ITK 数据源

一些医学图像研究用的数据源:

1.RIRE:
Vanderbilt 大学的 J.M.Fitzpatriek教授领导的可回溯性医学图像配准评估（RIRE）项目组,是世界是医学图像配准评估工作最出名完善的. 该项目提供大量的病人实例数据, 主要用于CT-MR 以及 PET-MR 的配准评估. 研究人员可以下载其数据, 使用自己的配准技术进行实验后,把自己的实验结果提交到网站, 经过专业人员的评估后, 会将评估结果返回给研究者.

实验数据下载地址:
http://www.insight-journal.org/RIRE/download_data.php
下载到的数据并不是 DICOM 格式的数据, 如果想使用 DICOM  格式的数据,可以通过网站提供的一个工具转换成 DICOM 格式, 格式转换的示例如下:
转换格式:  >ImageReadDicomSeriesWriteWin32.exe sourceImage outDir
示例,假设我们下载到了 patient_109 病人的数据：
解压 patient_109 中的 ct[1].tar.gz, 如果解压后没有 image.bin，则解压其中的 image.bin.Z
将 sourceImage 替换成 patient_109_ct.mhd 即可将数据转换成 dicom 文件, outDir  为 DICOM 文件的输出目录.

2. 2D-3D 配准的标准评估, 地址:  http://www.isi.uu.nl/Research/Databases/GS/  这个网站提供的数据我还没有下载过.

3. ITK 官方提供的数据链接
http://public.kitware.com/pub/itk/Data/
分别有：
BrainWeb, 模拟脑数据库： http://public.kitware.com/pub/itk/Data/BrainWeb/
供有限元法实验的数据：http://public.kitware.com/pub/itk/Data/DeformableRegistrationFEM/
肝脏肿瘤：http://public.kitware.com/pub/itk/Data/LiverTumor/
RegisterImageModulesBaselines:
http://public.kitware.com/pub/itk/Data/RegisterImageModulesBaselines/
VisibleWomanHead:
http://public.kitware.com/pub/itk/Data/VisibleWomanHead/
等等其它用途的数据, 现在还不明白是干什么用的. 有一个问题是, 大部分数据都是 .mhd, .raw 格式的,查了半天也没有查到这些数据怎么处理, raw 应该是原始数据, mhd 指定参数如何读取 raw 文件中数据. 试了下, 可以使用 VTK 对这类数据进行可视化, 但是 raw 文件中一般包含了大量的数据, 还没有找到如何有效的处理方法,这个以后再说.不过 ITK 中关于可变形配准中的示例用的都是这种数据,不知哪里有这种格式的介绍.

4.DICOM 数据集: http://pubimage.hcuge.ch:8080/
  这个网站有大量的数据，不同部位，不同病情, 数据量十分的庞大.

5.斯坦福大学: http://graphics.stanford.edu/data/voldata/ 不过奇怪, 下载到的数据分明已经被我的 DICOM 察看软件关联了,但是就是打不开, 而且试了很多软件都打不开,郁闷.

6.可视化人体项目 CT 数据库: https://mri.radiology.uiowa.edu//VHDicom/ ,这个网站提供两种不同格式的数据, 靠后面的链接是 DICOM 格式.

7.BrainWeb: Simulated Brain Database 模拟脑数据库, 上面 ITK 官方链接也提供了一个 BrainWeb, 但不知道和这个是不是一样的, 该网站提供的数据下载需要选择一些参数, 暂时还不明白是做什么用的. 对于脑图像数据, 该网站是非常著名的,但是同样, 我还不知道如何处理它所提供的数据格式,唉,这方面的知识资料缺乏啊...
http://www.bic.mni.mcgill.ca/brainweb/

8.国内中科院自动化研究所：
http://www.mitk.net/zhcn/index.htm ,其中一个数据是专用于他们的 3DMed, 另一个数据库是 Micro-CT小鼠数据. 这两个链接本来是坏的, 还是我前几天给他们发了封 Email 后, 他们才修复了, 真是太不负责了.

差不多主要的就这些了, 看了一些论文, 医学图像配准大部分都使用 RIRE 项目, 有的使用的是 BrainWeb 的脑图像数据.重要的是 RIRE 会对研究者们的实验结果进行评判, 而且数据都是经过大量专家实验过的,应该是最权威的.

让人麻烦的是, 医学方面的资料太缺乏了, 好多数据格式都不明白是怎么回事, 查了很长时间,出没有查到如何处理.这个暂且放下,以后再说.