Linux学习

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Linux学习系列文章是生信宝典最开始主推的一块，力图从一个新额视角帮助初学者快速入门Linux系统，熟悉Linux下的文件和目录，文件操作， 文件内容操作。而且教程摒弃了完美操作，列举出常见错误和解决方式，管道、标准输入输出解惑Linux下多种信息输出方式。

在文件排序和FASTA文件操作中简述了awk和sed的使用，作为一个引子。本篇则详细列举关于awk常用的操作和一些偏门的操作。

awk基本参数解释

awk擅长于对文件按行操作，每次读取一行，然后进行相应的操作。

awk读取单个文件时的基本语法格式是awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{print $0, $1;}' filename。

读取多个文件时的语法是awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}ARGIND==1{print $0, $1;}ARGIND==2{}' file1 file2。

awk后面的命令部分是用引号括起来的，可以单引号，可以双引号，但注意不能与内部命令中用到的引号相同，否则会导致最相邻的引号视为一组，引发解释错误。

OFS: 文件输出时的列分隔符 (output field separtor)

FS: 文件输入时的列分隔符 (field separtor)

BEGIN: 设置初始参数，初始化变量

END: 读完文件后做最终的处理

其它{}：循环读取文件的每一行

$0表示一行内容；$1, $2, … $NF表示第一列，第二列到最后一列。

NF (number of fields)文件多少列；NR (number of rows) 文件读了多少行: FNR 当前文件读了多少行，常用于多文件操作时。

a[$1]=1: 索引操作，类似于python中的字典，在ID map，统计中有很多应用。

常见操作

• 针对特定列的计算，比如wig文件的标准化

ct@ehbio:~/sxbd$ cat ehbio.wigvariableStep chrom=chr2300701  12.5300702  12.5300703  12.5300704  12.5300705  12.5ct@ehbio:~/sxbd$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{$2=$2*10^6/(2.5*10^6); print $0}' wig tep chrom=chr2  0300701  4.4300702  4.8300703  4300704  4.8300705  4.8

• 计算某列内容出现的次数。

ct@ehbio:~/sxbd$ cat count ID  TypePou5f1  PluripotencyNanog   PluripotencySox2    NeuronTet1    EpigeneticTet3    EpigeneticMyc Oncogenect@ehbio:~/sxbd$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR>1) a[$2]+=1;}END{print "Type\tCount"; for(i in a) print i,a[i];}' countType    CountNeuron  1Epigenetic  2Oncogene    1Pluripotency    2# 这个也可以用下面方式代替，但不直接ct@ehbio:~/sxbd$ tail -n +2 count | cut -f 2 | sort | uniq -c | sed -e 's/^  *//' -e 's/  */\t/' 2   Epigenetic1   Neuron1   Oncogene2   Pluripotency

• 之前也提到过的列操作，从GTF文件中提取启动子区域

sed 's/"/\t/g' GRCh38.gtf | awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if($3=="gene") {ensn=$10; symbol=$16; if($7=="+") {start=$4-1; up=start-1000; if(up<0) up=0; dw=start+500; print $1,up, dw, ensn, symbol, $7;} else if($7=="-") {start=$5-1; up=start+1000; dw=start-500; if(dw<0) dw=0; print $1,dw,up,ensn,symbol,$7}}}' | sort -k1,1 -k2,2n >GRCh38.promoter.bed

• 数据矩阵的格式化输出

ct@ehbio:~/sxbd$ cat numertic.matrix ID  A   B   Ca   1.002   1.234   1.999b   2.333   4.232   0.889ct@ehbio:~/sxbd$ awk '{if(FNR==1) print $0; else {printf "%s%s",$1,FS; for (i=2; i<=NF; i++) printf "%.1f %s", $i, (i==NF?RS:FS)}}' numertic.matrix ID  A   B   Ca 1.0  1.2  2.0 b 2.3  4.2  0.9 

• 判断FASTQ文件中，输出质量值的长度是与序列长度不一致的序列ID

zcat Test_2.fq.gz | awk '{if(FNR%4==1) ID=$0; else if(FNR%4==2) seq_len=length($0); else if(FNR%4==0) {quality_len=length($0); if(seq_len!=quality_len) print ID; }}' 

• 筛选差异基因

ct@ehbio:~/sxbd$ cat de_geneID  log2fc  padjA   1   0.001B   -1  0.001C   1   0.001D   2   0.0001E   -0.51   0.051F   0.1 0.1G   1   0.1ct@ehbio:~/sxbd$ awk '$3<0.05 || NR==1' de_gene ID  log2fc  padjA   1   0.001B   -1  0.001C   1   0.001D   2   0.0001ct@ehbio:~/sxbd$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR==1) print $0; else {abs_log2fc=($2<0?$2*(-1):$2);if(abs_log2fc>=1 && $3<0.05) print $0;}}' de_gene ID  log2fc  padjA   1   0.001B   -1  0.001C   1   0.001D   2   0.0001

