Debian系统安装与设置备忘

来源：互联网发布：windows查看本机端口编辑：程序博客网时间：2024/06/05 04:20

1 系统安装

CPU： Intel 4核；物理内存：8G；硬盘3块，分别为XP系统盘(250G)、数据交换盘（两个NTFS分区，1T）和Linux盘（1T）。

1.1 下载 Debian iso-cd xfce 安装盘

以前在很长一段时间内使用Gnome或KDE桌面系统，但发现系统死机较多，自从换了Xfce后就没发生过这样的事情。原来华丽的桌面要付出的代价是很大的。对信息分析的来说，稳定才是硬道理，从此不碰Gnome和KDE（Linux系统的名声都被它们败光了）。

1.2 使用iso映像文件制作U盘安装盘。在Debian下可以按照用两个命令完成：

查看U盘设备名称

sudo fdisk -l

非常重要：命令执行前必需确认设备名称是否合适，否则将导致目标盘的数据无法恢复！！！

制作启动盘。上一步如果查看到U盘名称为 /dev/sdc，则

## cat debian-xxxx.iso > /dev/sdc## cat 命令不安全，也经常失败，建议使用dd命令sudo dd if=debian-xxx.iso of=/dev/sdc

1.3 安装选择U盘安装方式，过程基本自动化，略过

虚拟内存（交换分区）设为40G。

2 基本系统设置

2.1 安装sudo把用户加到sudo组

suapt-get install sudoadduser zhao sudo

'zhao'为登录用户名，应该要重启才能使用sudo

2.2 声卡驱动

电脑唯一没工作的是声卡，无声，启动时出来一大堆这玩意：

amixer: Mixer hw:0 load error: Invalid argument

只说参数无效，应该不是没驱动。狗了一下，发现有牛人解决了。编辑/etc/modprobe.d/alsa-base.conf：

注释掉： options snd-hda-intel model=auto
加入一行： options snd-hda-intel model=generic

另外还有混音问题，提示[warn] PulseAudio configured for per-user sessions … (warning)：

sudo apt-get install pulseaudiosudo mousepad /etc/default/pulseaudio

修改：

PULSEAUDIO_SYSTEM_START = 1

重启后再无警告信息（希望如此）。

2.3 Windows NTFS分区自动挂载和权限设置

查看分区名称

sudo fdisk -l

本机有三个硬盘，/dev/sda 各分区为 ext4等Linux格式，安装时已设置；/dev/sdb 有一个NTFS分区sdb1；/dev/sdc 有两个分区要挂入使用，为 sdc1和sdc2，均为NTFS分区。

在 /media 目录下建立相应到挂载目录

sudo mkdir /media/Disk_Datasudo mkdir /media/Win_XPsudo mkdir /media/Win_Softs

将以下设置放到 /etc/fstab 文件中：
- uid为挂载的所有者用户名，gid为挂载的群组名
- umask=007 屏蔽除挂载用户外的其他用户的所有权限；umask=227 屏蔽所有者及其群组用户的修改权限

/dev/sdb1 /media/Disk_Data      ntfs    defaults,users,umask=007,uid=zhao,gid=zhao0 2 /dev/sdc1 /media/Win_XP        ntfs    defaults,users,umask=227,uid=zhao,gid=zhao0 2 /dev/sdc2 /media/Win_Softs      ntfs    defaults,users,umask=007,uid=zhao,gid=zhao0 2

2.4 用户bash环境PATH变量设置

新建或编辑 ~/.bash_profile 文件，使其内容为：

if [ -f ~/.profile ]; then    . ~/.profilefi

新建或编辑 ~/.profile 文件，添加路径到 $PATH 变量, 如:

PATH = $PATH:"~/my/bin";export PATH

重启即可。也执行以下命令立即使用刚设置的PATH变量

source ~/.profile

2.5 xfce文件管理器右键菜单设置

打开文件管理器“编辑”-“配置自定义动作”，新建动作，前两项任意，在“命令”中填入：
exo-open --working-directory %f --launch TerminalEmulator
“出现条件”中选“目录”，确定即可。

2.6 flashplay安装

从Adobe下载、解压缩

tar zxvf install_flash_player_11_linux.x86_64.tar.gz

解压缩后的目录有两个文件：libflashplayer.so和readme.txt，一个目录usr。将文件拷贝到相应目录：
cp libflashplayer.so ~/.mozilla/plugins/sudo cp -r usr/* /usr/
以上仅解决了firefox的问题，对于google chromium还得多做一步：
sudo cp libflashplayer.so /usr/lib/chromium/plugins/
Firefox会有flash崩溃问题，用google chrome没有。慢慢习惯chrome了，不再折腾Firefox

