CentOS 6.2及最新操作系统部署Hadoop存在的问题

最近新采购的一批机器，由于intel cpu体系架构的改变，新机器的系统需要升级，选择了CentOS 6.2系统。

1  在新机器上将MR业务开启后，导致整个集群都反应很慢，运行的job几乎都被卡住；通过ganglia监控发现，机器的system cpu超过30%，机器几乎是满负载的情况。

原因分析：

RHEL 6.2和6.3系统中包含了一个新特性，被称为“transparent hugepage compaction”，它和Hadoop负载不能很好的交互。相比于其他的操作系统，这导致了严重的性能损失。Red Hat会在未来的更新中解决此问题。

解决方法：把如下命令增加到开机启动中。

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echo always > /sys/kernel/mm/redhat_transparent_hugepage/enabled

echo never > /sys/kernel/mm/redhat_transparent_hugepage/defrag

2  解决上述问题，把MR业务开启一段时间后，经常出现某个task卡死的情况，job会一直hang住，查看TT日志

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2013-08-2006:12:31,050INFO org.apache.hadoop.mapred.TaskLogsTruncater: Initializing logs' truncater withmapRetainSize=-1and reduceRetainSize=-1

2013-08-2006:12:31,053FATAL org.apache.hadoop.mapred.Child: Error running child : java.lang.OutOfMemoryError: unable to create newnativethread

    at java.lang.Thread.start0(Native Method)

    at java.lang.Thread.start(Thread.java:640)

    at org.apache.hadoop.mapred.ReduceTask$ReduceCopier.fetchOutputs(ReduceTask.java:1932)

    at org.apache.hadoop.mapred.ReduceTask.run(ReduceTask.java:382)

    at org.apache.hadoop.mapred.Child$4.run(Child.java:270)

    at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)

    at javax.security.auth.Subject.doAs(Subject.java:396)

    at org.apache.hadoop.security.UserGroupInformation.doAs(UserGroupInformation.java:1157)

    at org.apache.hadoop.mapred.Child.main(Child.java:264)

从上面的日志看，是OOM的错误，不能创建新的进程。但查看该TT机器，内存充足，应该不是内存导致的问题。

后来又check了环境的配置，发现在以前RHEL 5.4系统中生效的ulimit的nproc限制，在新系统中并没有生效（可以通过ulimit -u查看）。google后得知，6.2系统中修改了这一配置，新的配置需要在里/etc/security/limits.d/90-nproc.conf设置生效。

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[hdfs@hd0447-sw40 ~]$ cat /etc/security/limits.d/90-nproc.conf

# Default limit fornumber of user's processes to prevent

# accidental fork bombs.

# See rhbz #432903forreasoning.

 

*          soft    nproc     1024

 

在处理hadoop前期环境的时候，发现有些机器在没有业务的情况下机器负载很高的情况，这里也记录一下。

1. 通过top命令发现plymouthd进程cpu负载达到近100%

解决方法：打开 /boot/grub/menu.lst , 去掉 “rhgb quiet”这两个参数 ，然后重启

2.power_saving死锁引起的高负载

解决方法：

方法1：rmmod acpi_pad，重启机器，机器将不支持电源节能；

方法2：在BIOS中开启ACPI支持，重启，更新内核至2.6.32-358.2.1.el6.x86_64；

方法3：在BIOS里设置禁用；

方法4：要将驱动程序列入黑名单，编辑 /etc/modprobe.d/blacklist.conf，然后添加blacklist acpi_pad。

开始使用方法1，解决了大多数机器power_saving死锁的问题，有些机器的整体负载还是会保持在10%以上，查看后发现还有部分power_saving进程，采用方法4，问题得以解决。

 

参考资料：

1. http://serverfault.com/questions/356962/where-are-the-default-ulimit-values-set-linux-centos
2. http://www.cnblogs.com/jishilei/archive/2013/03/29/2988222.html
3. https://www.linuxwind.org/html/power_saving-thread-deadlock.html
4. http://en.community.dell.com/support-forums/servers/f/1466/p/19456558/20387384.aspx

原文地址：http://in.sdo.com/?p=586