数学、物理、化学、生物、地理常用软件介绍（草稿）

一 数学：

1、数学软件：

（1）常见的通用数学软件包包括：Matlab和Mathematica和Maple，其中Matlab以数值计算见长，Mathematica和Maple以符号运算、公式推导见长
（2）专用数学包包括：
       绘图软件类：MathCAD,Tecplot,IDL,Surfer,Origin,SmartDraw,DSP2000
      数值计算类：Matcom,DataFit,S-Spline,Lindo,Lingo,O-Matrix,Scilab,Octave
      数值计算库：linpack/lapack/BLAS/GERMS/IMSL/CXML
      有限元计算类：ANSYS, MARC,PARSTRAN, FLUENT, FEMLAB,FlexPDE,Algor,COSMOS, ABAQUS,ADINA
      数理统计类：GAUSS ,SPSS,SAS, Splus
      学公式排版类：MathType,MikTeX,ScientificWorkplace,Scientific Nootbook

2、数学编程：
    包括Fortran、C/C++、VB...MatLab、Maple、Mathematica、Femlab、......等编程,讨论各种算法,包括神经网络，模拟退火等，可以应用到计算数学，统计学等。

二、物理

 1、 物理软件：

1基本用途软件

  (1)符号计算：
mathematica：这是唯一一个商业软件，下面有的程序依赖于它，而且由于Wolfram当年也是高能物理出身，因此个人觉得该软件的使用体验很好，也是我唯一动心购买正版的软件。
form：大规模处理符号表达式的利器，下面有的软件包依赖于它，适宜用来做高圈多腿图的计算，但是用起来没有mathematica方便。
maxima：这个是mathematica的免费替代品，但缺点是很多表达式没法像mathematica那样化简，不过好在提供源代码.

(2)数值计算：
gsl：C程序写的数值计算库，内容还比较全面，用来做数值计算很方便，文档比较详细且集中。
cernlib：CERN的数值计算库以及一系列附加的分析绘图工具（甚至包括了下面的一些程序包）。优点是功能强大，专门针对高能物理中的各种应用比较全面；不过个人觉得文档有些散。
scilab：这个是类似于matlab的通用型数值计算软件，简单易用，界面友好，不过因为通常都直接写c或者fortran程序做计算，因此用得较少，也没做过比较是不是会比自己写调用gsl啥的慢很多。
octave：类似于scilab，目前我还没用过

(3)图形可视化：
root：CERN的一个解释型C语言编译器，功能强大，把C语言变成了类似于脚本语言，对做图比较方便。
gnuplot：绘图程序，功能也比较强，用起来也比较方便。
metapost：TeXLive自带的绘图程序，功能还不错，就是用起来不是很方便。
asymptote：在metapost的基础上改进了一些，用起来比metapost方便，不过个人觉得和metapost差不多。（可能我比较弱，无法掌握其精髓^_^）

(4)编辑写作：
texlive：aps推荐使用revtex4格式写paper，因此这个当然必不可少。
openoffice：有时候不得不用一下Office，可以用它来应急，不过和Office的兼容性确实不好。

2特殊用途：

(1).圈图计算
FeynArts：生成Feynman图和Feynman振幅的工具包，在mathematica下使用，方便易学。
FormCalc：配合form（自带得有）和FeynArts对Feynman振幅（小于等于1圈水平）进行解析化简的工具包，在mathematica下使用。
LoopTools：数值计算一圈动量积分的程序包，实际是用了ff包，但是比ff更加易用。但是处理红外发散是用的质量正规化。
QCDLoop：也是计算一圈动量积分的程序包，也用了ff包，但是用维数正规化来处理红外发散。
FeynCalc：具有教学性质的Feynman图计算包，在mathematica中使用，可以对1圈水平的Feynman振幅及模方进行化简，也可进行两圈自能图的计算，给出的表达式和教科书比较接近。
mincer：利用form计算三圈无质量自能图的工具包。
matad：计算三圈真空图的工具包，其中可以有一个质量参数。但是由于和目前form版本不兼容，因此需要进行修改才能配合使用。

(2).数值模拟
madgraph：在树图水平给出Feynman图并进行计算的工具包，利用Helicity方法可计算多腿图，使用比较方便。
madevent：和madgraph配合进行数值积分和事例生成。
comphep：一个简单易用的树图计算工具，可以生成Feynman图，给出解析表达式，进行数值计算，并绘出图形。
calchep：功能和comphep差不多，只是由另外一个人维护。
grace：在领头阶计算Feynman振幅的工具，目前正在扩展到次领头阶。也可以画Feynman图和生成事例。
pythia：强大的Monte Carlo模拟程序，可进行一系列计算，包括数值积分，parton shower，强子化和事例生成，似乎集成在cernlib里了，不过目前正在推出新的c++版本。
herwig：类似于pythia，只是用的算法不尽相同。也在推出新的c++版本。

(3).粒子谱计算
FeynHiggs：计算SUSY中Higgs粒子质量谱和衰变宽度的软件包，考虑了两圈效应，方便易用，甚至可在mathematica中调用。
SDecay：同样是计算SUSY中Higgs粒子质量谱和衰变宽度的软件包。
SoftSUSY：计算SUSY粒子质量谱和衰变宽度的软件包。
suspect：也是计算SUSY粒子质量谱的软件包。

(4).其他
Cuba：进行多维数值积分的软件包。
LanHep：根据拉氏量推导Feynman规则的软件包，可配合comphep/calchep和FeynArts使用。
LHAPDF: PDF的集合，汇聚了很多的PDF，但是稍微更新慢一些。

3 实验物理研究中的国际上常用的软件：

在国外呆了几年，对国外实验物理研究组中常用的软件有了一定的了解，在此介绍给大家，希望我们中国至少在硬件上和国际上平齐，至于总的水平还相差很多年也不是一年两年能赶起来的。
1. Labview（数据采集和处理）
   在实验物理中，很多时候需要做实验，测量各种信号。Labview是国际上研究中使用最广泛的数据采集软件之一，主要优点是可以自由编程，非常灵活，而且价格不贵，使用的是图形编程语言，简单易学。配合NI的数据采集卡，几乎可以满足所有实验室的测量要求。
2. Latex（文字编辑）
   写科研论文的利器，可以写出精美的科学论文和毕业论文，几乎是国外研究生的必备工具，而且是免费的。很多科学杂志都接受Latex的格式的投稿，还有些杂志只接受这种格式。结合Winedt，在文字编辑方面几乎无往而不利，这个必须购买，好像付15刀就可以多用户使用了。现在用的最多的是Miktex，可以在网上免费下载，属于Latex2e。而且加上必要的包，可以处理中文。
3. Origin（曲线）
   虽然用数据画曲线有许多软件，但是个人认为还是Origin最好用，也比较简单，不用专门学，用几次就熟悉了。现在一些专门的仪器测量的结果都可以存为数据文件，用Origin可以重新做图，主要是可以做矢量图，不用担心放大缩小的问题。而且Labview测量的结果都可以用Origin进一步处理，实在是居家必备的科研软件。
4. Photoshop和Illustrator（图像处理）
   这里图像处理的意思不是让你用这些软件把原始实验图片（如SEM和TEM）修改成自己想要的图片，而是一些必须的处理。对于非矢量图片，可以用Photoshop修改尺寸，剪裁等等处理。Illustrator主要是做矢量图的。国外好的研究组要求所有的示意图必须是矢量图。而且在Illustrator中也可以对图片进行排版，存为eps格式，适合Latex调用。
5. Adobe Acrobat
   这个就不用介绍了，几乎所有的科学杂志上的文章都是这种格式，不过光是reader并不好用，最好是个全版的，可以进行文字编辑，还可以在文章上直接做笔记。
6. Windows office
   虽然有Latex，但是有的时候也需要office，主要是powerpoint。其实Latex也可以做，但是个人喜好不同，不要强行要求一致。个人还是喜欢用ppt，更直观一些。
7. POV-ray
   这个估计知道的人不多，是一个免费的画三维示意图的软件，主要是免费的，而且功能不少，还可以做简单的动画。科研上说一张好的示意图抵得上十页文字，确实是有道理的。而且软件业很容易学，上手能很快。网上下载的地址很多，现在到3.6版本了，好像3.7beta也可以用了。
先介绍这么多，还有一些是个人喜欢用的，就不说了。
高能物理中常用的软件包简介：
做了几年高能物理之后，深感工作中各种程序包的重要性。现将本人用过的一干程序包罗列如下，就当是一个小结。虽然谈不上对每个软件（包）都十分精通，然而抛砖引玉，欢迎各位补充。

