用R和 Markdown创建动态报告

用R和 Markdown创建动态报告 

你会使用rmarkdown包来从Markdown格式和R代码中创建文档。在处理文档的 时候，运行R代码，格式化输出，然后把输出嵌入到后生成的文档当中。你可以用这个方式来 生成 HTML、Word或PDF文件，步骤如下。

 (1) 安装rmarkdown包（install.packages("rmarkdown")）。这个步骤会把很多其他的 包也安装进来，包括knitr包。如果你在使用新版RStudio，你可以跳过这一步，因为你已经有 必要的包了。 

(2) 安装xtable包（install.packages("xtable")）。这个包中的xtable()函数用美观 的方式格式化报告中的数据框和矩阵。xtable()也可以对lm()、glm()、aov()、table()、 ts()和coxph()返回的对象进行格式化。载入这个包后，可以用methods(xtable)来查看它能 格式化的所有对象列表。 

(3) 安装Pandoc（http://johnmacfarlane.net/pandoc/index.html）。Pandoc是一个支持Windows、 Mac OS X和Linux的免费软件。它可以把一种标记格式的文件转换成另外一种标记格式。同样， RStudio用户可以跳过这一步。 

(4) 如果想生成PDF文档，需要安装一套LaTeX编译器。一套LaTeX编译器能够把一个LaTeX 文件转换成一个高质量排版的PDF文档。我推荐Windows用户安装 MiKTeX（http://miktex.org/）， Mac用户安装 MacTeX（https://tug.org/mactex/），Linux用户安装TeX Live（https://tug.org/texlive/）。

 软件都安装好之后，就可以进行下一步了。 为了用Markdown语法把R的输出（值、表格、图形）合并到一个文档中，你需要首先创建一 个包含以下内容的文本文档： 

 报告文字 

 Markdown语法

  R代码块（用分隔符包围起来的R代码） 

按照惯例，这种文本文件使用扩展名.Rmd

Markdown 语法的简要规则

标题

# 一级标题

## 二级标题

... ...

###### 六级标题  

以此类推，总共六级标题，建议在# 号后加一个空格，这是最标准的 Markdown 语法。

换行和段落

文字之间一行或多行的空白行：把文字分割成段落 

行尾两个或多个空格：添加一个换行符

列表

无序列表：文字前加上 - 或 *

* item 1 

* item 2 


有序列表：

1. item 1 

2. item 2 

符号要和文字之间加上一个字符的空格。

引用

> 例如这样

图片与链接

[Google](http://google.com)  ：超链接

   ：图片

粗体与斜体

**这里是粗体**

* 这里是斜体*

分割线：分割线的语法只需要另起一行，连续输入三个星号 *** 即可。

表格

| Tables        | Are           | Cool  || ------------- |:-------------:| -----:|| col 3 is      | right-aligned | $1600 || col 2 is      | centered      |   $12 || zebra stripes | are neat      |    $1 |

生成的表格如下：

TablesAreCoolcol 3 isright-aligned$1600col 2 iscentered$12zebra stripesare neat$1

R代码框

```{r options}

R代码

```