Ubuntu12.04安装OmpSs环境
来源:互联网 发布:电动机绕组数据大全 编辑:程序博客网 时间:2024/06/06 03:55
此篇博客是接着上两篇的内容
目的是为了实现OmpSs环境以及DLB环境的搭建
前两篇的内容在这里
分别是关于在NVIDIA双显卡环境下ubuntu12.04的CUDA以及OpenCL的搭建方法
地址在这里
http://blog.csdn.net/xianbt/article/details/18871851
http://blog.csdn.net/xianbt/article/details/18894597
为了实现DLB的搭建,我们需要
MPI+OmpSS环境
现在先开始安装OpenMPI
看了看README
发现可以先安装hwloc,所以我先安装了hwloc-1.4.2
./configure --prefix=/usr/local/hwloc-1.4.2
make
make install
现在开始安装OpenMPI
www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/
下载源码包
./configure --prefix=/usr/local/openmpi-1.6.5 --with-hwloc=/usr/local/hwloc-1.4.2
make
make install
然后配置一下环境变量就可以使用了
在~/.bashrc中加上这这个命令
export OPENMPI=/usr/local/openmpi-1.6.5
export LD_LIBRARY_PATH=$OPENMPI/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$OPENMPI/bin:$PATH
然后执行source ~/.bashrc
注意在root和你自己的用户中的bashrc中都要加上才好
安装好了以后
现在测试一下是不是能用
cd example
make
mpirun -np 4 hello_c
可以看到程序正常执行了
到这里OpenMPI安装成功
接下来就是比较困难的了
要安装OMPSs
这里主要是按照这个网站进行配置的
http://pm.bsc.es/ompss-docs/user-guide/installation.html#installation-of-nanos
首先下载需要的安装包
首先安装extrace
下载安装包
http://www.bsc.es/computer-sciences/performance-tools/downloads
并且编译,在这里会遇到非常多的依赖问题
成功了最好
不成功也不影响下面的继续安装
这里是一些依赖关系
Dependencies: libxml2 2.5.0; libunwind for linux x86/x86-64/ia64/ARM.
Optional: PAPI; DynInst; liberty and libbfd; MPI; OpenMP
先安装
libunwind
./configure --prefix=/usr/local/libunwind-1.1
make
make install
再安装libxml2 2.5.0
apt-get install libxml2
接下来安装
dyninst
这个的安装可以安装这个
apt-get isntall vargrind
其它的都不用安装了
是这样配置的
./configure --prefix=$TARGET --without-papi --without-liberty --without-libbfd --without-openmp --with-mpi=/usr/local/openmpi-1.6.5 --without-libz --with-unwind=/usr/local/libunwind-1.1 --without-dyninst --with-cuda=/usr/local/cuda-5.5 --with-opencl-include=/usr/include/CL --with-opencl-lib=/usr/lib --with-hwloc=/usr/local/hwloc-1.4.2
make
make install
不出意外是可以成功的
但是配置有问题,说是没找到xml2-config
所以
再安装
apt-get install xml
apt-get install libxml2-dev
再进行一次配置
又出问题了
说是要安装这个
apt-get install binutils-dev
再进行一次配置
最后的配置结果
Package configuration for Extrae 2.4.1:
-----------------------
Installation prefix: /usr/local/ompss
Cross compilation: no
CC: gcc
CXX: g++
Binary type: 64 bits
MPI instrumentation: yes
MPI home: /usr/local/openmpi-1.6.5
Fortran decoration: 0 underscores
peruse available? no
mixed C/Fortran libraries? no
shared libraries? yes
1-sided operations? yes
MPI I/O operations? yes
PACX instrumentation: no
OpenMP instrumentation: yes
pThread instrumentation: yes
CUDA instrumentation: yes, through LD_PRELOAD
CUDA home : /usr/local/cuda-5.5
OpenCL instrumentation: no
Performance counters at instrumentation: no
libbfd available: yes (/usr)
libiberty available: yes (/usr)
zlib available: no
libxml2 available: yes (/usr)
BOOST available: no
callstack access: through libunwind (/usr/local/libunwind-1.1)
Dynamic instrumentation: no
Optional features:
------------------
On-line analysis: no
Clock routine: POSIX / clock_gettime, library in /lib/x86_64-linux-gnu/librt-2.15.so