 2、物理编程：

三、化学

1 化学软件：

1 一些常用的能在PC机上使用的化学类软件

（1）化学结构式
有关化学结构式编辑的软件市面上非常之多，它们各有所长。既有商品的，亦有对教育界及家用免费的。其功能主要是描绘化合物的结构式、化学反应方程式、化工流程图、简单的实验装置图等化学常用的平面图形的绘制。常见的这类软件有：ChemDraw, ChemWindow, ISIS Draw, ChemSketch等。前两个为商业软件，有关它们的资料可以查阅各自的网站http://www.camsoft.com/ 和 http://www.sadtlersuite.com/ ，最新版本分别为6.0和6.5。后两个对教育界及家用为免费软件，可以在它们各自的网站http://www.mdli.com/ 和http://www.acdlabs.com/ 上下载，最新版本分别为2.2和4.0。ChemDraw为当前最常用的结构式编辑软件，除了以上所述的一般功能外，其ultra版本还可以预测分子的常见物理化学性质如：熔点、生成热等；对结构按IUPAC原则命名；预测质子及碳13化学位移等。 ChemWindow的一个最突出的特点是与光谱的结合，它的6.5 Spectroscopy 版本包括了一个约五万张13C NMR 的数据库(达250兆)，因而其预测更加精确；除了根据化合物的结构预测13C NMR化学位移外，还能预测红外图谱、质谱等，更可以读入标准格式的NMR、IR、Raman、UV及色谱图。
这些程序虽然可以画出非常好的二维化学结构，但除了ChemSketch外，要表现出三维的化学结构则十分困难，必须依赖于一些专门的3D软件来实现。

（2）三维结构
比较有名的化学三维结构显示与描绘软件有：Chem3D, WebLab Viewer Pro, RasWin, ChemBuilder 3D, ChemSite等，它们都能够以线图(wire frame), 球棍(ball and stick), CPK及丝带(ribbon)等模式显示化合物的三维结构。其中的RasWin和WebLab Viewer的Lite版只能显示而无法编辑三维分子模型，为免费软件，RasWin可以在几乎所有的化学软件站点找到，WebLab Viewer的下载地址为http://www.msi.com/。
Chem3D同ChemDraw一样，是ChemOffice的组成部分，它能很好地同ChemDraw一起协同工作，ChemDraw上画出的二维结构式可以正确地自动转换为三维结构。它的ultra版本还包括了一个很好的半经验量子化学计算程序MOPAC 97，并能与著名的从头计算程序Gaussian98连接，作为它的输入、输出界面。能够以三维的方式显示量子化学计算结果，如：分子轨道、电荷密度分布等。
WebLab Viewer的pro版本表现生物分子和晶体结构的能力比较强。

（3）数据处理
化学中的数据处理多种多样，对不同的数据处理要求宜采用不同的软件完成。通用型的软件如：Origin, SigmaPlot等可以根据需要对实验数据进行数学处理、统计分析、付立叶变换、t-试验、线性及非线性拟合；绘制二维及三维图形如：散点图、条形图、折线图、饼图、面积图、曲面图、等高线图等。Origin的最新版本为6.0，其演示版可以从http://www.originlab.com/下载，SigmaPlot的最新版本为2000, 其评估版可以从http://www.spss.com/下载。
由Origin生成的二维及三维图形：

核磁数据处理软件：

有：NUTS、MestRe-C、Gifa等，NUTS可以处理一维及二维核磁数据，其功能包括付立叶变换、相位校正、差谱、模拟谱、匀场练习等几乎所有核磁仪器操作软件的功能，安装程序不大(3M), 价格为一千美元，其演示版可以在http://www.acornnmr.com/下载；MestRe-C为处理一维核磁数据的免费软件，功能完善。其最新版本为2.3，有兴趣者可以在http://qobrue.usc.es/jsgroup/MestRe-C/MestRe-C.html处查看有关信息即下载；Gifa可以处理一至三维核磁数据，为运行在LINUX操作系统中X-Window上的免费软件，有关信息可查看http://www.cbs.univ‑montp1.fr/GIFA/。

由Nuts生成的一维及二维NMR图谱：　　

色谱及红外、Raman等实验数据的处理可以使用GRAMS/32, 有关信息可查阅该公司的网页http://www.galactic.com/ , 亦可索取免费的trial CDROM.


（4）文献管理
在收集参考文献过程中，文献管理程序可以帮助你整理、排列所收集的内容；撰写研究论文的过程中，这类程序允许你直接在文字处理过程中插入参考文献，并按要求自动生成规定格式的参考文献列表。这类程序中有代表性的有：EndNote 4, Reference Manager和ProCite等，它们都能对文献进行整理，能在文字处理程序中直接插入参考文献并生成一定杂志规定格式的参考文献列表。所不同的是EndNote 4对中文版的文字处理程序如Word的兼容性有问题，导致Word不能正常启动。其它两个程序则无此类烦恼。有关程序的演示版或测试版可以在http://www.niles.com/ (EndNote)和http://www.risinc.com/ (Reference Manager 9.5, ProCite 5.0)找到。




（5）图谱解析
解析有机化合物的红外、核磁及质谱有时是一件非常困难的工作，特别是复杂化合物的图谱解析更是这样。
核磁图谱的解析可以先利用ChemNMR, C13 Module for ChemWindow, gNMR等软件对目标化合物的化学位移进行估算或作出模拟谱，用以协助对该化合物图谱的指认。ChemNMR为ChemDraw Ultra版本的一个插件，可以用来估算大多数有机物的1H、13C化学位移及用线图表示的相应图谱，C13 Module for ChemWindow为ChemWindow的一个插件，可以用来估算大多数有机物的13C化学位移，gNMR则可用来估算任何NMR活性核的化学位移，并能画出非常逼真的图谱，该软件包所带的几个工具(gSPG, gCVT)亦可用来处理一维核磁图谱数据，并能与模拟谱进行比较，有关该程序的信息及演示版可以查阅http://www.cherwell.com/， 二维核磁的解析可以使用Sparky程序， 特别是对复杂2D NMR的解析非常有用。IR Mentor Pro，及IR SearchMaster为专门用来辅助红外图谱解析的工具，它们能对给定的红外图谱数据自动分析与处理，或对给定的振动谱带给出可能存在的功能团，有关的演示版可以在ftp://ftp.softshell.com/pub/上下载。MassSpectra Simulator为质谱模拟程序，其有关信息可以查阅以下网址http://members.aol.com/gjlinker .此外， 在ChemWindow 6.0 Spectroscopy版本中也有丰富的质谱分析辅助工具。



（6）计算机辅助教学
利用计算机动画、多媒体等功能协助学习一些比较抽象是一种非常有用的工具。这类的软件市面上非常多，不胜枚举。这里只介绍两个有关有机合成路线设计和有机化合物命名的工具。
CHAOS程序的出现比较早，是随一本《Organic Chemistry in Action》书一起上市的，这个短小精悍的程序可以使用“逆序法”自动寻找目标物的合成原料，非常好用。
前面已经介绍了ChemDraw的ultra版本包括了有机物的IUPAC命名功能，那是因为其中包括了一个Beilstein公司的AutoNom 2.0命名软件；实际上，今年该公司推出了AutoNom 4.0版，其功能更强大，除了给出IUPAC名称外，还给出CAS名称，更增加了对立体化学的支持。该软件的演示版可以在http://www.beilstein.com/站点下载。

（7）量子化学计算
量子化学对分子结构与性质的解释与预测是任何其它工具所不能替代的。但对大部分的化学工作者来说，不可能、也没有必要去弄清楚量子化学计算的每一个细节，我们关心的只是其结果。与分子结构和性质的计算有关的程序逐渐成为化学研究中一个必不可少的工具：WinMOPAC为著名的半经验分子轨道(AM1, PM3, MINDO, MNDO/3等)计算程序MOPAC的商业版本，同共享版相比，界面更友好，方法更多。计算出的分子轨道及电荷密度等可以用三维图形表示出来。最新版本的2000。有关信息可查阅http://www.winmopac.com/站点。
PC Spartan为WaveFunction公司的产品，分为标准版、Plus版及Pro版，功能依次增加，其计算方法包括：MM2, AM1, AM1 with Solvent, PM3, 从头计算等，亦可将分子轨道及电荷密度等用三维图形表示。有关信息请查阅http://www.winmopac.com/站点; 此外，该公司还有一个Titan程序，在本文的后面有所介绍。
HyperChem等功能比PC Spartan更强，包括常用的几乎所有分子力学及半经验分子轨道方法及多种基集的从头计算等，并能计算振动光谱、电子光谱、分子动态学等，所得结果可以非常漂亮的三维图形表示出来。其网站在http://www.hyper.com/, 可以下载测试版。
Gamess为一免费的从头计算程序，其速度快，并提供源程序。但其界面为DOS界面，必须用手工输入分子结构及计算相关的命令，比较繁琐。有关信息可查阅http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html。另外，有一个专门为Gamess设计的用户界面Visualize，使得结构与命令的输入更简单，计算的结果可以三维图形方式表现出来。该软件亦为免费程序，可以在http://www.compbio.net/上下载。
Gaussian在量子化学界非常有名，支持常用半经验方法、从头计算法及密度泛函理论，其用户界面不够友好。但可以在Chem3D加入CS Gaussian Client插件后简化用户的操作。其站点在http://www.gaussianinc.com/。
Jaguar为Schrodinger公司给使用工作站(如SGI, HP, DEC)及LINUX操作系统的PC所设计的从头计算及密度泛函计算程序，其速度特快，用户界面一般。其站点为http://www.schrodinger.com/。
Titan为设计PC Spartan的WaveFunction公司与设计Jaguar的Schrodinger公司合作的结晶，该产品支持半经验方法、从头计算法及密度泛函计算，用户界面友好。但功能相对较薄弱。
另外，由原Oxford Molecular Ltd开发，现被日本的Fujitsu公司收购的CAChe程序时专为实验化学家所设计，使用简单的量子化学程序，功能强大。但价格相对较贵。