2.7 Sun Java 安装

参考：https://wiki.debian.org/JavaPackage

安装java-package工具包（contrib源）
下载合适的Sun JDK版本
制作Debian安装包： make-jpkg jdk-7u45-linux-x64.tar.gz
安装上一步做好的二进制包：dpkg -i oracle-j2sdk1.7_1.7.0+update45_amd64.deb
更新系统默认Java版本。步骤如下：

update-alternatives --display javasudo update-alternatives --config java

如果不合适可以使用下面命令恢复到默认值：

sudo update-alternatives --auto java

2.8 安装 Texlive

直接在新立德软件包管理器中选装，文件较大，最好设置代理服务器。

3 字体安装与设置

本部分的原内容已删除，因为现在Linux的字体配置相当简单，只要你能获得字体文件并把它们放到合适的位置，如/usr/share/fonts，系统就能通过FontConfig自动找到和使用它们。对，是自动，因为FontConfig每隔一段很短时间就重新扫描字体目录和相关配置。

4 常用工具软件安装与设置

4.1 新版 Emacs 安装和配置

编译安装Emacs
这个比较麻烦一些，需要自己编译。
- 下载Emacs源代码： http://ftp.gnu.org/gnu/emacs
- 解压缩后在源代码目录下执行 ./configure，一般都缺少一些必要库文件，用新立得软件包管理程序安装：
  - gtk++：可选 libgtk-3-dev
  - libxpm-dev
  - libtiff：可选 libtiff5-dev
  - libpng-dev
  - libgif-dev
  - libtinfo-dev
  - Emacs编译依赖的其他包
- 多次执行 ./configure，按照提示补充安装依赖包直到没有错误提示
- 执行： make
- make结束后在终端输入 src/emacs -Q，如果emacs能够运行就算make成功了
- 执行： sudo make install，把emacs安装到系统，重启后在“活动”-“应用程序“-”编程“组程序中应该可以看到Emacs的启动图标，把它拖到收藏夹方便使用。
更新Org-mode
- 删除 /usr/local/share/emacs/24.3/lisp/org 文件夹
sudo rm -rf /usr/local/share/emacs/24.3/lisp/org
- 在Emacs中执行 M-x package-install，输入需要安装的软件包名称 org，等待下载完毕
- 在 ~/.emacs.d/elpa 目录下找到 org 程序文件夹如：org-20130624，在.emacs文件中使用add-to-list 'load-path 和 require 的方式载入org

4.2 chromiun

直接从新立德软件包管理器安装

4.3 VirtualBox安装和设置

参考 https://www.virtualbox.org/wiki/Linux_Downloads 安装vbox主机
下载并安装和host版本对应的 Oracle VM VirtualBox Extension Pack
将当前用户添加到vboxusers, 这是成功使用USB的关键步骤之一!
sudo adduser zhao vboxusers
Win7虚拟机与Debian主机共享文件夹
很简单, 在vbox中设置"共享文件夹", 比如共享名称为share的文件夹(原名称不重要), 在客户机中使用 net use m: \\vboxsvr\share 即可

4.4 JabRef安装与更新

在新立得软件包管理器中安装JabRef
从sourceforge下载最新稳定版JabRef（jar文件），放到合适位置
删除/usr/share/jabref目录中下的JabRef文件

建立软链接到新版JabRef文件

sudo ln -s ~/Linux/bin/JabRef.jar /usr/share/jabref/JabRef-2.7b.jar

5 wine及常用windows软件安装

为什么还要用Windows软件？被逼无奈。Android系统推出没几年，几乎拥有了Windows下的所有应用软件，但普通用户的Linux上没太大的商业利益，唯利是图目光短浅的公司尤其是中国公司当然不会去开发Linux版的应用。网银被盗天天有，人们还是坚持使用Win软件，真怀疑MS、银行和盗匪是一家。这些公司倒不用评论了，连国家自然科学基金的申请都捆绑到MS OFFICE系统，这让人怀疑中国到底还有没有科学。无奈，还是无奈……

5.1 步骤

amd64系统需要先支持i386架构

sudo dpkg --add-architecture i386sudo apt-get update

安装contrib软件winetricks和其他依赖的软件包
下载新版wine源代码
1. 安装依赖软件包
  - flex
  - bison
  - libx11-dev:i386
  - libfreetype6-dev:i386
2. AMD64系统gcc支持32位编译
  - gcc-multilib
  - g++-multilib
3. 编译wine源代码（时间比较长，耐心等待）
  解压缩后进入源代码目录，用推荐工具安装：
  ./tools/wineinstall
拷贝一些必要字体到c:\windows\Fonts下，否则出来全是乱码
使用winetricks安装msxml3.msi、riched20.dll
winetricks - -gui
然后选择msxml3安装
安装office，设置msctf.dll, riched20.dll为原装

5.2 测试通过的软件（Debian 7.3 wheezy）

MS OFFICE 2007
Foxit Reader
winrar
有道词典（仅用屏幕取词功能）
Endnote：基本可用，但不能导入文献到word

MS office和Foxit PDF浏览器是用wine的主要原因。前者不用说，用Foxit是因为Linux下的PDF浏览器虽多，但注释功能比较全的还没发现。

6 R语言相关软件安装

6.1 安装依赖包

rJava依赖包
- libcurl4-openssl-dev
- libxml2-dev
- default-jre
- default-jdk
GIS库软件和应用（文件和投影）
- libgeos-dev
- netcdf-bin
- libnetcdf-dev
- proj-bin
- libproj-dev
- gdal-bin
- libgdal-dev

