仅对特定的基因call variation
来源:互联网 发布:web 开发语言 知乎 编辑:程序博客网 时间:2024/05/16 18:28
对特定的基因call variation
代码很简单:
grep H3F3A ~/reference/gtf/gencode/protein_coding.hg19.position
samtools mpileup -r chr1:226249552-226259702 -ugf ~/reference/genome/hg19/hg19.fa *sorted.bam | bcftools call -vmO z -o H3F3A.vcf.gz
gunzip H3F3A.vcf.gz
~/biosoft/ANNOVAR/annovar/convert2annovar.pl -format vcf4old H3F3A.vcf >H3F3A.annovar
~/biosoft/ANNOVAR/annovar/annotate_variation.pl -buildver hg19 --geneanno --outfile H3F3A.anno H3F3A.annovar ~/biosoft/ANNOVAR/annovar/humandb/
~/biosoft/ANNOVAR/annovar/annotate_variation.pl -buildver hg19 --dbtype knownGene --geneanno --outfile H3F3A.anno H3F3A.annovar ~/biosoft/ANNOVAR/annovar/humandb/
需要自己制作好基因的起始终止坐标文件,这样就可以找到自己的基因的位置,比如我的H3F3A是chr1:226249552-226259702,用bcftoolls简单的call variation即可,得到的vcf文件用annovar注释一下,看看是否在自己设计的蛋白质的某个位点的氨基酸!
- 仅对特定的基因call variation
- 女人比男人长寿的根本原因是对特定基因的欺骗结果
- GATK best practices对variation(only for SNPs and Indels)的鉴定以及对上游数据对处理
- 经销商对某个特定的股票
- 对图片加入特定水印的方法
- springsecurity 对特定方法访问的限制
- java对集合元素的特定排序
- 训练自己特定的图片及预测单张图片(仅CPU)
- UserLock教程:限制用户仅从特定的机器进行连接
- javascript--对call方法的理解
- 企业家的基因
- 合成基因的方式
- DNA 基因的匹配
- 做互联网的基因
- 做互联网的基因
- 自私的基因
- 无私的基因
- 移动互联网的基因
- git基础使用
- 【借用前沿技术搞营销】IoT&AI之上,拓展营销新边界
- Kettle 7.0 怎么连数据库资源库
- Linux Yum安装多个MYSQL实例(转载)
- 我的第一个
- 仅对特定的基因call variation
- caffe-MobileNet-ssd环境搭建及训练自己的数据集模型
- 最小路径覆盖问题
- APACHE服务器出现No input file specified.的完美解决方案
- Entity Framework(3)修改
- hdu 1251 统计难题 (统计前缀出现次数)
- Caffe各种层
- object references an unsaved transient instance
- Tensorflow实现cnn模型的训练与使用