（8）其他

1、化学实验仿真软件Model ChemLab 2.0
常用功能：绘制化学实验仪器，还可以给仪器添加水、标签等。

2、化学结构式绘制软件ChemDraw 5.0
说明：ChemDraw是ChemOffice的组件之一。
主要功能：绘制化学结构式。

3、化学结构式和反应式绘制软件ISIS/Draw 2.4
主要功能：化学分子结构式和反应式绘制。

4、专业绘制化学结构式软件ACD/ChemSketch 5.0
基本功能：绘制最基本的化学结构式，推算其宏观特性、化学反应图表、DNA双螺旋、电子轨道，绘制化学反应实验装置、实验室警告标志、与化学相关内容的海报、投影。

5、数据分析、工程绘图的软件Microcal Origin 5.0
主要功能：数据分析、工程绘图。

6、 化学软件：
 计算化学类：Gaussian98,Spartan,ADF2000,ChemOffice
CoCoA、Singular、Macaulay等是处理交换代数和代数几何问题的NCSS,LISREL8.2.MINITAB14, JMP5.0, STATA8.0
1.红外光谱分析软件OPUS
2.NMR分析软件Mestrec
3.分子式软件chemwin 可以写方程式chemoffice(可以写方程式，预测1H or 13C NMR 铺图)chemsketch((可以写方程式，预测1H or 13C NMR 铺图,3D等功能)
4.实验过程，装置软件GlassyChemistry
5.XRD普图数据库 (sorry,应该归纳到数据库中，单方这里也无妨)PDFWIN6。
一些辅助软件chemcialelementschemical handbook7.其他的如origin, word等就不说了。

 2、化学编程：

四、生物

1生物软件

(1)三维分子类

RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构
RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件
CHIME：直接在浏览器中观看3D分子
MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件
raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本
CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构
PDViewer：PDB格式文件的查看程序
Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子
Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具
ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能
VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示
CN3D：3D分子结构观察软件
WPDB：PDB文件检索显示分析软件
DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序
Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具
gopenmol：显示并分析分子结构及其特性
POV-Rayv：生成三维图像工具软件
MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件
Mol2Mol：分子文件格式转换软件
PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件
Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图
PLATON：通用结晶学软件工具
Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件
Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件
Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件
DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具
PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件
StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件
JMVC：使用JAVA技术编写的三维分子查看器
ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件
Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包
Moilin：分子构建与观察软件
Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模
Biodesigner：免费的分子建模与显示软件
MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件
Viewer Activex Control：三维分子显示控件
MarvinView：JAVA语言编写的化学分子二维与三维显示程序
ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件
Amira：高等三维显示建模系统
AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具
Visualize：分子建模和研究软件包
ScientificGL：C++OpenGLAPI三维分子开发工具
Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件

(2).DNA分析

DNAClub：DNA处理软件
JaMBW：分子生物学软件包
DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包
pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图
ANNHYB：用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件
RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具
ABIView：ABI格式文件显示与编辑软件
Chromas：ABI格式文件显示与编辑软件
Sequence viewer：获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具
DNAssist：DNA序列分析工具
DNAProbe：核苷酸序列设计工具
DnaSP：DNA序列种群遗传学分析软件
DFW：DNA分析软件
Artemis R4：以Java语言写成的序列查看工具 ’
ACT R1：以Java语言写成的序列比较查看器
GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析
RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件
Sequencher：装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群"Contig"软件
MehCalc：自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件
基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件
ConsInspector：DNA蛋白结合位点预测识别软件
MatInd与Matlnspector：快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具
GBuilder：JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件
GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件
LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件
Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件
Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件

(3).RNA分析

RNAdraw：RNA二级结构分析软件
RNAstructure：预测RNA 级结构图
RnaViz：RNA二级结构图绘制程序

(4).蛋白质分析

ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包
pSAAM：蛋白序列分析软件包
VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件
aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包

(5).生化教学

mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来
linpath.zip：线性酶反应模拟软件
protlab：蛋白质纯化仿真软件
MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序
Biochem：生化教学文件
photo：光合作用教学程序
Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示
Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序

(6).生化工程

brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件
BioStat：BioStatB发酵罐控制程序
PenSimv：青霉素发酵模拟软件

BioProSim：发酵实时模拟软件

(7).序列格式转换

vised：序列输入分析和格式转换软件
ForCon：多序列文件格式转换软件
SeqVerter：序列格式转换软件
GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件
FASTA/BLAST SCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件
RevComp：序列格式转换软件

(8).引物分析

primer Premier 5.0：引物设计工具
Oligo：引物分析著名软件
Primer Designer：专门用 pASK-IBA～pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件
Array Designer：批量设计DNA和寡核苷酸引物工具
Beacon Designer：PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件
NetPrimer：基于WEB界面的引物设计程序

(9).序列综合分析
pcgene：分子生物应用软件
MACAW：多序列构建与分析软件
Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件
Clustal X：ClustalWWindows界面程序
FASTA：数据库中查找同源序列软件
GeneDoc：对序列进行相关分析等操作
BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件
SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件
K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数
BioEdit：序列编辑器与分析工具软件
DAMBE：综合性序列工具软件
LaserGene：综合性序列工具软件
SeaView：图形化多序列队列编辑器
Jalview：用Java语言写的多序列队列编辑器
DNASIS：序列综合分析工具
Genamics Expression：是一个DNA与蛋白序列分析工具
Vector NTIViewer：载体查看软件
Jellyfish：多功能序列分析软件
ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件
Gap4 database viewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件
SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合
Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件
Staden：综合序列分析工具软件包
Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包
INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序
ISYS：NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台
DNA Scriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件
Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件
PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件

(10).进化树分析
phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树
TreeView：进化树处理软件
GeneTree：比较基因与种系进化树的程序
NDE：用来编辑NEXUS格式文件的程序
TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序
Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件
Phyltools：计算与处理进化树数据的软件
tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具
ATV：JAVA语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件
TREECON：构建和绘制进化树的软件包
ProBiosys比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件

(11).质粒绘图

Plasmid Processor：绘制质粒图软件
Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与Plasmid Processor是同一个作者
WinPlas：质粒绘图软件商业版
DMUP：环状质粒绘图软件测试版
Plasmid Toolkit：质粒绘制软件
pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图
Redasoft Visual Cloning：是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版
SimVector：质粒图绘制软件

(12).图像处理

Image Tool：科学用途的处理图像软件
Image J：用Java语言写成的科学用途的处理图像软件
Cross Checker：基因指纹图分析软件
ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件
Band Leader：凝胶图像处理软件
Scion lmage：图像处理与分析工具
OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件
Melanie 3 Viewer：免费Melanie图像查看器
Smart Draw：流程图绘制软件演示版
GIMPWin：图像处理自由软件
ChromoZoom：比较两个图像的相同与不同之处软件
bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件
SigmaScanPro：图像分析软件30天全功能演示版
SigmaGel：凝胶图像分析软件
TotalLab：图像分析软件
Lablmage：凝胶图像分析软件
GelDiff：定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JAVA软件
Timediff：分析蛋白/基因表达图谱时间序列的JAVA软件
QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件
PDQuest：分析2维凝胶并生成数据库的标准软件

(13).数据处理

CurveExpert：用于ELISA标准曲线拟合的软件
Cliekh Graph：实验数据作图软件
Statistica：专业统计软件
GraphPad PRISM：著名的数据处理软件
NoSA：中文非典型数据统计分析系统
CrossGraphs：多变量数据库图形显示软件
SigmaPlot：绘图和数据分析软件包30天全功能评估版
SYSTAT：数据统计分析与作图的利器30天全功能演示版
SigmaStat：智能统计软件30天全功能演示版
PeakFit：自动分离、拟合与分析非线性数据软件
TableCurve：自动两维曲线拟合与经验公式查找软件
TableCurve ：自动三维曲面拟合与经验公式查找软件
SPSS：非常权威且有名的数据统计处理软件30天全功能演示版
Origin：易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件
DATb：进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件
数据作图助手：对实验结果进行数据分析和作图的专业软件
(14).检索与阅读
PatentIn：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件
Checker：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件
ica32t.exe：中国生物学文献数据库检索客户端软件
PathDB检索程序：(代谢途径数据库)检索程序
PubCrawler：Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件
NetRoseBrowser：PDG格式浏览器
Book Express：专门用于超星数字图书下载的工具软件
EndNote：专业参考文献查询软件
Reference Manager：专业参考文献查询软件
Procite：参考资料检索管理软件
Sequin：数据库GenBank，EMBL，DDBJ查询软件
MiniViewer：数图阅览器
Compresslt：JBG(NLC)”JPG转换功能软件
Refs：参考文献管理软件
Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件
paperworks：免费的参考文献管理软件
KD：知识仓库建库管理系统

(15).基因芯片
AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件
ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件
Cluster：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件
TreeView：用图形来显示Cluster软件分析的结果软件
AMAD：微数组数据库
ArrayMakerv：Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档
J-Express：分析微矩阵(Microarray)实验获得的基因表达数据的软件

