miRNA研究在线数据库

基因底层代码 

miRNA研究在线数据库，各种靶点预测软件，实验总结一目了然！ 1、starBase： 一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为 HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组 测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了 miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的 调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软 件的交集和调控关系。最新版本发布时间： 2013年11月。 网址：http://starbase.sysu.edu.cn/2、miRbase： 众所周知的microRNA基因注释数据库。目 前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软 件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时 间：2010年9月。 网址：http://mirbase.org/index.shtml3、ChIPBase: 整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨 microRNA的转录和转录后调控，构建转录因 子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发 布时间：2012年11月。 网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/4、Tarbase： 一个收集已被实验验证的microRNA靶标数 据库。最新版本发布时间：2009年1月。 网址：http://microrna.gr/tarbase/5、miRecords： 一个整合的microRNA靶标数据库。整合多 个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时 间：2010年11月。 网址：http://mirecords.biolead.org/6、targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻 动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶 标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域 大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时 间：2009年4月。 网址：http://www.targetscan.org/7、PicTar： 基于microRNA或microRNA靶标联合作用 等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假 阳性率也较低。是microRNA领域大牛 Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间： 2007年3月。 网址：http://pictar.mdc-berlin.de/8、PITA： 基于靶位点的可接性和自由能预测 microRNA的靶标。是著名的生物信息学家 Segal实验室开发的。最新版本发布时间： 2008年8月。 网址：http://url.cn/NVr95J9、RNA22： 基于序列特征预测microRNA的结合位点。 是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一 个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发 布时间：2007年。 网址：http://url.cn/Lm0yCM10、miRanda和microRNA.org： 是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研 究中心的研究人员开发的软件和数据库。 miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发 布时间：2010年8月。 网址：http://url.cn/RWfuQ411、MicroCosm： EMBL-EBI的Enright 实验室开发的 microRNA靶标数据库。最新版本发布时间： 2010年8月。 网址：http://url.cn/00L1eN12、miRTarBase： 整合实验证实的microRNA靶标的数据库。 最新版本发布时间：2010年10月。 网址：http://url.cn/KPzhmE13、miRGator v2.0： 整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息 的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。 网址：http://url.cn/NGMOJh14、MiRNAMap: 动物的microRNA基因及其靶标的数据库。 最新版本发布时间：2008年1月。 网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/15、miRDB: 动物microRNA靶标预测和功能注释数据 库。最新版本发布时间：2010年8月。 网址：http://mirdb.org/miRDB/16、RNAhybrid： 一个基于miRNA-target配对自由能预测 microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011 年6月。 网址：http://url.cn/Jxje3F17、miRGen： microRNA基因和microRNA靶标数据库。 最新版本发布时间：2007年1月。 网址：http://url.cn/PVYYEn