Torque在Linux集群上的安装配置

2008年7月的时候尝试安装Torque于TCCL的服务器上，失败。
2010年1月12日开始，再次尝试。希望不要再失败。

服务器的基本状况：
一个2T硬盘的前端存储节点，名称为tccl_front;9台8核的计算节点，名称分别为tccl01-tccl09。操作系统为CentOS 5.3 x86_64版本的Linux系统。
NIS服务已经配置好，存储节点的磁盘用NFS挂载在每个计算节点上作为共享磁盘。所有的应用软件都安装在此共享磁盘上。

1.ssh免密码登录.对每个用户都要设置。
2.下载Torque，解压缩，编译。
目前，torque 2.3是稳定版本，2.4是beta版本。为了稳定，我下载的是2.3.9版本。
下载地址:
http://clusterresources.com/downloads/torque
在PBS服务器节点上：
tar xvfz torque-2.3.9.tar.gz
configure需要加参数
./configure --enable-docs --with-scp --enable-syslog 
make
make packages
make install
将torque-package-mom-linux-i686.sh，torque-package-clients-linux-i686.sh安装到计算节点上。
将这两个文件拷贝到计算节点上（或者是共享磁盘上），登录进计算节点，运行：
./torque-package-mom-linux-i686.sh --install
./torque-package-clients-linux-i686.sh --install
可以使用dsh之类的工具来辅助。或者手工写一个脚本来完成这些工作。

3.配置pbs_mom为服务
在torque源码包contrib目录中有一个文件
cp contrib/init.d/pbs_mom /etc/init.d/pbs_mom
chkconfig --add pbs_mom
在所有的机器（pbs服务器和计算节点）上都需要如此设置。
写脚本来完成吧!比如
for i in `seq 1 9`
do 
echo tccl0$i
ssh tccl0$i "some command"
done

4.配置torque
1) 
ldconfig
2) Specify Compute Nodes
编辑文件
/var/spool/torque/server_priv/nodes
内容如下(注意，这里使用的都是机器的简称,与使用免密码登录时的机器名称相同):
tccl01 np=8 smallmem
tccl02 np=8 smallmem
tccl03 np=8 bigmem
tccl04 np=8 bigmem
tccl05 np=8 bigmem
tccl06 np=8 24G_Mem fastcpu
tccl07 np=8 24G_Mem fastcpu
tccl08 np=8 20G_Mem fastcpu
tccl09 np=8 24G_Mem fastcpu

3)Configure TORQUE on the Compute Nodes
按照系统的情况，配置如下：
在计算节点上编辑文件
/var/spool/torque/mom_priv/config
内容如下:
$pbsserver tccl_front
arch x86_64
opsys RHEL
$logevent 255
$ideal_load 4.0
$max_load 8.0
$tmpdir /tmp

4)初始化
torque.setup root
这会生成最基本的一个设置，有一个batch队列。如果需要比较复杂的队列，建议自己写一个配置文件，比如queue.conf文件。下面是一个有short,medium,long 共3个队列的配置文件：
#
# Create queues and set their attributes.
#
#
# Create and define queue batch
#
#create queue batch
#set queue batch queue_type = Execution
#set queue batch resources_default.nodes = 1
#set queue batch resources_default.walltime = 01:00:00
#set queue batch enabled = True
#set queue batch started = True

#Short queue
create queue short
set queue short queue_type = Execution
set queue short resources_default.nodes=1
set queue short Priority = 1000
set queue short max_running=20
set queue short max_queuable=40
set queue short max_user_run=10
set queue short max_user_queuable=20
set queue short resources_min.walltime=00:00:10
set queue short resources_max.walltime=12:00:00
set queue short resources_default.walltime = 12:00:00
set queue short resources_default.neednodes = smallmem
set queue short enabled = True
set queue short started = True

#Medium queue
create queue medium
set queue medium queue_type = Execution
set queue medium resources_default.nodes=1
set queue medium Priority = 100
set queue medium max_running=12
set queue medium max_queuable=20
set queue medium max_user_run=4
set queue medium max_user_queuable=8
set queue medium resources_min.walltime=12:00:10
set queue medium resources_max.walltime=48:00:00
set queue medium resources_default.walltime = 24:00:00
set queue medium enabled = True
set queue medium started = True
set queue medium resources_default.neednodes = fastcpu

#Long queue
create queue long   
set queue long queue_type = Execution
set queue long resources_default.nodes=1
set queue long Priority = 10
set queue long max_running=10
set queue long max_queuable=12
set queue long max_user_run=3
set queue long max_user_queuable=6
set queue long resources_min.walltime=48:00:00
set queue long resources_max.walltime=480:00:00
set queue long resources_default.walltime = 72:00:00
set queue long resources_default.neednodes = bigmem
set queue long enabled = True
set queue long started = True
#
# Set server attributes.
#
set server scheduling = True
set server acl_hosts = tccl_front
set server acl_hosts += tccl_front.tccl_group
set server acl_hosts += "tccl01,tccl02,tccl03,tccl04,tccl05,tccl06,tccl07,tccl08,tccl09"
set server acl_host_enable = true
set server managers = root@tccl_front.tccl_group
set server operators = root@tccl_front.tccl_group
set server default_queue = short
set server log_events = 511
set server mail_from = adm
set server scheduler_iteration = 10
set server node_check_rate = 120
set server tcp_timeout = 6
set server mom_job_sync = True
set server keep_completed = 120
#set server next_job_number = 0
set server query_other_jobs = True


运行
qmgr <queue.conf
即可完成两个队列（long,short）的基本设置。

需要注意的问题：
/etc/hosts设置
# Do not remove the following line, or various programs
# that require network functionality will fail.
127.0.0.1       localhost   localhost
::1    tccl_front6.tccl_group    localhost6
192.168.1.218    tccl_front.tccl_group    tccl_front
192.168.1.3    tccl01.tccl_group    tccl01
192.168.1.2    tccl02.tccl_group    tccl02
192.168.1.4     tccl03.tccl_group       tccl03
192.168.1.5     tccl04.tccl_group       tccl04
192.168.1.6     tccl05.tccl_group       tccl05
192.168.1.7     tccl06.tccl_group       tccl06
192.168.1.8     tccl07.tccl_group       tccl07
192.168.1.9     tccl08.tccl_group       tccl08
192.168.1.10    tccl09.tccl_group       tccl09
包含tccl_front的应该是192.168.*.*的IP，而不能是外网IP或者127.0.0.1的IP，切记！

5.安装mpiexec,这个是为了方便运行nwchem等程序。否则，删除任务以后，实际上没有将mpirun杀死。
http://www.osc.edu/~djohnson/mpiexec/index.php
下载，解压缩以后
./configure --with-pbs=/var/spool/torque --with-prefix=/home_srv/scicons/mpich/mpiexec --with-default-comm=shmem
make
make install
编译mpiexec时，需要注意--with-default-comm选项。这个选项要与mpirun的default-comm一致。比如，我的服务器上用的是shmem，这里就要设置为--with-default-comm=shmem
如果设置错误的话，会发现申请了n个processor，实际计算的时候只使用了一个。

6.将所有的pbs_iff程序setuid=root
chmod 4775 /usr/local/sbin/pbs_iff

参考文献：

http://clusterresources.com/torquedocs21/torquequickstart.shtml

http://zevan.blog.sohu.com/142998635.html