加限制的最小化的文件
来源:互联网 发布:艾瑞数据 今日头条 编辑:程序博客网 时间:2024/06/05 15:02
图片中参数的解释:
ntx选项用于从"inpcrd"文件中读取初始的坐标,速度和盒子信息。如果从最小化或者构建模型坐标的过程开始,则需要选择的参数值为1或者2.如果使用MD中的重新开始的文件(通常的命名规则为.rst结尾的文件), 则需要使用的参数值为4-7. 只有选项值1和5为经常使用的选项值.
ntx=1,在读取轨迹文件的时候不读取轨迹文件中的速度的内容
ntx=5, 以格式化的形式读取轨迹和速度内容,如果ntb>0,盒子信息将会被读取。当且仅当ires=1的时候才会读取速度信息.
irest=0, 重新开始的参数(Restart flag)
ntpr=50, 每50步将轨迹写入轨迹文件。
ntf=1,完整的键势能
ntb=1,周期性的参数,常容(体积固定)
ntb=0, 不使用周期性并且将PME关闭
ntb=2, 采用常压的过程.
nsnb=10, 非键结的列表更新(non bond list update)
ntr=1, 对体系的限制(需要在后面的RES中详细定义需要限制的残基或原子)
ntmin=1,允许从从最陡下降到共轭梯度的转换的参数.
限制文件将从DISANG参数指定的文件中读取.
irest=1, 表明在开始跑的时候一切将从头开始算,所有的信息将从rst文件中读取.
ntc=2表明所有的H键将收到SHAKE算法的限制,这是为了消除体系中的高频率的震动.
ntf=1 表明将计算力场中的所有类型的力.
ntb=2和ntp=1表明体系将采用常压的方法.
ntwr=500,每500步将能量信息写入到文件中.
ntwx=500, 每500步将坐标写入坐标文件(轨迹文件)
ntx=5这个参数将从前面的restart文件中读取速度信息
gamma_ln 设置碰撞频率的参数,当ntt=3时, 采用简单的蛙跳积分算法来进行动力学,对于和谐的震荡过程将会调整动能在正确的区间范围内. 没有必要使得震动的频率接近物理的震动频率(例如水溶液的震动频率为50ps-1。 事实上考虑到积分的稳定性和简单,使用小的值2-5ps-1通常是一个优势。
taup 压力的放松时间(只有当ntp>0的时候才会起作用), 推荐的取值范围为1-5之间,默认的值为1,如果你的轨迹不稳定的话可以使用较大一点的值.
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