使用R完成字符串的子字符串频率统计

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方法一   使用strsplit函数

a <- "aggcacggaaaaacgggaataacggaggaggacttggcacggcattacacggagg"b <- strsplit(as.character(a),"ag")length(b[[1]]) - 1  ##子字符串"ag"的出现个数

方法二   使用正则式函数

a <- "aggcacggaaaaacgggaataacggaggaggacttggcacggcattacacggagg"b <- strsplit(as.character(a),"ag")regexpr("ag",a)gregexpr("ag",a)gregexpr("a.g",a)attr(gregexpr("a.g",a)[[1]], "match.length")   #提取子模式长度

方法三  使用str_count函数

library(stringr)str_count("1212345", c("12", "23", "00"))

一个使用实例

计算a*g中间有0-5个任意字母的频率

library(stringr)str <- "aggcacggaaaaacgggaataacggaggaggacttggcacggcattacacggagg"n <- 0:5patterns <- sapply(n,function(i) {  paste0("a\\w{",i,"}g")})counts <- str_count(str,patterns)names(counts) <- ncounts