集群环境MPI安装配置

以下是我几天来调试能成功跑通CPI例子的方法。

一、安装mpich2（版本是mpich2-1.3.2p1）（值得注意的是以下 2-8 步骤集群中各节点均需做相同工作）

　　　　1.下载tar包，解压缩，解压缩后路径  * /* /* /*/mpich2-1.3.2p1

　　　　2.新建安装目录mpich（我是建立在/usr/local/下），新建临时buid目录（位置任意，但建议不要在

　　　　   解压缩后目录下）；

　　　　3.cd buid     运行 dir_to_mpich2-1.3.2p1/configure --prefix=/usr/local/mpich  --with-pm=mpd  2>&1  |  tee c.txt

　　　　  意思是安装到/usr/loacal/mpich路径下。使用mpd，而不是默认的hydra。检查是否出错，看c.txt内报错信息，缺　　　　　             什么装什么，或看configure选项，去掉不用检查项   ；

　　　　4.如果configure不出错，运行 make 2>&1  |  tee m.txt    查看m.txt检查错误，错误排除请自行google；

　　　　5.如果make不出错，运行 make install 2>&1  |  tee mi.txt   同样查看mi.txt检查错误；

　　　　6.运行 ls  /usr/local/mpich/bin 看是否已经成功生成mpicc、mpiexec等可执行文件，若有，则说明安装成功。

　　　　7.为保证mpi运行路径相同，各节点要新建相同用户名用户，例如都新建用户flying。

　　　　8.切换至新建用户 su flying   修改环境变量，我用的是修改新建用户主目录下的 .bashrc ，在该文件最后一行追加

　　　　　PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin  

二、修改/etc/hosts

　　　　为了使各节点可以互访，需要在各节点上都修改该文件内容。打开该文件，添加节点，每节点单独占一行，内容为

　　　　节点IP      节点名（任意）

　　　　... ...

　　　　将所有节点填入该文件，保存；

三、配置ssh无密码访问文件

　　　　在主节点新建用户主目录下，运行ssh-keygen   -t   rsa1 一路回车。将生成 .ssh目录，将 .ssh目录下的

　　　　id_rsa.pub 拷贝重命名为authorized_keys，将authorized_keys文件拷贝到集群中各新建用户主目录下的 .ssh目

　　　　录下，这样，只需一次ssh访问输入密码，以后主节点访问各节点将不再需要输入密码；

四、配置mpd配置文件

　　　　在集群中各新建用户主目录下新建 .mpd.conf文件，在其中写入：MPD_SECRETWORD=abc

　　　　保存，修改 .mpd.conf文件权限为 600 （非常重要）。在主节点（只需该节点）上，希望以后运行mpi程序

　　　　目录（我用mpiExecDir目录，命名随意，但各节点该目录位置及命名必须一致）下新建mpd.conf文件，

　　　　将集群中各节点名字写入，每个名字占一行；主节点上该目录下运行 mpdcheck -f mpd.conf看是否能够成功，命令

　　　　没有任何返回即为成功；

五、建立节点名文件

　　　　在主节点（只需在该节点）mpi可执行文件目录mpiExecDir目录下新建hosts文件（名字任意），打开hosts文件，

　　　　将各节点填入，内容为节点名和核数节点，格式为

　　　　主机名：核数

　　　　... ...

　　　　每项单独占一行，保存，退出。

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至此安装配置完毕。

首先各节点各自编译mpi自带例子程序cpi。在mpiExecDir目录下运行   mpicc  to/cpi.c/dir/cpi.c  -o cpi

启动各节点mpd，只需在主节点上敲命令 mpdboot -n 节点数 -f mpd.conf

然后在mpiExecDir下运行 mpiexec -machinefile hosts -np 启动进程数（需要小于总核数） ./cpi             

即可。