(16).其他功能软件

digitizer：图形数字化软件，可以将曲线图转化为数据与等式
Graph Paper：坐标纸打印软件
DynaFit：酶动力学数据或配体—受体结合数据处理软件
Migrate：从遗传学角度，估算人口移民率程序
arlequin：人口遗传学软件
正交设计助手：正交实验设计辅助工具软件
FBAT：家族遗传相联检验的统计程序
GGT32：图形化基因型表示软件
CERVUS：使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件
Jarnac：代谢过程模拟软件包
Gepasi：化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件
BCT：微生物趋向性模拟程序
StochSim：随机生物化学反应模拟软件
Bio_MW：生物化学分子量计算软件
MatchCode：将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件
Map Manager：回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件
MolEco：以遗传学方法评估杂乱交配频率的软件
Canvas：绘图软件
免疫室管理系统：中文免疫室综合软件
Cyrillic：家谱绘图软件
Frozen Cell Stock Monitor：用来管理储存在液氮容器中的生物样品(例如细胞系、血清等等)的程序
MICE：虚拟动物饲养设施，用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件
DBsolve：代谢及酶—受体结合模拟软件
boxit：管理生物样品的数据库系统
GRR：检测系谱误差(pedigreeerrors)的应用软件
健康药霸：药典类的软件
AceDB：基因组数据库软件
MAPL98、DIAL98与GEST98：El本学者编制的几个统计基因学(StatisticalGenetics)软件
PED：系谱(Pedigree)绘制软件
PEDRAW：系谱(Pedigree)绘制软件
quantiRT：内置宏程序，用来辅助定量RT-PCR实验的Excel文件
BateView：管理与追踪小型的实验鼠生殖群体的Excel文件
MassXpert：帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件
MestRe-C与MestRe-CnD：分析、显示与仿真1D与2D磁共振图谱的软件
ACD/SpecViewer：免费光谱数据显示软件
ACD/CNMR Viewer：ACD/HNMR用来显示ACD/NMR Predictors预测的所绘化学结构式
Viewer：磁共振图谱文件的免费软件
WinMDIver：分析流式细胞仪数据文件的免费软件
TestDNA：根据已知成分值生成细胞周期FCS文件的免费工具软件
Cylchred：细胞周期分析(CELLCYCLEANALYSIS)软件
gX-Path Vision：生成、编辑与显示生物代谢途径的工具软件
生物五笔：生物医学专业输入法

(17).化学绘图
ACD/CHEMSKETCH：绘制分子结构的免费软件及其汉化版
ACD/ChemSketch及ChemBasic：绘制分子结构的免费软件5.0版本及其汉化版
Chemfont：化学符号与TureType字体，可以在Word中直接插入文章中
clip.zip：化学图片集，含有近400幅与化学有关的GIF图片
ISIS DRAW：绘制化学结构式的免费软件
AutoNom：ISIS／Draw软件的插件(自动生成符合IUPAC命名规则的化合物名称)
ChemWindows：绘制化学结构式的免费软件
MarvinSketch：JAVA语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序
ACD/Structure Drawing Applet：绘制化学结构式免费JAVA小程序
ChemPen：绘制化学结构式软件
ChemPen+：绘制化学结构式软件
ChemPen：绘制化学结构式软件

(18).化学应用
mmcalc.exe：分子量计算器
hxfc.zip：化学方程式配平软件
cmcalc10.exe：化学试剂制备计算器
alkne.exe：有机化学命名练习程序
chembl32.zip：Windows95下的免费化学方程式配平程序
periodic.zip：小巧的元素周期表
ptab32.zip：高级元素周期表
CAF：计算机辅助配方软件
CFT：化学式教师
元素屋：查询112种元素的各个信息的中文软件
化学反应方程式编辑器：制作化学反应方程式、离子方程式、分子式、离子式等
CRS：化学反应方程式配平器
Model ChemLabv：化学实验教育软件及其汉化版
periodic.exe：免费的元素周期表
化学品电子手册：一个综合性的化学品手册

19.在线综合工具
Biology Workbench：基于WEB的生物学综合工具
sewer：网上常用在线工具集合，本地版

20.在线蛋白工具
BCM Search Launcher：蛋白序列二级结构预测综合站点
DAS：蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域
TopPred：蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测在线工具

SOSUI：膜蛋白分类和二级结构预测在线工具

PSIpred-MEMSAT：进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测

HMMTOP：预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器

SMART：提供蛋白序列，在结构域数据库中查询/显示出其结构域及跨膜区等

TMpred：预测蛋白序列跨膜区

TMHMM：预测蛋白的跨膜螺旋

The PredictProtein server：提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务

SPLIT：膜蛋白二级结构预测服务器

PRED-TMR：提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务

CoPreThi：基于INTERNET的JAVA程序，预测蛋白的跨膜区

TMAP：提供预测蛋白跨膜片段的服务

21.RNA analysis

Pattern Search and Discovery：巴斯德研究所提供的常用RNA在线分析工具

DNA sequence analysis：巴斯德研究所提供的常用特征序列查询工具

Search Genes and Coding Regions：巴斯德研究所提供的常用DNA在线分析工具

Oligonucleotide Calculator：巴斯德研究所提供的基因与编码区查找工具

解链温度计算器：JAVA语言写的寡核苷酸计算器，给出核酸序列，计算GC百分比、解链温度、长度、分子量。可以下载后使用，当小计算器

BCMgene-finder：核酸序列查找服务器，提交核酸序列，选择相应的数据库，进行序列查找

22.在线引物设计

The Primer Generator：在线引物设计程序

Prime3：比较有名的在线引物设计程序

Sequin：数据库GenBank，EMBL，DDBJ查询软件

MiniViewer：数图阅览器

Compresslt：JBG(NLC)”JPG转换功能软件

Refs：参考文献管理软件

Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件

paperworks：免费的参考文献管理软件

KD：知识仓库建库管理系统

15.基因芯片

AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件

ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件

Cluster：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件

TreeView：用图形来显示Cluster软件分析的结果软件

AMAD：微数组数据库

ArrayMakerv：Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档

J-Express：分析微矩阵(Mic
一、基因芯片：
1、基因芯片综合分析软件。
ArrayVision 7.0 医学教育网
一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0
Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。
phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件 资料来源 :医 学 教 育网 。
J-express
挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 医学教育网
2、 基因芯片阅读图像分析软件
ScanAlyze 2.44
，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、 基因芯片数据分析软件 资料来源 :医 学 教 育网
Cluster
斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。
SAM
Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。
4．基因芯片聚类图形显示
TreeView 1.5
斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。
FreeView
是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
5．基因芯片引物设计
Array Designer 2.00
DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具

二、RNA二级结构。
RNA Structure 3.5
RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。RNA文库（RNA Library）用一种容易操作的方式来组织你所有的RNA数据文件。
基本配置：Windows95,Windows98或WindowsNT。Pentium以上芯片，32兆内存。
RNAdraw
是一个进行RNA二级结构计算的软件。 1. 它 是Windows下的多文档窗口 (multipledocument interface) 软件，允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。2. RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。3. RNA文库（RNA Library）用一种容易操作的方式来组织你所有的RNA数据文件。
loopDloop 2.07b
Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件，需要安装JAVA虚拟机。
Circles 0.1.0
  Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件，需要安装JAVA虚拟机。
三、序列综合分析
Vector NTI Suite 8.0
不喜欢装备各种专业性强的软件，而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理（增加、修改、查找），对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定（数据）->分析->结果（显示、保存和入库）三步完成。在分析主界面，软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作，生成重组分子策略和实验方法，进行限制酶片段的虚拟电泳，新建输入各种格式的分子数据、加以注释，输出高质量的图像。Vector NTI Suite还有以下独立的分析程序，完成相关分析。这些独立的程序，可以通过选定->分析->结果三步调用。
l 3DMol－显示PDB格式分子的三维结构
l Align X－序列相似性比较
l Align Xblocks－序列局部完全相同比较
l ContigExpress－将小片段拼装成长序列
l GCGConverter－GCG格式文件转换成NTI的格式
l PubMed/Entrez Search－搜索PubMed、PDB、GenBank
l Back Translation－核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具
l Matrix Editor－矩阵数据编辑
l Tools Manager－连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。

