python分别用while和for于vcf格式提取复等位基因的snp(并计算分别条数)
来源:互联网 发布:node.js 实战 第二版 编辑:程序博客网 时间:2024/05/20 21:57
line=open('cleanqt.vcf','r').readlines() #use ‘while’
out1=open('alle=1.vcf','w')
out2=open('alle=2.vcf','w')
out3=open('alle=3.vcf','w')
a=0
b=0
c=0
d=0
while a<len(line):
word=line[a].split()
if len(word[4])==3:
out2.write(line[a])
b+=1
elif len(word[4])==5:
out3.write(line[a])
c+=1
else:
out1.write(line[a])
d+=1
a+=1
out1=open('alle=1.vcf','w')
out2=open('alle=2.vcf','w')
out3=open('alle=3.vcf','w')
a=0
b=0
c=0
d=0
while a<len(line):
word=line[a].split()
if len(word[4])==3:
out2.write(line[a])
b+=1
elif len(word[4])==5:
out3.write(line[a])
c+=1
else:
out1.write(line[a])
d+=1
a+=1
print(d,b,c)
line=open('cleanqt.vcf','r').readlines() #use ‘for in’
out1=open('alle=1.vcf','w')
out2=open('alle=2.vcf','w')
out3=open('alle=3.vcf','w')
a=0
b=0
c=0
for l in line:
word=str(l).split()
if len(word[4])==3:
out2.write(str(l))
b+=1
elif len(word[4])==5:
out3.write(str(l))
c+=1
else:
out1.write(str(l))
a+=1
print(a,b,c)
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