Heterogeneous support: no
Parallel merge: yes
然后
make
但是make这里出了问题
大概原因是
这里/usr/lib/libmpi.so这些库用不了了,所以我们需要重新把他们链接到/usr/local/openmpi-1.6.5/lib里面
的libmpi.so文件上,对应修改一下就好了
修改了一下,现在又可以继续编译了,以后再遇到有关
/usr/lib/libmpi.so等这些问题的时候就到这里来更改就好了
make成功后
执行
make install
到这里就安装成功了extrace
然后是安装
nanos++
注意安装extrace成功以后在接下来的安装中不要忘记传递这个
flags
--with-extrace=$TARGET
首先确定一下环境要求
主要是确定有cuda
按照下面的步骤进行配置
./configure --prefix=$TARGET --with-extrae=$TARGET --with-cuda=/usr/local/cuda-5.5 --with-opencl-include=/usr/include/CL --with-opencl-lib=/usr/lib --with-hwloc=/usr/local/hwloc-1.4.2
make
make install
到此
nanos++也安装成功了
现在开始安装mercurium
首先看看是否满足环境要求
首先安装
apt-get install bison
apt-get install flex
apt-get install gperf
apt-get install sqlite3
apt-get install libsqlite3-dev
现在开始安装mercurium
./configure --prefix=$TARGET --enable-ompss --with-nanox=$TARGET --enable-nanox-fpga-device --with-nanox=$TARGET --with-cuda=/usr/local/cuda-5.5 --with-mpi=/usr/local/openmpi-1.6.5
错误提示:
configure: error: Fortran compiler not found
安装
apt-get install fortran-compiler
apt-get install git
再配置
配置结果如下
* Tools configured:
Flex : flex
GNU bison : bison
GNU gperf : gperf
git content tracker: (not found)
SQLite 3 cflags:
SQLite 3 libs: -lsqlite3
nVidia CUDA compiler : /usr/local/cuda/bin/nvcc
Intel C compiler: (not found)
Intel C++ compiler: (not found)
Intel Fortran compiler: (not found)
IBM XL C compiler : (not found)
IBM XL C++ compiler : (not found)
IBM XL Fortran compiler : (not found)
* Default type environment : linux-x86_64
Host supports __float128 and quadmath.h : yes
Host supports __int128 : yes
SIMD Support: SSE4.2 (SVML not detected)
Intel Xeon Phi compilation support: no
Intel Xeon Phi remote device used for testing: no
Fortran tests enabled: yes
* TL Examples will be built : no
* Nanos++ OpenMP : yes
Nanos++ includes : /usr/local/ompss/include/nanox
Nanos++ libraries: /usr/local/ompss/lib
Nanos++ tests regions support:
* Intel OpenMP RTL : no
MPI testing enabled: no
GPU testing enabled: yes
OpenCL testing enabled: yes
* OpenMP static profile mode: no
* Optional phases :
Vectorization build and install disabled
Analysis build and install enabled
make
make install
修改一些环境变量
export $PATH=$TARGET/bin:$PATH
source ~/.bashrc
对root和自己用户都执行一次就可以了
最后还有DLB的安装
./configure --with-mpi=/usr/local/openmpi-1.6.5 --prefix=/usr/local/dlb-1.0 --with-hwloc=/usr/local/hwloc-1.4.2
这里hwloc是必须的
DLB 1.0 configuration summary
=============================
Installation prefix : /usr/local/dlb-1.0
Debug version : yes
Instrumentation version : yes
Instr + debug version : yes
Extra Packages:
* MPI CONFIGURED: yes
MPI home: /usr/local/openmpi-1.6.5
MPI includes: /usr/local/openmpi-1.6.5/include
MPI libs: /usr/local/openmpi-1.6.5/lib, -lmpi
* HWLOC CONFIGURED: yes
HWLOC home: /usr/local/hwloc-1.4.2
HWLOC includes: /usr/local/hwloc-1.4.2/include
HWLOC libs: /usr/local/hwloc-1.4.2/lib, -lhwloc
make
make install
到这里就算安装完成了,关于环境测试明天再进行
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