• 筛选差异基因存储到不同的文件

ct@ehbio:~/sxbd$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"; up="up"; dw="dw";}{if(FNR==1) {print $0 >up; print $0 >dw;} else if ($3<0.05) {if ($2>=1) print $0 >up; else if($2<=-1) print $0 >dw;}}' de_gene ct@ehbio:~/sxbd$ head up dw==> up <==ID  log2fc  padjA   1   0.001C   1   0.001D   2   0.0001==> dw <==ID  log2fc  padjB   -1  0.001

• ID map，常用于转换序列的ID、提取信息、合并信息等

ct@ehbio:~/sxbd$ cat id_map ENSM    Symbol  EntrezENSG00000280516 TMEM42  693149ENSG00000281886 TGM4    7047ENSG00000280873 DGKD    8527ENSG00000281244 ADAMTS13    11093ENSG00000280701 RP11-272D20.2   ENSG00000280674 ZDHHC3  51304ENSG00000281623 Y_RNA   ENSG00000280479 CACFD1  11094ENSG00000281165 SLC2A6  11182ENSG00000281879 ABO 28ENSG00000282873 BCL7A   605ENSG00000280651 AC156455.1  100506691ct@ehbio:~/sxbd$ vim ensmct@ehbio:~/sxbd$ cat ensm ENSG00000281244ENSG00000281165ENSG00000282873ct@ehbio:~/sxbd$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}ARGIND==1{if(FNR>1) ensm2entrez[$1]=$3;}ARGIND==2{print ensm2entrez[$1];}' id_map ensm1109311182605# 替代解决方案，注意 -w的使用，避免部分匹配。最稳妥的方式还是使用awk。ct@ehbio:~/sxbd$ grep -w -f ensm id_map | cut -f 31109311182605

• 转换大小写, toupper, tolower

ct@ehbio:~/sxbd$ cat symbol Tgm4DgkdAboct@ehbio:~/sxbd$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}ARGIND==1{if(FNR>1) ensm2entrez[$2]=$3;}ARGIND==2{print ensm2entrez[toupper($1)];}' id_map symbol 7047852728

• awk数值操作

# log2对数awk 'BEGIN{OFS="\t";FS="\t"}{print log($0)/log(2)}' file# 取整,四舍五入awk 'BEGIN{OFS="\t";FS="\t"}{print int($1+0.5);}' file

• awk定义函数

awk 'function abs(x){return ((x < 0.0) ? -x : x)}BEGIN{OFS="\t";FS="\t"}{pos[1]=$1;pos[2]=$2;pos[3]=$3;pos[4]=$4; len=asort(pos);for(i=len;i>1;i--) print abs(pos[i]-pos[i-1]);}' file

• 字符串匹配

ct@ehbio:~/sxbd$ cat ens.bed1   100 1052   100 1053   100 105Mt  100 105X   100 105ct@ehbio:~/sxbd$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if($1~/^[0-9XY]/) $1="chr"$1; else if($1~/M.*/) gsub(/M.*/, "chrM", $1); print $0}' ens.bed chr1    100 105chr2    100 105chr3    100 105chrM    100 105chrX    100 105

• 字符串分割

ct@ehbio:~/sxbd$ cat trinity_idTrinity_C1_g1_i1Trinity_C1_g1_i2Trinity_C1_g1_i3Trinity_C2_g1_i1Trinity_C3_g1_i1Trinity_C3_g3_i2ct@ehbio:~/sxbd$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{count=split($1, geneL, "_"); gene=geneL[1]; for(i=2;i<count;i++) gene=gene"_"geneL[i]; print gene,$1;}' trinity_id Trinity_C1_g1   Trinity_C1_g1_i1Trinity_C1_g1   Trinity_C1_g1_i2Trinity_C1_g1   Trinity_C1_g1_i3Trinity_C2_g1   Trinity_C2_g1_i1Trinity_C3_g1   Trinity_C3_g1_i1Trinity_C3_g3   Trinity_C3_g3_i2

• awk脚本

cat <<END >grade.awkf ( avg >= 90 ) grade="A";else if ( avg >= 80) grade ="B";else if (avg >= 70) grade ="C";else grade="D";ENDawk -f grade.awk grade

• awk给每行增加行号，使其变为唯一

awk 'BEGIN{OFS="\t";FS="\t"}NR!=1{$4=$4"_"NR;print $0}' file

糅合操作

• awk中执行系统命令 (注意引号的使用)

# 系统命令组成字符串，交给system函数运行awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{system("mv "$1".fq "$2".fq");}' input_mat

• awk 引用系统变量

ct@ehbio:~/sxbd$ echo 1 | awk -v ehbio="shengxinbaodian" -v ehbio2="SXBD" '{print ehbio, ehbio2;}'shengxinbaodian SXBD

学会了基本命令，生信分析中还有一大块是使用已经安装好的工具，针对软件安装中遇到的问题，推出了系列文章：环境变量和可执行属性彻底释义环境变量的概念；列举出Linux下软件安装的各种方法，并针对Docker和Conda分别发文介绍。

生信宝典

• Linux学习 - 常用和不太常用的实用awk命令

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