6.2 安装ActiveTcl

需要单独下载并从命令行进行安装，解决诸如install.packages等函数无法弹出图形界面的问题。

6.3 安装 R 3.0.1

按照 CRAN 的说明，在新立得软件包管理器中添加软件源：
```
deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/debian wheezy-cran3/
```
刷新后即可看到 R 3.0.1 的相关软件包，安装即可。

6.4 安装 Bioconductor 软件

在终端运行： sudo R
- 如果不安装到系统，直接运行 R 即可
获取 bioclite 函数

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

更新安装程序

biocLite("BiocUpgrade")

接下来就可以像在Windows系统中一样安装 bioconductor 的软件包了。一些软件包需要rJava安装，比较难搞定，需要先安装jre和jdk：
- default-jre，这个一般都已经有
- default-jdk，这个不一定有

6.5 Rtudio安装

下载Rstudio的Debian安装包用dpkg -i命令安装

7 MatLab安装

用过Linux版的MatLab你不会再想用Windows版，不管是安装速度还是运行速度，都不是一个数量级的。没钱，不得已还是用了D版。2012a，网上找，用户权限安装到自己的目录，设置完成后可永久使用，即使重装系统（home目录不变）也不用再装MatLab，真正的好。装好后没有图标，自己做一个：

[Desktop Entry]Name=MatLabComment=MatLab 2012aExec=/home/zhao/Linux/bin/MatLab/bin/matlab -desktopIcon=/home/zhao/Linux/bin/MatLab/X11/icons/matlab64c_icon.xpmTerminal=falseType=ApplicationCategories=Development;Science;Math

文件名为Matlab.desktop，放到 ~/.local/share/applications 目录下，保存后会在“开发”组软件栏中看到它。

8 其他生物信息学软件安装与设置

8.1 使用apt-get直接安装以下软件

sudo apt-get install blast2 emboss jemboss clustalw clustalx treeviewx njplot primer3 samtools squizz glam2 bwa bowtie2 sbcl

8.2 WWWBLAST配置

安装blast2
下载wwwblast-2.2.26-x64-linux.tar.gz或其他版本，放到/var/www文件夹中
解压缩到blast目录
tar -xvpf wwwblast-2.2.26-x64-linux.tar.gz
参数p保留原文件属性，这是必要的。
安装csh
sudo apt-get install csh

修改/etc/apache2/site-enabled/000-default文件，添加以下内容：

<Directory "/var/www/blast">AddHandler cgi-script cgi REALOptions Indexes FollowSymLinks MultiViews +ExecCGIAllowOverride NoneOrder allow,denyallow from all</Directory>

删除 blast/db目录下的演示文件，拷贝你的FASTA文件到此目录（用软链接似乎不行）
formatdb格式化db目录下的FASTA库文件

修改blast目录下的blast.rc文件，把数据库文件该成自己的库文件名。例如：

blastn CB_Trinity TAIR10_cdna_20101214blastp TAIR10_pep_20101214blastx TAIR10_pep_20101214tblastn CB_Trinity TAIR10_cdna_20101214tblastx TAIR10_pep_20101214

修改blast.html文件，做blast.rc文件相对应的修改。如：

<select name = "DATALIB">    <option VALUE = "CB_Trinity"> Chorispora bungeana (Trinity)     <option VALUE = "TAIR10_cdna_20101214"> TAIR10 cDNA 20101214    <option VALUE = "TAIR10_pep_20101214"> TAIR10 Peptides</select>

如果需要用其他的程序，对.rc文件和.html文件做相应的修改即可
重启apache服务，在浏览器打开 http://localhost/blast/blast.html
拷贝一个图像文件到/var/www目录下，改名为favicon.ico，你的网站图标就是它了。

8.3 WMD3安装

按照 http://wmd3.weigelworld.org/ 的说明下载和安装，ViennaRNA使用1.8.1版。apt源中已经没有libcgi-application-plugins-perl，运行sudo apt-get install libcgi-application-plugins-perl后会提示该安装些什么，如果觉得不保险就把libcgi-application-plugin-***-perl库文件全部安装。

如果配置正确，提交设计任务后在终端用 tail -f /var/log/designer_log 查看日志时会看到文件不断在更新，比如：

2014/04/11 20:43:35 INFO> child 25570 terminated with status 0
2014/04/11 20:43:35 INFO> child 25573 terminated with status 0
2014/04/11 20:43:37 INFO> child 25581 terminated with status 0
2014/04/11 20:43:37 INFO> child 25584 terminated with status 0
运行结束后系统自动发送邮件。如果系统没有正确配置邮件服务器将无法发送邮件，但是可以获取结果，方法有二：

1、在Designer页面再次输入相同的信息，确定后马上出来结果。

2、直接输入网址，如：http://localhost/cgi-bin/wmd3/webapp.cgi?page=Designer;rm=show_results;id=7

只需要修改id编号。

0 0