fedora20上搭建MPI集群

来源：互联网发布：必赢客软件编辑：程序博客网时间：2024/06/06 07:30

因为计算需要，打算在几台fedora系统的服务器上搭建MPI集群，但是网上很多的搭建资料比较旧，所以在这里记录下我的搭建过程，希望给大家一点参考。

配置服务器，使它们可以相互识别

（1）设置IP，更改主机名为node1，node2，node3，node4，如图所示2-1所示：

主机名

节点1

Node1

192.168.0.164

节点2

Node2

192.168.0.145

节点3

Node3

192.168.0.151

节点4

Node4

192.168.0.118

以四台pc为例，为了方便，分别更改了四台机器的主机名为node1，node2，node3，node4，以第一台为例：得网络配置

（2）hostname node1 临时更改主机名，使得在当前系统马上实现。

（3）vim /etc/sysconfig/network 永久更改主机名，使得下次启动系统时使用

编辑内容为（最后一行就是要改的主机名）：

NETWORKING=yes

NETWORKING_IPV6=no

HOSTNAME=node1

（4）更改/etc/hosts文件

#vi /etc/hosts 打开hosts文件，更改如下：

127.0.0.1 localhost.localdomain localhost

192.168.0.164 node1

192.168.0.145 node2

192.168.0.151 node3

192.168.0.118 node4

创建SSH信任连接（在root目录下）

（1）在station1生成SSH秘钥对

#ssh-keygen -t dsa 产生.ssh文件，

#ls -a 查看是否有.ssh文件夹

（2）进入.ssh目录
#cd .ssh

（3）生成authorized_keys文件

#mv id_rsa.pub authorized_keys

（4）建立本身的信任连接

#ssh node1 按提示输入yes

（5）分别更改其他节点的hostname，/etc/sysconfig/network

（6）将生成authorized_keys文件scp给其他的节点

#scp -r ~/.ssh node2:/root/ 拷贝node1上的.ssh文件夹scp给node2

#scp /etc/hosts node2:/etc/ 拷贝node1上的hosts文件scp到node2上

设置node3，node4的方法与node2相同

（7）确认四台机器的信任连接已建立
对每个节点执行：

#ssh node1

#ssh node2

#ssh node3

#ssh node4

在提示处输入yes回车，最后确定无需输入密码并且没有任何提示信息即可登陆（"Last login:时间日期"提示信息除外）

安装MPICH2

在下载安装MPICH之前，先确定计算机上已经安装gcc,g++,以及Fertran，以fedora为例，安装步骤如下：

1.yum install gcc

2.yum install gcc-c++

3.yum install gcc-gfortran

(有人说需要 yum install compat-gcc-34-g77，但是如果只安装这个就会在下面的编译中出现问题，Fortran77与Fortran90不兼容错误，但是只需要安装gfortran就可以了，因为gfortran可以编译Fortran77和Fortran90）

下面正式安装MPICH2

（1）到MPICH官方网站下载源代码包，解压缩

#tar -zxvf mpich3-1-3.tar.gz

（2）进入mpich2解压目录

#cd mpich3-1-3

（3）编译并且指定安装目录

#./configure --prefix=/usr/local/mpi

（如果编译不通过，请仔细检查错误信息，确保依赖的包都下载安装成功）

（4）编译

#make

（5）安装

#make install

（6）进入hydra目录，安装hydra

注意新版的MPICH用的是hydra而不是mpd，网上很多帖子教如何不用hydra而用mpd，但其实hydra的安装是非常简单的，不需要绕远路去装mpd

#cd src/pm/hydra

#./configure --prefix=/usr/local/mpi

#make && make install

(除了目录名不一样，跟mpd一样只需要简单的编译就好了）

（7）退出到root目录

#cd

（8）配置hydra

配置hydra让他能够正常工作。首先hydra需要一个hosts文件，需要告诉hydra都有那些节点可用，每个节点都有几个CPU。我们在/etc下建立一个hydra目录，然后建立一个hosts文件（当然也可以建在别的地方）：

$ sudo mkdir /etc/hydra
$ sudo vi /etc/hydra/hosts

文件的结构如下：

# Some Comments
MainNode:8 # other comments
Node1:2
Node2:2

每行中由冒号（:）分隔的前半部分表示节点，可以使用节点名也可以使用IP地址，貌似不区分大小写；后半部分表示可用的CPU数量。注释用“#”前导。根据你的实际情况撰写hosts文件。

（9）通过编辑.bashrc文件修改环境变量，还有，我们需要告诉hydra hosts文件的位置

#vim .bashrc

在.bashrc文件添加几句话

# .bashrc

# User specific aliases and functions

alias rm='rm -i'

alias cp='cp -i'

alias mv='mv -i'

export PATH="/usr/local/mpi/bin:$PATH" #新增加的

export HYDRA_HOST_FILE="/etc/hydra/hosts" #新增加的，为hydra建立寻找路径

#Source global definitions

if [ -f /etc/bashrc ]; then

. /etc/bashrc

（10）测试环境变量设置

#which mpicc

#which mpiexec

#which mpirun

（没有mpd了，所以不用测试）

大功告成！至此MPI环境的搭建就结束了，下面我们来测试一下

测试

测试运行MPICH的圆周率的程序

在软件的安装包里有圆周率计算的原代码icpi.c,先编译成可执行文件

#cd /usr/local/mpich/install/examples/

mpicc cpi.c -o cpi

然后再执行

mpirun -n 4 ./cpi

-n指定了有几个进程，./别少加，它是指在当前路径下的意思

这下放心了，心里还有点小激动，确实是可以运行了，现在可以写自己的MPI程序了！

0 0