DNAStar5.03 即著名的Lasergene Suite，由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成，该软件的MegAlign模块，可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示，并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件，可见其功能强大。
Omiga 2.0实际上，大部分对核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0中都能找到；而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件，它还兼有引物设计的功能。主要功能：编辑、浏览、蛋白质或核酸序列，分析序列组成。用Clustal. W进行同源序列比较，发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化，序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链，以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元（Motif）及开放阅读框（ORF），设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点（Proteolytic Sites）、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示，表格设有多种分类显示形式。利用Mange快捷键，用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数，可供选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外，该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析，对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。
DS gene : Omiga 2.0的换代产品，accelrys公司Discovery studio系列，accelrys公司的insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件，DS gene 是GCG的个人机简版，功能强大，而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vector NTI的界面影响，DS gene 与Omiga 2.0相比界面有了很大的改变。
DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可进行DNA，RNA，蛋白质序列的编辑和分析，甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能，足可满足一般实验室的要求。在DOS时代，DNASIS 7等版本便是流传甚广并曾给过许多人以帮助的分子生物学软件，因此我们有理由期待Win版的DNASIS 会带给我们惊喜。
DNASIS MAX 1.0 DNASIS 2.5的更新换代产品。综合序列分析软件，体积比上一个版本一下膨胀了许多。界面风格也改变了很多。
DNATools 5.1 与Omiga, DNAsis, PCgene等软件属于同一类的综合性软件,操作简单功能多。DNATools设计的用户友好、强壮，以便快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据库查询获得的序列相关信息。DNATools包容性很好，能把几乎所有文本文件打开作为序列。当程序不能辨别序列的格式时（通过寻找常用序列格式的特征），会显示这个文件的文本形式，以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序列，编辑后可以再被载入程序。若你的序列是DNATools格式时（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的载入序列，程序模式调整成可以接受载入的数据类型（蛋白质、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一个项目中可以加入几千个序列或引物，并在整个项目中分析这些序列及标题。这个程序的一个特点是给每个序列或引物添加文本标题。这样就可以用自定义的标题识别序列，而不必通过它们的文件名。
Bioedit一个具有序列简单分析和序列对比功能的软件。该软件有一个简单亲切的界面，集成其他已经很有效果的序列比对软件。另外该软件还有很多有用的相关站点连接。虽然该软件看起来结构简单，但却又很强的可充性，可以自由整合许多软件，例如viewtree.
Jellyfish 2.1 只水母不简单，可以用来进行DNA翻译，序列排队比较，限制酶消化，提交序列进行BLAST，研究项目管理等。操作十分简单，只需拖动与点击便可。
Genetools Genebio公司的核酸序列分析软件，虽然不及vect NTI 和DS gene 强大，它具有repeat /vect find 使其他分析软件所不具有的，值得一提的是该软件具有的CpG island分析。
DNAMAN 限制酶分析，引物设计，对排（aligment）,翻译，数据库操作，Blast，序列装配（Sequence assembly）.易学易用，操作方便。

四、限制酶切位点分析：
DNAssist2.0
大多软件只对线性序列进行分析，那么cNNNNN…NNNgaatt环状的序列就找不到EcoR I的位点。DNAssist 1.0能很容易把这个EcoR I位点找出来。另外DNAssist在输出上非常完美，除了图形、线性显示外，还有类似DNASIS的列表方式，列出有的位点（按酶排列，按碱基顺序排列）。

五、质粒绘图：
Gene Construction Kit 2.0
这一个非常好的质粒构建软件包。与大多数分析的软件不同，它制作并显示克隆策略中的分子构建过程；包括质粒构建，模拟电泳条带；当然还可以质粒作图（有无序列均可）。通过它绘出来的图还可以继续用来构建克隆策略图谱。只是该软件由于功能太强，使用起来也不简单；幸亏它附有详细的使用帮助，认真研究后，应该没有问题。
Winplas 2.6
该软件用来绘制发表质量的质粒图，可广泛应用与论文、教材的质粒插图。其特性包括：1.知道序列或不知序列结构均能绘制质粒图；2. 可读入各种流行序列格式文件引入序列信息；3. 自动识别限制位点 可构建序列结构，功能包括：从文件插入序列、置换序列、序列编辑、部分序列删除等；4. 绘图功能强大，功能包括：位点标签说明、任意位置文字插入、生成彩图、线性或环形序列绘制、可输出到剪贴板、可输出到图像文件；5. 限制酶消化分析报告输出与序列输入报告功能。
Plasmid Premier2.02
是由加拿大的Premier Biosoft公司推出的用于质粒作图的专业软件，主要用于进行质粒作图，质粒特征分析和质粒设计。其主要界面分为序列编辑窗口（Genetank），质粒作图窗口（Plasmid Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗口（Motif）。打开程序就可进入序列编辑窗口，可以直接打开Genbank或Vector数据库中已知质粒的序列文件，将序列读入，并将有关于质粒的各种特征，包括编码区，启动子，多克隆位点以及参考文献等信息保存在Header中；也可以直接输入序列进行未知质粒的设计。
Redasoft Visual Cloning 2000
用来帮助生命科学家快速而轻松地绘制专业级质量的质粒载体图， 主要的性能包括：快速和轻松地生成一个清晰，色彩鲜明的环行或线性的载体图。自动识别和解析序列文件。新增的web浏览功能允许你链接到数据库站点，并支持下载和自动将序列文件转换成载体图。强大的限制性内切酶分析功能和拥有将近1000种来自REBASE的限制性内切酶。片段的删除和插入完全模拟克隆实验并和其他图形兼容。所看即所得 (What You See Is What You Get)的编辑环境使得你的打印结果和你在屏幕上看到的保持一致。自动标记各种区段的碱基位置以避免重叠。可选择的图形比例尺使几个构造图间很容易比较。允许质粒图拷贝到剪贴板并粘贴到其他Windows应用程序。可以用e-mail的方式传递载体图。
SimVector
质粒图绘制软件，绘制发表质量的质粒图与序列、载体图。
Clone Manager
  小巧的研究人员日常使用的辅助克隆工具，主要功能是限制酶切割、分子重组、质粒作图等。

六、引物分析：
Primer Premier 5.0
顾名思义，该软件就是用来进行引物设计的。可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来。而且进行这些操作非常简单
Oligo 6.57
引物分析著名软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软件，同时计算核酸序列的杂交温度（Tm）和理论预测序列二级结构。
Primer D'Signer 1.1
免费的引物设计辅助软件，专门用于pASK-IBA和pPR-IBA表达载体，简化引物设计工作。
Array Designer 2.00
DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具
Beacon Designer
1.01 PCR定量分析分子信标(Molecular beacon )设计软件
NetPrimer
于WEB界面的引物设计程序，1.8M，包括JAVA程序和帮助文件，解压后，可在本地直接使用，不须再连到原始网站使用。

七、蛋白二级结构分析
ANTHEPROT 4.5
是位于法国的蛋白质生物与化学研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年时间开发出的蛋白质研究软件包。软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测。更重要的是该软件能够提供蛋白序列的一些二级结构信息，使用户有可能模拟出未知蛋白的高级结构。
Peptool,
与genetool同出一家，可以进行氨基酸序列的二级结构预测，motif的寻找，酶切片断的分析，以及转录后的甲基化分析。是为数不多的蛋白分析软件。
VHMPT
（Viewer and editor for Helical Membrane Protein Topologies）是螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件，可以自动生成带有跨膜螺旋的蛋白的示意性2维拓扑结构，并可对拓扑结构进行交互编辑。由台湾生物医学科学研究所的黄明经博士编制。安装Tcl 8.0 (2.6M)方可运行。
MACAW
序列构建与分析工作台软件(Multiple Alignment Construction & Analysis Workbench, MACAW)是一个用来构建与分析多序列片段的交互式软件。MACAW具有几个特点：
1. 新的搜索算法查寻类似区，消除了先前技术的许多限制。
2. 应用一个最近发展的数学原理计算block类似性的统计学显著性。
3. 使用各种视图工具，可以评估一个候选block包含在一个多序列中的可能性。
4． 可以很容易地编辑每一个block。

八、凝胶分析软件：
BandScan 4.30
通用的电泳胶条带定量分析软件，手动、自动找到条带，手动的条带可以是无规则的，可以清除背景。进行分子量、百分比、质量、波峰等方面的定量分析。直接使用扫描仪。将数据输出到excel文件。
band leader 3.0
小巧的凝胶图像分析软件。
TotalLab 2.0
是一个全智能化的凝胶分析软件，对DNA、蛋白凝胶电泳图像、arrays, dot blots与colonies等图像可以进行很方便的处理。功能齐全，很容易上手。
Quantityone ：
bio-rad公司的1d凝胶分析软件，但可配套各种产品，界面华丽，能够生成报告，具有大公司的风范。
QuantiScan 2.1
功能单一的1D凝胶分析软件，但经评测能够及其准确的测量出各个条带的分子量。
Gel-Pro Analyzer
Media Cybernetics公司的产品，一向以提供专业级的分析软件而著称。
SigmaGel 1.0
SPSS公司凝胶分析产品。
Melanie 3 Viewer
Swiss Institute of Bioinformatics (SI用来查看使用Melanie3软件获得的凝胶图片与相关数据，也包括一些有限的凝胶数据分析功能。
PDQuest 6.2.1
bio-rad公司一个分析2维凝胶并生成数据库的标准软件。使用它，可以同时分析100个凝胶图像，生成包含1000个凝胶图像的数据库。

