MPI常用命令

转自:  http://blog.csdn.net/shijinupc/article/details/6788990

1.mpd & 启动本机的mpi守护进程

2. mpdboot:

启动集群mpd守护进程，在运行MPI程序前必须开启每个节点上的mpd守护进程。
常用的参数：
-n nodenum,需要启动的节点数量
-f hostsfile节点列表，与-n 一起使用表示启动节点列表中的nodenum个节点。
若没有-n选项，则只启动本地mpd进程。
3. mpdtrace:
查看集群mpd守护进程。
常用参数：
-l 输出mpdid和IP
4. mpdexit：
杀死指定节点mpd守护进程。
常用参数：
-mpdid
5. mpdallexit：

杀死所有的mpd守护进程。

6.mpdtrace：查看MPI环境中的机器

7. mpiexec:
MPI程序运行命令，运行前必须开启mpd守护进程。
常用形式：
mpiexec <g-options> <l-options> <executable>
mpiexec <g-options> <l-options> <executable>
mpiexec –configfile <file>
其中，
<g-options> 全局选项运用于所有MPI进程。
<l-options> 本地选项应用于部分MPI进程集合。
<executable> 可执行文件的路劲。
<file> 包含命令行选项的文件。
全局选项中常用参数：
-gdb 调试运行
-machinefile <file> MPI进程分配文件。
本地选项中常用参数：
-n num 设置执行MPI程序的进程总数
注意：全局选项和本地选项顺序不要弄错。
8. mpirun:
MPI程序快速执行命令，运行前不必运行mpdboot开启守护进程。
9. mpd测试命令：mpdcheck和mpdringtest
mpdcheck用来检查mpi安装和运行时的故障和异常。
mpdringtest测试一个mpd回环的传输时间。
10. mpd帮助命令：mpdhelp
mpdhelp显示所有mpd命令。

11. 编译命令

mpicc:
MPI程序编译命令。
常用参数： -g 加入调试信息。
mpiCC/mpicc/mpif77/mpif90
mpiCC编译并联接用C++编写的MPI程序 而mpicc是编译并联接用C编写的MPI程序
mpif77和mpif90分别编译并联接用FORTRAN77和Fortran90编写的MPI程序

这些命令在联接时可以自动提供MPI需要的库 并提供特定的开关选项

注意mpiCC不能不能用于编译C程序 常用的编译选项是
-mpilog 产生MPE的log文件
-mpitrace 产生跟踪文件
这样在该MPI程序执行时会打印出其运行踪迹信息，但是它和-mpilog 在编译时不能同时存在 只能二者选一
-mpianim 产生实时动画
-show 显示编译时产生的命令 但并不执行它
-help 给出帮助信息
-echo 显示出当前正在编译联接的命令信息
此外它们还可以使用一般的C++/C/FORTRAN77/Fortran90通用的选项，含义和原来的编译器相同

To compile a single file foo.c, use
mpicc -c foo.c
To link the output and make an executable, use
mpicc -o foo foo.o
Combining compilation and linking in a single command
mpicc -o foo foo.c
最简单的MPI运行命令是
mpirun –np N program
program是可执行MPI程序名 以这种方式进行执行
其中N是同时运行的进程的个数
需要首先对可用的机器进行配置 配置文件是$(HOME)/mpich/util/machines/machines.LINUX
在这个文件中 每一行写上可用的机器名 比如
tp5.cs.tsinghua.edu.cn
tp1.cs.tsinghua.edu.cn
tp2.cs.tsinghua.edu.cn
tp3.cs.tsinghua.edu.cn
tp4.cs.tsinghua.edu.cn
83
tp8.cs.tsinghua.edu.cn

