BED文件格式

BED 文件格式

       BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。每行的数据格式要求一致。

必须包含的3列：

   1.  chrom  -染色体名字(e.g. chr3，chrY, chr2_random)或scafflold 的名字(e.g.scaffold0671 ).

   2.  chromStart - 染色体或scaffold的起始位置，染色体第一个碱基的位置是0

   3.  chromEnd -染色体或scaffold的结束位置，染色体的末端位置没有包含到显示信息里面。例如，首先得100个碱基的染色体定义为chromStart =0 .chromEnd=100, 碱基的数目是0-99

9 个额外的可选列:

  4.   name - 指定BED行的名字，这个名字标签会展示在基因组浏览器中的bed行的左侧。

  5.   score   - 0到1000的分值，如果在注释数据的设定中将原始基线设置为１，那么这个分值会决定现示灰度水平（数字越大，灰度越高），下面的这个表格显示GenomeBrowser

 

shade         score in range  ≤ 166167-277278-388389-499500-611612-722723-833834-944≥ 945

 

 6.     strand -定义链的方向，''+” 或者”-”

  7.     thickStart - 起始位置（The starting position atwhich the feature is drawn thickly）(例如，基因起始编码位置）

  8.     thickEnd - 终止位置（The ending position at whichthe feature is drawn thickly）（例如：基因终止编码位置）　 

  9.     itemRGB  - 是一个RGB值的形式, R, G, B (eg. 255, 0,0), 如果itemRgb设置为'On”, 这个RBG值将决定数据的显示的颜色。

  10.  blockCount   - BED行中的block数目，也就是外显子数目

  11.  blockSize -用逗号分割的外显子的大小, 这个item的数目对应于BlockCount的数目

  12.  blockStarts  - 用逗号分割的列表, 所有外显子的起始位置，数目也与blockCount数目对应.

参考：http://http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1