聚类分析软件操作流程

                                       

 2011/2/24

背景简介：

在芯片数据聚类分析中,可用的软件有很多,其中最重要的软件就是Cluster和它的相关树可视化软件TreeView。

 

软件下载：

那如何获取这两款软件呢？以下为两款软件的获取地址：

http://bonsai.hgc.jp/~mdehoon/software/cluster/

选择Cluster 3.0 for windows 和 JavaTreeView 下载。

 

软件安装：

1.Cluster 3.0的安装：

Cluster 3.0 for windows 的运行环境为windows系统，所以直接点击clustersetup.exe即安装成功。

 

2.Java TreeView的安装：

Java TreeView下载完成后，文件解压后如下图（图-1）所示，此时Treeview.jar此时默认的是压缩文件，千万不要解压TreeView.jar文件包。在windows系统中，按理说双击setup.exe 文件能完成安装，但出于某些原因，有的电脑可能运行不了，那是因为缺少了一个Java的运行环境，因此我们需要下载JRE（Java Runtime Environment，Java运行环境）。

JRE软件官方下载地址为http://www.java.com/it/download/manual.jsp（For Windows版本）。

安装完JRE软件后，Treeview.jar文件会自动默认JRE打开，如下图(图-2)所示，若没有自动默认,可右击选择默认打开程序选择JAVA（TM）Platform打开。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 图-1                                       图-2

 

 

软件使用：

简单地说：

1、Cluster的作用是应用一定的公式对一定格式的数据进行

过滤（Filter Data）、

校准（Adjust Data）、

分层聚类（hierarchical clustering）、

K-均值聚类（K-meansclustering）、

自组织图谱SOM（self organizing map）、

PCA（principle-componetanalysis）。

最后输出CDT和GTR格式文件 ( CDT格式为TreeView的默认打开文件格式 ) 。

    

 2、TreeView的作用是对Cluster输出的数据进行可视化显示。

 

1.Cluster 3.0的使用：

(1)数据的载入：Cluster所识别的文件格式为TXT文本文件，文件格式如下图（图-3）所示，数据可由Excel表格直接复制粘贴入文本文件。

点击菜单栏File / Opendata file 选择相应文件即可。

图-3

 

 

 

(2)数据的过滤：Cluster的主界面如下图（图-4）所示，点击Filter Data标签，点击所有复选框，数据值默认，最后点击ApplyFilter按钮及AcceptFilter按钮。此时数据过滤完成。

图-4

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

(3)数据的校准：点击主界面的AdjustData标签如下图（图-5），选择对数转换数据（Log transform data）、聚类基因（Center genes）以及聚类列（Centerarrays）前的复选框，数据默认，点击Apply按钮。

图-5

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 (4)数据的分层聚类：点击主界面的Hierarchical 标签如下图（图-6），需要解释的是Genes区域是设定数据每一行即是否对各个基因进行聚类，Arrays区域是设定数据每一列即是否对几个时期进行聚类。

图-6

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

   此处我们只对每行即各个基因进行聚类，所以将Genes区域的Cluster前复选框勾上，

聚类标准（SimilarityMetic）我们选择correlation（uncentered），聚类方法函数（Clustering method）我们一般选择输出均值（Averagelink age）。点击完Averagelink age按钮则会在原始数据所在的文件夹自动生成两个文件，文件格式分别为CDT和GTR格式文件。

 

(5)此时Cluster软件的使命已经完成，接下来进入TreeView进行图形输出。

 

2.Java TreeView的使用：

(1) 软件的运行：双击（图-2）中的Treeview.jar文件。软件主界面如下图（图-7）所示。

图-7

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

(2) 文件的载入：同样，点击菜单栏File / Open选择Cluster输出的DAT文件，稍等片刻即如下图（图-8）所示。

图-8

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

(3) 显示区域的选择：用鼠标左键按住在上图（图-8）中的彩图区域选择需要的显示区域，所选区域会在右边空白区显示如下图（图-9）所示。

图-9

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

(4)所选区域设置：基因色块大小颜色深浅均在菜单栏Settings /  PixelSettings里设置，设置界面如下图（图-10）所示。

图-10

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Global：是设置全局图片大小；

Zoom ：是设置每个基因色块的大小；

Contrast：是调节基因色块的对比度。

 

其他，比如字体等等如有需要均可在菜单栏Settings子目录下找到相应项进行设置，此处不再赘述。

 

(5) 图像的输出：点击菜单栏Export / Exportto image ，设置菜单的数据默认（当然有需要也可作相应更改），点击Save按钮，则输出如下图（图-11）所示的图片。

图-11

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

(6) ColorBar的输出：点击菜单栏 Export/ Export ColorBar to image，设置界面如下图（图-12）所示：

图-12

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

对ColorBar里单个色块的多少、大小及整体的大小输出路径等都可进行设置，好！点击Save按钮即可输出图片文件如下图（图-13）所示。

图-13

 

 

(7)收工：OK！全都完成啦！(*^__^*)嘻嘻……