九、三维结构显示
RasMol 2.7
是计算化学与分子图形学以及信息产业的同步高速发展的成果，使一个普通的科研工作人员，在自己的个人电脑上，就可以从Internet上的各种免费数据库中，下载所需观察与研究的分子坐标文件，进而通过RasMol 2.7以各种模式、各种角度，甚至按照自己的意愿旋转着，观察此分子神秘的微观三维立体结构，进而了解化合物分子结构和各种微观性质与宏观性质之间的定量关系。RasMol 2.7的作者是Glaxo&Wellcome公司（世界第一大制药公司）研发中心的科学家Roger Sayle。 RasMol 2.7最大的特点是界面简单，基本操作简单，运行非常迅速，对机器的要求较低，对小的有机分子与大分子，如蛋白质、DNA或RNA, 均能适用，且显示模式非常丰富。而且它程序短小，功能强大。尚无在功能上出其右者。其显示窗口可以很简单通过选择相应的菜单来显示分子的三维结构。用命令行窗口，通过输入命令可以执行和显示复杂和要求极高的三维图形。
CHIME 2.6
IE与NetScape浏览器插件,安装后,可以直接用浏览器观看PDB格式的文件,直接在浏览器中观看3D分子。
ICMLite
维分子浏览工具，是MolSoft公司出品的软件ICM的简化版,免费推出， 但功能十分强大。可读取PDB格式及其他数种格式的分子文件,易于操作,显示的分子图像我认为优于RasMol,值得一试。还可以进行一些计算操作。
POV-Ray 3.5
是一个高质量、完全免费创造最棒三维图像的非常有名的工具，用在分子生物学上，便是用它生成高质量的三维大分子图像。见过Science封面上漂亮极的分子图像吗？便是用它与以下软件结合制作出来的。运算POV格式文件，生成三维图形，非常棒。该软件相当于一种语言，修改pov格式文件，可以定义光源、摄像机、材质、阴影等因素，把生物分子的表面用材质填充，根据光源、摄像机得到分子三维图的一个角度的图。分辨率最大可达1280*1024。图象质量精美。
DS viewer pro 5.0
Accerlys公司Discovery studio系列中的一员。
3D-mol viewer,
带动windows系统下生物软件革新的vector NTIsuite中的一员。
Cn3D
是由NCBI开发的用于观看蛋白质三维结构的软件，其设计的主要目的是为NCBI在其站点中的蛋白质结构数据库MMDB提供专业的结构观察软件，其主要的操作界面分为两个窗口，如右图所示，一个为结构窗口，另一个为序列窗口。与其他的类似的软件，如Rasmol，Weblabview等相比，其在结构观察方面主要功能上基本相似，但是图形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。而在与网络连接上，该软件能依托NCBI所建立的所建立的MMDB结构数据库，能直接根据输入的序列号从数据库中利用其内嵌的Entrez搜索引擎调出蛋白结构来进行观察，比其他软件要简便。而Cn3D主要的特点是能够将两个蛋白放在一起直观地进行三维结构上的比较，如下图中是将两种核酸外切酶的三维结构通过VAST对准得到的结构比较图：同样，Cn3D在结构比较方面也能利用其内嵌的Blast搜索引擎直接访问Genbank数据库找到具有局部相似性的结构数据，并在三维结构图中显示出二者具有相似性的结构区域。
Spdbv 即Swiss-PdbViewer，
是一个界面非常友好的应用程序，使用起来比RASMOL方便，用来同时分析几个蛋白PDB文件。可以将几个蛋白叠加起来用来分析结构类似性，比较活性位点或其它有关位点。通过菜单操作与直观的图形，可以很容易获得氢键、角度、原子距离、氨基酸突变等数据。该软件与Swiss-Model服务器（蛋白立体结构构建服务器）紧密关联，可以从软件直接连到Swiss-Model服务器进行理论蛋白立体结构构建。而且，该软件可以调用POV-Ray软件（见上）生成质量非常高的蛋白图像。
Molmol 主要用来进行各种分子文件的转换，支持30种主要分子格式，也可以用来进行3维分子的简单显示。可将PDB格式输出为POV格式后，用POV-RAY进行渲染，生成非常漂亮的三维图形。演示版只支持样板文件与原子数小于20的分子文件格式的转换。不知是否有取巧的办法。
十、生物显微图像分析
Scion Image
是一个优秀的免费图像处理与分析工具。是非常流行的苹果机上的NIH（National Institutes of Health) Image的WINDOWS版，用来显示编辑分析各种图像。 读取格式为 TIFF 与BMP格式,是一个专业图像分析软件，适用与于科学处理，这点从研发单位便可看出。生物学工作者处理图像必备。
SigmaScan Pro 5.0
是一个有力的图像分析软件30天全功能演示版，进行数字图像的分析处理，可以很容易地将图像进行分析，得出科学结论。
Image-Pro Plus Version 4.5
Media Cybernetics公司的专业产品，不仅可以进行显微分析，还可也进行其他科学分析。

十一、数据统计类软件
SAS世界排名第一，专业性极强，能做各种统计，是FDA唯一批准有效的统计软件。但人机对话不方便，主要是类似DOS下的命令操作，最新的8.0版本，稍有改进，鼠标操作性较好，若今后能进一步改进操作的话，其应用将大大广泛。是专业统计人员的首选软件。
SPSS，世界排名第二，最新版本11.01，其特点：功能强大，易于操作，简单明了，人机对话方便，数据库接口丰富，最新SPSS可以读出SAS数据，是业余人员的首选。最新版本纠正以往的不稳定、运行速度慢的缺点。11.0运行速度是 10.0的十倍以上，主要原因是SPSS公司将原有的内核全部更换了。但SPSS分为不同版本，如basic版、standard版和advance版。许多复杂的统计功能只在advance版中才出现，如复杂多元相关、神经网络统计，而前两版中许多复杂统计并没有（可能为了便于安装使用吧，11.0的basic版约60M，standard约110M-150M,而高级版本则几百M。象SAS完成安装则达6张CD！因而绝大多数人不可能使用它全部功能。因而常规建议是SPSS+origin6.0一个统计，一个作图，而且二者数据可以通用，效果很好！在我的主页的站点导航
statisitic：最新10.0，运行速度最快，模块化操作，不同统计数据有不同界面风格，使用方便，目前国内有很多用户。但其知名度在前二者之下，对一般用户可以考虑选用。
Origin 7.0 是一个非常有名并且易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件，各种期刊上的统计图，几乎都是出自他的手笔。
以上的软件过于强大，下面是一些小巧易用的数据统计作图，更适合生物学的数据分析：
GraphPad Prism著名的数据处理软件,用来进行生物学统计、曲线拟合以及作图。短小而功能齐全。
SigmaPlot 2002 著名的绘图和数据分析软件包可以根据各种数据，绘制精确的两维或三维曲线，可以自由定制各数据轴的特性，并能进行数据的各种统计分析。进行一般的生物类数据处理作图，功能足以。
Simstat 一个易于使用的智能统计软件尤其适合对统计知识了解不多的人使用，它具有一个“专家系统”，引导你对数据进行统计分析。可与SigmaPlot结合生成高质量数据图。
CurveExpert ELISA标准曲线拟合、及其它各种有关的实验数 据分析，都可以应用CurveExpert进行数据分析。它使用非常方便， 可以说是实验数据处理的圣手，并且可以生成漂亮的曲线应用到论文之中。

十二、文献管理
reference Manager 10.0
可以在线通过查找关键词搜索PubMed和609个Z39.50数据库中的专业资料,同时保存查找的资料为本地文件。资料内容和记录分上下两个屏幕，如有全文或想连接网络时敲键盘就可以到相应的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找资料，并插入引用。在文章中对引用的文献可以格式化，引用的参考资料格式有很强的用户自定义功能，可以符合各种杂志对引用格式的要求，引用时不用多窗口切换.
Endnote6.0
专业参考文献查询软件，可在线查找Ineternet上的各种文献数据库，将查找到的资料保存入本地数据库，并自动生成格式化的参考文献清单插入各种文字处理软件。

十三、进化树分析
Phylip
最为通用的进化树分析软件。主要包括五个方面的功能软件：i，DNA和蛋白质序列数据的分析软件。ii，序列数据转变成距离数据后，对距离数据分析的软件。 iii，对基因频率和连续的元素分析的软件。iv，把序列的每个碱基/氨基酸独立看待（碱基/氨基酸只有0和1的状态）时，对序列进行分析的软件。v，按照DOLLO简约性算法对序列进行分析的软件。vi，绘制和修改进化树的软件。
PUZZLE
核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具。根据序列数据的最大相似性构建进化树，一个软件，并且对树进行bootstrap评估。可对大量数据进行快速分析构建，程序还包含数个统计测试。
Paup

