Cytoscape
来源:互联网 发布:ubuntu 文本输入设置 编辑:程序博客网 时间:2024/05/16 13:40
[参考] http://bioinformatics.dxy.cn/bbs/topic/19532835?tpg=13&age=0
想对网络节点涂上不同的颜色,老师说手动涂,70多个节点, 情何以堪?我觉得软件的设计者,肯定考虑到这样的情况,一定有办法的,于是就去查找资料,做试验,终于成功了,其实很简单。
Cytoscape里面,利用File --> Import -->Network from table(Text/MS Excel)只能导入边的属性,即边的两个端点,边的类型等等,不可以导入顶点属性,如果要给顶点涂不同颜色,肯定是针对点属性的。
1、构建了一个简单的小网络文件dat.sif,内容如下:
node1 pp node2 node3 node4
node2 pp node3 node5 node8
node4 pp node6 node8
node7 pp node8
表示 1与2,3,4相连,2与3,5,8相连,4与6,8相连,7与8相连,中间用空格隔开(默认的分隔符,是\t 即tab键)
导入, File --> Import -->Network(multiple file types) --> Local 选择文件-->Import,出现一个简单的图,改变一下布局,选择 Layout -->Cytoscape Layouts --> Spring Embedded,ok,图好看一点了。
2、导入node的属性,构建一个node.txt文件,内容如下:
node1 1
node2 0
node3 0
node4 1
node5 1
node6 0
node7 1
node8 0
表示 1,4,5,7是一类,其他为另一类,node与标记中间用空格隔开,选择File-->Import-->Attribute from table(Text/Ms Excel)-->选择文件,并勾选Show text File Import Options 勾选 Space,点击Import,好了属性导入进去了。
选择Visual Mapping Browser 中Node Visual下 Node Color, MappingType 选Discrete Mapping, 0 右边选蓝色, 1右边选红色,好了,颜色变了,见下图。^_^
最后将图片导出,选择File --> Export -->Current Network View as graphics --> Format 选jpeg 确定--> Zoom 填200%-->OK
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