转录组resequencing流程

重测序流程就是有参考基因组的流程，如果是真核生物一般使用tophat和cufflinks的组合方式，得到比对文件，可变剪切文件，组装转录本结果；

如果想得到某些条件下的新转录本，使用cuffmerge融合links得到的gtf文件，再用cuffcompare把融合的gtf跟参考gtf比较即可，但是！结果的classcode比较难以理解，需要比较强的生物学背景，博主理解的不一定对，也不想出糗就不写了。。。

差异表达分析使用cuffdiff，但是博主听很多人说它得到的差异基因太少，认为不准确，博主表示弱爆了。。。具体原因不解释，不过cuffdiff是有一定的适用范围，详见官网博主可不想翻译~~~

至于SNP分析要看实际覆盖的倍数，太高了最好去duplication。。。可分析的内容有editing和ASE，不过一个需要DNA一个需要父母本，当然也有方法来做只不过准确率稍微低一些而已。

可变剪切目前做的只有一些分类，比如ES，IR之类的，还有一种研究方向是找以前文献报道的新转录本进行覆盖度验证。

最后发张临时做的图表示一下流程~