一种功能强大的商业版系统进化分析软件，据称价值一万大洋。

五、地理

1几种常用的地理信息软件比较

地理信息系统是信息科学与信息技术发展的一个重要组成部分，是信息高速公路上的节点和重要基础设施。作为在信息社会中的一种集地理空间特征和各种统计信息于一体的特殊信息系统，地理信息系统已成为政府部门进行科学管理和快速决策时不可或缺的工具。地理信息系统的提出源于二十世纪五十年代，经过四十余年的发展，随着计算机科学、地理学、制图学、遥感与摄影测量学、图形图像技术以及数据库技术的不断发展，地理信息系统已经成为了一种功能强大、性能完善的计算机系统，广泛应用于规划、土地、测绘、建设、环保、军事等诸多部门。
    自MapInfo与Arc/Info率先进入中国地理信息系统市场以来，国外其它各种GIS软件（如MGE、MapCAD、Genemap、MicroStation GeoGraphics、Maptitude等）也蜂拥而入，竞相强占中国GIS市场。而此时，国产GIS软件在此危机时刻，在国家和地方有关部门的支持下，也加快了开发的步伐，并相继推出了几种GIS软件，如武汉测绘科技大学的GeoStar、中国地质大学的MapGIS、北京大学的CityStar以及方正集团公司开发的“方正智绘”软件等等。无论是国产GIS软件，还是国外GIS软件，都必须具有GIS的基本功能，如数据接收与处理（包括数据校核、坐标变换、投影变换等），数据存储，数据库管理，空间查询与检索，空间分析，数据输出等等。下面我将对MapInfo，Arc/Info，Maptitude三种GIS软件中本人较熟悉的部分作简要的分析。
1． MapInfo 软件
在MapInfo的系列产品中，用得最多的是MapInfo Professional 和 MapBasic。
MapInfo Professional 是基于普通PC微机的桌面地图信息软件，其主要特点是：
（1） 快速数据查询，高速屏幕刷新，使得用户界面具有良好的图形显示效果；
（2） 集成能力强，能够根据数据的地理属性分析信息的应用开发工具，是功能强大的地图数据组织和显示软件包；
（3） 数据可视化和数据分析能力较强，可以直接访问多种数据库的数据，如Oracle, Microsoft Access, Informix, SQL Server, Dbase等；
（4） 专题地图制作方便，数据地图化方便；
（5） 同时支持16/32位的应用开发，适用于多种计算机操作系统，如Windows 3.1,Windows 95, Windows NT,OS/2等；
（6） 完整的Client/Server体系结构；
（7） 完善的图形无缝连接技术；
（8） 支持OLE 2.0标准，使得其它开发语言如：Visual Basic, Visual C++, PB, Dephi等能运用Integrated Mapping技术将MapInfo作为OLE对象进行开发。
MapBasic是基于MapInfo平台的用户开发语言，包括300多条语句和功能。通过MapBasic的二次开发，能够扩展MapInfo的功能，实现程序的自动操作，而且可以方便地将MapInfo与其它软件进行集成，其主要特点是：
（1） 由于MapBasic是一种类Basic程序语言，所以使用简单；
（2） 便于MapInfo界面的改造，功能的扩展与应用的可视化；
（3） 支持OLE Automation和DDE（动态数据交换）技术，易于与其它应用软件相连接；
（4） 包含嵌入的SQL语句，数据查询、检索更加方便。
MapInfo和Mapbasic提供了放大、缩小、漫游、选择、空间实体组合/分割等基本的图形操作功能；同时MapBasic 可以直接读取点、线、面等空间实体和属性数据库，并提供条件分析、统计分析、缓冲区分析等分析功能。
利用MapInfo进行开发主要有三种模式：
（1） 以MapInfo作为独立开发平台，利用MapBasic所进行的二次开发模式；
MapInfo Professional 提供了基本的GIS功能，如数据接收功能、建库功能、图形 功能、数据查询与检索功能、专题图制作功能、简单分析功能、数据输出功能等。而MapBasic是建立在MapInfo平台上的用户开发语言，是针对MapInfo的二次开发，完善MapInfo的功能和灵活地进行各种所需功能的开发。
（2） 将MapInfo作为OLE对象的开发模式；
尽管MapInfo Professional和MapBasic具有强大的功能，可以实现一般的GIS功能，但是随着用户需求的不断变化，其功能毕竟还是有限的。对于任何GIS软件平台而言，为了能够维持其生命力，就必须要求该平台具有可扩展能力，即支持OLE标准。MapInfo有效地解决了这个问题，允许其它开发语言将它作为OLE对象来进行开发。
（3） 利用基于ActiveX的MapX控件所进行的开发模式。
GIS软件的组件化是GIS软件发展的方向之一，即：利用ActiveX控件方式进行GIS系统的二次开发。MapX是MapInfo基于ActiveX技术的可编程控件，它集成了MapInfo几乎所有的功能，如地图显示，图形放大、缩小、选择、漫游等，制作专题地图，图层控制，ODBC功能，地理查询等等。
在GIS系统中，数据的工作量占整个系统开发的70-80%，所有GIS功能均须基于地理数据，由此可见合理的地理数据模型是GIS系统生存的基础。MapInfo Professional作为桌面地图系统的典范，其空间数据结构是不具备拓扑关系的，因此相对部门级或企业级地理信息系统而言，其空间分析能力较弱。但是它对硬件平台，软件环境，软件工具，要求较低，同时使用简单，价格也较低。MapInfo是通过建立空间实体模型和空间索引来定义其空间数据模型的，利用Table来存储空间数据和属性数据。空间实体主要由点、线、面三种基本类型组成，采用面向对象的方法，每种实体对象均维护其本身的所有信息。空间索引是利用R-Tree技术来实现的。采用这种
=FD据模型可以简化数据管理的复杂性，解决部分的空间查询与分析功能，但仍有些空间分析功能如路径分析软件本身无法实现，须借助于外部开发语言（如Visual Basic, Visual C++，Dephi等）来实现。
MapInfo的数据保存在数据库中，主要是两种数据库：内置数据库和通过ODBC连接的外部数据库。它的数据库通过Table的形式进行数据的组织和管理，每一个Table可存放若干空间实体及对于每一个空间实体的若干属性说明。当然也可只存放属性数据。Table严格按照关系模式规范化的要求设计，空间实体在Table表中的存储不允许重复，以保证空间实体记录的唯一性。有Table表结构，可建立空间实体与属性数据之间的连接关系，从而利用标准SQL来进行查询和检索。
2． Arc/Info 软件
Arc/Info是目前功能最为完善、性能最为稳定的专业地理信息系统软件平台之一，也是最庞大的GIS软件。Arc/Info一般用于部门级和企业级的大型地理信息系统的开发，而对于桌面级的GIS则主要用ArcView来进行开发。这两种软件相互兼容，可以相互调用数据。下面将简要列出本人所了解的Arc/Info的主要功能：
（1） 支持多种系统平台，如Windows NT, UNIX, SUN Solaris, SGI IRIX, IBM AIX等.可方便地调用各种系统平台上的数据和应用；
（2） 将最广泛的数据源集成到统一的环境下，如矢量（x, y坐标）地图数据、栅格图象数据、CAD数据、声像数据以及大量的DBMS表格数据；
（3） 地理数据和相关数据的自动化采集、管理、显示功能；
（4） 强大的地理空间分析功能。Arc/Info提供了各种分析工具，如：拓扑地理叠置分析、buffer分析、空间与逻辑查询、临近性分析等等；
（5） 建立了多种数据模型，如水文建模、网络建模、栅格建模等；
（6） 专业性和功能性非常强的TIN模块，可生成、显示、分析地表模型，同时进行地图晕暄、模拟飞行动画、通视分析、剖面提取及工程土方量计算等等；
（7） 提供了栅格分析功能，可进行栅格矢量一体化查询与叠加显示；
（8） 开发了数据库管理模块，可管理大量的数据，并能进行工作数据的维护和动态更新；
（9） 高效的图形显示功能。Arc/Info开发了一个图形加速模块，可提高图形显示的速度。
Arc/Info提供了AML（Arc Macro Language）语言开发环境，利用该开发环境可非常方便地编制用户的菜单和功能。AML是一种解释性的开发语言，与Maptitude的Caliper Script类似，具有以下特点：
（1） 语法结构简单，容易掌握，易于开发；
（2） 可采用模块化的开发方法进行系统应用软件的开发；
（3） 支持多种风格的菜单、对话框、工具条的设计与开发；
（4） 提供多线程的调度和输入管理。
同时Arc/Info为了克服AML语言难于处理复杂的线程控制以及开发效率较低，对外部应用的可控制性差等缺陷，又提供了ODE（Open Development Environment）功能。由于ODE是通过编译来执行的，因此可弥补AML语言的不足。
Arc/Info的开发模式主要有两种：
（1） 利用Arc/Info、AML和ODE来进行开发。
（2） 利用Arc/Info的Active X控件在通常的编程语言开发环境中进行开发。
Arc/Info的基本元素是“ARC”，可由任意多个点构成，在其两端有结点，并伴有共享该“ARC”的两个区域的代码。同时，还为每个多边形建立了环绕其边界的“ARC”目录表。在这种数据结构中，实际存储的只是结点的坐标，而“ARC”和多边形是通过逻辑关系建立的。这种数据结构不仅保存了描述多边形形状的几何信息，而且还建立了多边形元素（Polygon, Arc, Node）之间的拓扑关系。同时Arc/Info采用Coverage特征来描述地理数据。Arc/Info将各种特征属性保存在相应的Table中。Arc/Info建立Coverage拓扑时，定义拓扑和几何特征，并且存储在特征属性表（FAT）文件中。因此Arc/Info采用的是一种带有拓扑关系的数据模型。在这一点上，Maptitude有点与之类似。
ArcView与MapInfo比较类似，主要体现在以下方面：
（1） 均属于桌面地理信息系统范畴，开发方便、简洁；
（2） 可支持多种空间数据格式，并且两者空间数据可以互换；
（3） 空间数据不具有拓扑结构，需建立索引文件来完成各种空间查询和分析；
（4） 其它的一些基本的GIS功能两种软件都具有，这里就不再详叙。
