian系列：Debian、Ubuntu等

RedHat 系列
1 常见的安装包格式 rpm包,安装rpm包的命令是“rpm -参数”
2 包管理工具 yum
3 支持tar包

Debian系列
1 常见的安装包格式 deb包,安装deb包的命令是“dpkg -参数”
2 包管理工具 apt-get
3 支持tar包

rpm 包，一般用于rhel fedora centos oracle suse mandriva这6种发行版本中。而deb 包则是debian和ubuntu的首选。它们都有一个共同的问题，就是安装时的依赖性。为了解决这个问题，rhel fedora centos oracle这4种发行版使用yum 而ubuntu 使用apt-get。它们是不能错的。如果你明明是ubuntu你是不能用rpm包的。

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常规步骤：

用于linux源码安装软件，一般下载源码包得到文件：xxxx.tgz
1、解包软件

tar -zxf xxxx.tgz

2、配置

cd xxxx./configure ....

3、编译（源代码编译后，成为可执行文件）

make

4、安装

make install

5、卸载

make uninstall

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安装CONSERV源码包：

CONSERV is a software to find contiguous conserved sequences among nucleic or amino acid sequences. It is fast enough for genome-scale data. Although it can only detect exact matches, it is very useful to get invariant conserved sequences among complete genomes, and so on.
It uses the generalized suffix tree data structure and Ukkonen's linear-time suffix tree construction algorithm.
It is written in the C language. It can be run on Linux, Solaris, and Tru64 UNIX, and it would be run on any UNIX.

1、将CONSERV-20051029.tar.gz解压缩

tar -zxf CONSERV-20051029.tar.gz  #解压到当前目录

2、cd到解压缩后的文件。

make  # 进行编译即可。  # PS.软件的说明文档只有make这一步。

3、按照说明文档输入命令及相关参数

% conserv -L 100 -v 5 -n 10 -o out -i file1.fst -b file2.fst

(-L 100) reports conserved sequences longer than or equal to 100 bases.
(-v 5) reports conserved sequences that occur in at least 5 sequences.
(-n 10) reports conserved sequences that totally occur at least 10 times.
(-o out) specifies output files' prefix.
(-i file1.fst) specifies a input file.
(-b file2.fst) specifies a input file. The option "-b" means that the program analyzes both straight and complemental strands of all sequences read from the file.

--------相关知识补充---

1、apt-get 自动从互联网的软件仓库中搜索、安装、升级、卸载软件.

apt-cache search package 搜索包
apt-cache show package 获取包的相关信息，如说明、大小、版本等
sudo apt-get install package 安装包
sudo apt-get install package - - reinstall 重新安装包
sudo apt-get -f install 修复安装"-f = ——fix-missing"
sudo apt-get remove package 删除包
sudo apt-get remove package - - purge 删除包，包括删除配置文件等
sudo apt-get update 更新源
sudo apt-get upgrade 更新已安装的包
sudo apt-get dist-upgrade 升级系统