SSR标记与SNP标记

SSR：简单序列重复，SSR标记纪录的是对一段重复的简单序列的编码（编码一般都不是binary的）

SNP：单点多态，SNP标记纪录的是一个等位位点上的不同碱基（编码一般是binary的，除非位点不是biallele的）

SSR不可能位于功能基因的内部（根据其结构特征，功能基因内部不可能有类似SSR的重复模式的简单序列），而SNP可能出现在功能基因的内部。

以下内容转自：http://emuch.net/html/201112/3902555.html

进行基因组选择时，由于使用SNP的条件不具备，请问如果选择SSR代替SNP，可行性怎么样？

qidannvzi (站内联系TA)

1楼: Originally posted by lengfeng0210 at 2011-12-04 1421:
进行基因组选择时，由于使用SNP的条件不具备，请问如果选择SSR代替SNP，可行性怎么样？

没看明白，可能是我道行太浅了！

zongyu_1986 (站内联系TA)

你这个问题问的很迷糊，SSR这个方法本身没什么问题。SSR多态性好，属于共显性标记，其结果可以用于遗传多样性、群体遗传等很多方面，只是开发引物过程繁琐，而且价格昂贵。你如果想用的话肯定要有可靠的引物。

lengfeng0210 (站内联系TA)

3楼: Originally posted by zongyu_1986 at 2011-12-04 1639:
你这个问题问的很迷糊，SSR这个方法本身没什么问题。SSR多态性好，属于共显性标记，其结果可以用于遗传多样性、群体遗传等很多方面，只是开发引物过程繁琐，而且价格昂贵。你如果想用的话肯定要有可靠的引物。

感谢您的热心解答，我想知道的是，如果用SSR做标记，能不能做到覆盖整个基因组、能不能达到很高的密度？

wanhscn (站内联系TA)

4楼: Originally posted by lengfeng0210 at 2011-12-04 2019:
感谢您的热心解答，我想知道的是，如果用SSR做标记，能不能做到覆盖整个基因组、能不能达到很高的密度？

间隔5个cM之内，完全可以覆盖全基因组（根据我所研究的作物）
要想覆盖全基因组，全基因组测序是最理想的

tmx0rice (站内联系TA)

不能说是拿SNP代替SSR。你的问题说得好像不是那么清楚。

一般来说SSR标记在不同品种之间具有着良好的多态性，但是也并不表示在某一片段就一定这样呈现。在基因组分析中，先想到的是经济实惠的办法，可以先用前人发表的SSR等标记进行筛选，如果不够，再进行序列对比，然后自己再开发新的标记（SSR,Indel，CAPS，SNP等）。一般来说，光靠SSR标记是达不到高的密度的，都是用几种标记联合才能做到，当然也有用了几种标记也达不到的情况，呵呵，这个还要看你的运气哟。

syjun2003 (站内联系TA)

你还是看看书吧，别人有没有用的。基因组选择模型数据支持什么样的，比如二价型标记，你用SSR就会有很大的麻烦。建议用SNP或者其他的二价型标记。
SSR多态性太高，所以有用它做基因组选择的吗？或者，你见过这样的论文吗？

syjun2003 (站内联系TA)

还有，多说几句，楼主老是问这个问题，为啥就不能潜下心来，去读读论文呢。就算不读论文，你基因组选择用什么软件应该知道吧，你把后续处理要用的软件学会了，你也就会这个问题了，没必要整天出来问。

howbigpig (站内联系TA)

主要看你的材料是什么。SSR相对SNP来说成本低甚至可忽略不计，你研究的物种中应该会有已报道的引物，可以直接合成使用，不用像SNP那样需要进行大量的生物信息学分析然后设计引物、扩增测序、继续生物信息学分析；即便是目前没有可用的SSR引物，你也可以使用NCBI中提交的EST序列，使用相关的软件搜寻SSR，然后批量设计引物，假如事情再坏一些，你研究的物种没有足够的EST序列可以用，你甚至可以转录组测序从测序的结果中搜寻SSR，这样之后的成本也不见得比SNP的高。后期的数据处理，SSR也简单一些，很多统计软件都可以直接分析。
SNP的优点是数量多，在基因组中分布十分广泛，有的物种中可以达到每200bp发生一个SNP的密度，甚至有的更低，这一点是任何标记无法相比的。根据EST序列开发的SNP因为就是在基因的编码区，它的作用是不言而喻的。也可以根据已知的基因开发SNP，这就是说这样开发的标记可以直接将这个基因定位到你构建的图谱中，这样的作用也是非常重要的。但是成本高，如果你的实验室有条件的话，可以使用高通量的SNP分型，那样烧钱但是方便快捷，如果条件不允许，那开发SNP标记工作量就会比较大了。当然如果你研究的物种目前已经研究的比较深入，全基因组测序已经完毕，那么请毫不犹豫的选择SNP.
就说这些吧，祝实验顺利

people1845 (站内联系TA)

4楼: Originally posted by lengfeng0210 at 2011-12-04 2019:
感谢您的热心解答，我想知道的是，如果用SSR做标记，能不能做到覆盖整个基因组、能不能达到很高的密度？

一般需要多少SSR序列可以达到你说的这个效果(即5CM)