当然作为两种由不同产家开发的软件也具有各自的特点，如在数据管理模式上，ArcView利用Shape格式来保存无拓扑关系的矢量数据，而用Table来管理属性数据；MapInfo则利用Table来管理所有的数据；两者开发工具不尽相同，ArcView的Avenue是一种面向对象的程序设计语言，引入了类的概念，虽功能强大，但开发较难，而MapInfo的MapBasic是一种类Basic程序设计语言，容易掌握，且功能较完善，但是两种开发工具均可进行编译。由于ArcView的许多功能来源于Arc/Info，因此在这里就不再多述。
3 Maptitude软件
Maptitude的系列软件中用于各种专题地理信息系统开发的主要工具是Maptitude软件平台和GISDK开发工具。Maptitude目前已升级到了4.1版本，但由于种种原因，我只试用过3.0版本。该软件的主要功能有：
（1） 数据接收功能强，支持多种GIS数据源，如MapInfo, Arc/Info, MGE, CAD等等；
（2） 数据查询快速，方便，能较好地进行数据的动态更新；
（3） 支持ODBC技术，可与多种数据库进行通讯，如：Oracle, Informix, MS Access, SQL Server等等；
（4） 可方便制作各种专题地图，并通过各种方式输出；
（5） 支持Windows 3.1, Windows 95 & 98 系统，但是3.0版本不支持Windows NT4.0。对于UNIX，OS等操作系统是否支持，目前没有试验；
（6） 具有数据无缝连接功能；
（7） 支持多媒体。除了支持BMP图片以及制做可翻转的幻灯片外，尚支持播放音乐和电影的多媒体功能。
（8） 具有快捷而强大的空间分析如buffer分析，最短路径分析等功能；
（9） 可利用工具自动建立拓扑关系；
（10） 支持OLE和DDE技术，可在通用的开发语言中将Maptitude作为OLE来调用，如：Visual Basic, Visual C++, Dephi等。
（11） 数据压缩是Caliper公司引以为荣的专利技术。在Maptitude中地图数据以压缩形式存储，却可在不解压的环境下操作。所占空间小，速度大大提高。
Maptitude提供的开发工具是GISDK。GISDK是一种解释性的开发语言，可利用任何文本编辑器来书写代码，Maptitude本身不提供编辑窗口。GISDK由两部分组成：Caliper Script程序开发语言和用于应用程序编译和测试的交互开发工具。Caliper Script 程序语言是开发基于Maptitude应用程序的关键。该语言功能强大却使用简单，既使具有很少程序经验的人都能很快掌握。由于其一组由命令组成的程序流，隐含变量说明，灵活的数组处理，结构化的函数调用等等而使得类似BASIC语言的 GISDK别有特色。Caliper Script可以建立和管理诸如表、地图、地图要素、窗口、选择集以及工具、对话框、工具条等用户界面。此外， Caliper Script还包含多达 600个函数的函数库。高级函数调用充分调用Maptitude的功能 ，函数库包括 DDE信息处理的特色函数库，实时应用开发，ODBC目标管理等丰富内容。
GISDK的特点有：
（1） 提供了非常完善的函数，使得开发较方便；
（2） 可利用任何文本编辑器来书写程序代码；
（3） 通过嵌入方式可扩充Maptitude的功能；
（4） 可方便地建立诸如菜单、对话框、工具条等用户需要的界面。
Maptitude的地理数据保存在自带的数据库（DBF或DAN）或外部数据库中，外部数据库通过ODBC调用。其空间数据由点、线、面组成，采用传统的GIS拓扑结构建立方法，数据以拓扑方式进行存储。由于其数据本身就具有拓扑关系，因此有利于进行各种空间分析，如多边形叠加分析，最短路径分析，buffer分析等等。
Maptitude目前的开发模式主要有两种：
（1） 利用Maptitude与GISDK来进行开发。这种方式有利于系统的稳定性，但是无法进行系统功能的扩展；
（2） 将Maptitude作为OLE的开发模式
虽然Maptitude与GISDK具有强大的功能，特别是GISDK的函数库包含有多余600个功能函数，但是相对于用户对系统的要求来说，该功能毕竟还是有限的。因此将Maptitude作为OLE，利用常用的开发语言如Visual Basic, Visual C++, Delphi等来进行系统开发。
目前，Maptitude还没有推出它的Active X控件。但是作为GIS软件平台发展的一种趋势，Maptitude推出Active X控件也是迟早的事情。
原来的丢了在此补发，希望对大家有所帮助。
介绍mapxtreme
应楼上的兄弟要求介绍mapxtreme
功能特点：
地图发布
能够将矢量地图通过MapX转化成GIF或JPG格式的栅格图象 ，使用户可以通过WWW浏览器访问地图。并提供Java或 ActiveX的Widget，完成多平台上的地图缩放，平移等操作 。由于传递到浏览器端的只是一幅经过高度压缩的 栅格地图，而真正的矢量地图及数据仍保留在服务 器端，因此减少了网络传输负担，同时降低了原始 数据被盗用的可能。
信息可视化
除了在网页上显示和浏览地图，通过MapXtreme，还可以 在网页上增加信息可视化的能力。通常在网页上所能完成的功能，只是通过文字或数字表格联系起来 的声音、图象、文字等信息，无论查询或分析，都是输入数字或文字，无法利用地图这种直观而信息量丰富的方式。MapXteme使这一方式成为可能。
MapXtreme的地图化功能
专题图：利用晕渲、等级符号、独立值、点密度、饼图、直方图进行区域值的显示。
对象处理：合并、缓冲区、相交、删除对象（点，线，面）、返回结果数据。
对象编辑：生成、修改、删除。
绘制图层：允许开发人员绘制定制的地图对象，例如尺标、天线传送方向的箭头。
查找：通过州名、ZIP码、城市名、街道名或客户进行查找。
图层控制：允许用户管理多层地理信息，诸如层的颜色、缩放、可视和层的风格。
空间选择：允许用户在规定的矩形框内，规定的半径范围内和多边形内（例如一个州）进行选择和操作。
广泛的数据源：使用通用的数据界面，包括：ODBC、DAO、ClipBoard和OLE Data界面访问数据。
       技术特点
稳定可靠的强大地图功能
MapXtreme提供了全面的地图功能来迎合您的需要，包括 ：专题地图，缓冲区分析，地图编辑，涂抹层，地 图目标查找，直接访问LotusNotes和Domino数据，地图显示 ，图层控制，空间选择，地理编码，扩展地图库和 示例数据。
低成本的中心式软件运行和数据管理方式
通过服务器进行数据/软件集中管理，使单独的使用 成本降低。为了实现高性能，集中化和安全性， MapXtreme与MapInfo公司的空间数据库软件——SpatialWare（它可 以将地图数据存储到RDBMS中）兼容。
地图应用中最容易扩充的模型
当应用需求增加时只需增加server来支持增多的用户数 。完全与任何WebServer或WebBrowser兼容。MapXtreme的开放式结 构可以在任何webserver上工作，而且可以利用ISAPI，NSAPI， 以及CGIgateway各自的优势.而且，MapXtreme不需要任何plug-ins， 因此可以通过任何PC及Unix工作站的webbrowser访问。 下一个版本的MapXtreme将可以在Unixwebserver上运行， 这使得企业可以在Unixwebserver上运行控制器，而将地图应用放在一台或多台WindowsNTserver上。
MapXtreme的主要功能：通过MapXtreme，用户可以在Internet/Intranet WWW上发布基于电子地图的应用系统。所有的最终用户只需在自己的机器上安装浏览器（如 Microsoft Internet Explorer或Netscape）即可访问存放在服务器端的空间数据，用户可以很方便地对地图进行放大、缩小、漫游、查询、统计等操作。此外，MapXtreme还提供了许多强大的地图化功能满足用户的不同层次的需要，包括：专题图、缓冲区分析、对象（地图）编辑、绘制图层、查找、直接读取Lotus Notes、图层控制、空间选择、访问各种数据源等。访问空间数据（如存储在运行在Oracle/Informix上的MapInfo SpatialWare 的图形数据。）是MapXtreme的一大特点。
MapXtreme的地图引擎：MapXtreme以MapX为引擎。MapX是一个可编程的OCX控件，是可重复利用的可编程对象，它提供决大部分MapInfo Professional支持的地图功能，可以利用编程平台所提供的数据库访问机制，也可以利用自身提供的ODBC接口，并可进行数据的智能绑定，在客户端安装并可在授权范围内分发，它是全新的桌面地图应用方式，使更多的用户得到廉价的 MapInfo地图信息技术。
MapXtreme的开发方式：随MapXtreme提供的开发环境是由Microsoft公司提供的Visual InterDev。Visual InterDev是高度集成化的Internet开发环境。开发人员可以利用它可视化地创建并维护HTML文档，在WWW应用系统中集成高级应用逻辑，并管理整个WWW应用开发过程。Visual InterDev提供的开发语言VB Script已经早已为广大的开发人员所熟悉，这也为MapXtreme在中国的应用前景打下了良好的基础。从技术角度出发，在Visual InterDev上的开发过程相对于过去比较典型的CGI程序开发过程要简单得多。一方面，Visual InterDev提供了非常易用的可视化开发环境，而且所采用的编程语言很容易掌握，从而保证了开发周期能够得以控制；另一方面，相信编写过CGI程序的程序员对HTTP协议的面向无连接的特性一定会感到非常不便，因为他们在编程时往往需要在HTML中用大量的隐藏变量来记录状态参数，以便下一次CGI程序再度被激活时用来作初始化。由Visual InterDev创建的ASP在IIS上运行时，能够自动为每一个客户端维持状态参数。这个特征将使开发人员的工作量大大减轻。

      MapXtreme的优势：使用MapXtreme，开发人员能集中地控制和维护地图和数据库数据，并集中实现应用程序功能，避免了以往系统的维护、同步困难的问题，尤其适合信息量大，用户多的单位的实际情况。另外，由于使用Web浏览器作为客户端，更使开发人员可以将地图信息系统紧密地与其他系统结合，给用户提供统一，完整的综合信息系统。

4. Google Earth