这样就有6台机器可供MPI使用 使用这种方式启动时 可执行程序必须放在不同机
同帐户的相同路径下 比如在tp5.cs.tsinghua.edu.cn上$(HOME)/mpich/examples/basic/下
mpirun –np 6 cpi
则需要在{tp1,tp2,tp3,tp4,tp8}上的$(HOME)/mpich/examples/basic/下都有该cpi程序
如果不使用缺省的配置文件 则需要在命令行给出配置文件 该配置文件的
mashines.LINUX相同
比如
mpirun –machinefile hosts –np 6 cpi
只需在hosts中给出可使用的机器名字即可
还有一种更为灵活的配置方式 它允许可执行程序有不同的名字 有不同的路径
启动方式是
mpirun –p4pg pgfile cpi
它的配置文件pgfile的格式如图 38所示
<机器名> <进程数> <程序名>
<机器名> <进程数> <程序名>
<机器名> <进程数> <程序名>
图 38 配置文件的通用格式
需要多少机器 就写几行 注意在这种启动格式中 不需要指出启动多少个进程 进
配置文件指定 一种可能的格式如图 39所示
tp5 0 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi
tp1 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi
tp2 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi
tp3 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi
tp4 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi
tp8 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi
图 39 配置文件示例
注意第一行的0并不表示在tp5上没有进程
这里0特指在tp5上启动MPI程序的执行
mpirun是MPI程序的启动脚本 它可以简化作业的启动程序 并且尽可能把不同特征屏蔽掉
提供给用户一个通用的MPI并行机的概念
MPI程序的一般启动方式是
mpirun -np <number of processes> <program name and arguments>
一般MPI会自动决定使用什么样的设备和什么样的结构
若MPI无法决定 则可以通过选择开关指定 可用的设备选项有
chameleon (包括chameleon/pvm, chameleon/p4, ...)
meiko (使用meiko设备)
paragon (paragon上的ch_nx设备)
p4 (工作站机群上的ch_p4设备)
ibmspx (IBM SP2上的ch_eui)
anlspx (ANLs SPx上的ch_eui)
ksr (KSR 1和2上的ch_p4)
sgi_mp (SGI多处理器上的ch_shmem)
cray_t3d (Cray T3D上的t3d)
smp (SMPs上的ch_shmem)
execer (一个定制脚本，目前还不稳定)
对于MPI无法识别的选项 它将抛弃 完整的MPI运行方式为
mpirun [mpirun_options...] <progname> [options...]
在${MPIR_HOME}/util/machines下有对应的
-arch <architecture> 指明结构信息
machines.<arch> 文件
-h 帮助信息
-machine <machine name> use startup procedure for <machine name>
-machinefile <machine-file name> 列出可选的机器
-np <np> 指出运行需要的处理器个数
-nolocal 不在本地机运行
-stdin filename 用给定的文件名作为标准输入
只显示执行的命令 而不实际运行它
-t 用于测试
-v 尽可能显示详细的信息
-dbx 在dbx下启动第一个进程
-gdb 在gdb下启动第一个进程
-xxgdb 在xxgdb下启动第一个进程
-tv 在totalview上启动
针对NEC - CENJU-3的特殊选项有
-batch作为批处理作业执行
-stdout filename 用指定的文件名作为输出
-stderr filename 用指定的文件名作为标准输出
针对Nexus设备的特殊选项有
并且使-np -nolocal无效 自动选
-nexuspg filename用给定的文件作为配置文件
择 -leave_pg
-nexusdb filename 使用Nexus给定的资源数据库
针对工作站机群的特殊选项有
-e 用execer来启动程序
而不是execer
-pg 用配置文件来启动一个p4程序
-leave_pg 运行结束后不删除P4配置文件
-p4pg filename用指定的进程组配置文件而不是临时创建一个
使得-np和-nolocal无效 自动选择 -leave_pg
-tcppg filename使用指定的tcp进程组配置文件而不是临时创建一个使得-np和-
nolocal无效
自动选择 -leave_pg
-p4ssport num 使用p4安全服务程序来启动该程序
该服务器使用的端口号为
num 如果num=0 则使用环境变量MPI_P4SSPORT的值 该服务器可以加速进程的启动
如果设置了MPI_USEP4SSPORT和MPI_P4SSPORT的值 其效果就如同-p4ssport 0
针对批处理环境的特殊选项
-mvhome 将可执行程序移到home路径下
-mvback files 将指定的文件移到当前路径下
-maxtime min 以分钟为单位的最大运行时间
-nopoll 不使用查询模式进行通信
-mem value 每个结点需要的内存
-cpu time 硬件CPU约束时间
针对IBM SP2的特殊选项
-cac name 指定ANL 调度期
针对Intel Paragon的特殊选项
-paragontype name 选择递交作业的方式
-paragonname name 指定运行作业的远程shells的名字
-paragonpn name 在Paragon上运行部分的名字
异构系统上的运行
通过指定多个-arch -np 参数对 可以在不同的结构上协同运行一个MPI程序 比如利用
本地机sun4和另一个机器rs6000同时执行一个程序 在sun4上启动2个进程 在rs6000上启动
则启动命令为
3个进程
mpirun -arch sun4 -np 2 -arch rs6000 -np 3 program
如果不同机器上的程序名字不同 比如sun4上的程序名字是program.sun4 rs6000上的
机器名字是program.rs6000 则可以用%a代替机器名
mpirun -arch sun4 -np 2 -arch rs6000 -np 3 program.%a
比如分别存放在
如果执行程序的存放路径也不相同
/tmp/me/sun4 和 /tmp/me/rs6000下 则启动命令为
mpirun -arch sun4 -np 2 -arch rs6000 -np 3 /tmp/me/%a/program

其它可执行命令
mpiman
启动MPI的手册帮助程序 它提供两种显示方式 一种是UNIX的man方式 一种是通过
缺省情况下 mpiman使用xman, 即X窗口系统的手册帮助浏览器来阅
Web的HTML格式
读各个帮助页面 其它的开关选项是
-xmosaic 指定使用xmosaic Web浏览器
-mosaic 指定使用mosaic Web浏览器
-netscape 指定使用netscape Web浏览器
-xman 指定使用X窗口系统的xman手册浏览器
-man 指定使用man program (比如mpiman -man MPI_Send)
mpireconfig

根据模板文件产生make文件 它可以根据特定MPICH的配置 将模板中的变量替换为
合适的参数形成所需要的make文件
命令格式是
mpireconfig filename
filename 是将要产生的文件名
但是相应的filename.in文件必须是已经存在了的