基序发现问题和中间字符串问题

1、如果P(s)表示对应于起始位点s的剖面矩阵，我们用MP(s)(j)来表示P（s）第j列中的最大计数。定义共有序列得分Score(s,DNA)为：
 l
∑ MP(s)(j)，可用来度量起始点为s的序列谱的强度。
j=1

2、给定一组DNA序列，从每条序列中发现一组L元组片段，使得共有序列得分为最大。

输入：一个t*n阶的DNA矩阵，以及试图发现的模式的长度L

输出：含t个起始位点的数组S=(S1,S2,....,St)，使得共有序列得分Score(s,DNA)取最大。

3、汉明距离dH(v,w)计算2个字符串中不相同位点的数目。dH(ATTGTC,ACTCTC)=2，定义v与位于起始点s处的L元组的汉明距离总和dH(v,s)为：

 t
∑ dH(s)(v,Si)，用TotalDistance(v,DNA)=MINs(dH(v,s))表示一个给定字符串v与DNA中任

i=1
意一组起始位点之间的汉明距离总和可能取到的最小值。

4、中间字符串问题

给定一组DNA序列，发现一个中间字符串。

输入：一个t*n阶的DNA矩阵，以及试图找到的模式的长度L

输出：一个含L个核苷酸的字符串v，遍及所有此长度的字符串，使总的汉明距离TotalDistance(v,DNA)取最小值。

即计算

 

 min      min     dH(v,s)

所有可选择的      所有可选择的

L元组片段v        起始位点s