linux ubuntu12.04 下的 vasp 5.2 的安装方法

#ifort:parallel_studio_xe_2013_update2,可在官网：software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-download/下载，或者在百度网盘下载：http://pan.baidu.com/s/1o6sPd8m 。
#Intel 的 MKL
#VASP 5.2.2


##################安装过程#####################


一.环境包
1.以下软件需要自行安装
更新软件源：
sudo apt-get update


sudo apt-get install gfortran
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install libstdc++5
sudo apt-get install openjdk-6-jre-headless


以下为12.04系统默认自带，建议检查，使用g++ -v之类的代码；注意gcc和g++的版本应一致。
sudo apt-get install g++


参考:
1.http://blog.163.com/fj_ltls/blog/static/138027111201063184339602/
2.http://www.linuxidc.com/Linux/2012-07/65070.htm


以下视情况安装。
#安装amd64版本的编译器也需要一些32位库支持，使用命令安装：
    sudo apt-get install ia32-libs
    sudo apt-get install lib32stdc++6
    sudo apt-get install libc6-dev-i386
    sudo apt-get install g++-multilib


二.安装inter fortran compiler 2013
1.cd /home/txc/安装包/ifort
chmod -R +rwx /home/txc/安装包/ifort
2../install.sh
3.ENTER
4.view license,一路空格，最后accept
5.Alternative activation, use a license file, provide the full path, 输入：目录/lic文件名 （具体内容可能有出入）
6.可选择Typical Install全部安装，或只安装inter fortran composer, 安装包具体内容可参考说明文件。
7.目录已存在，因为里面放了刚才的lic文件，所以无所谓，overwrite yes。后面省略，安装完成。
8.加入环境路径，使用刚才提到的nautilus命令，打开主窗口，在主目录下（通常为/home/你的用户名，也就是打开终端时显示的路径)按ctrl+h,显示隐藏文件，打开.bashrc, 在最后插入


#64：
source /opt/intel/bin/ifortvars.sh intel64
source /opt/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64


（根据情况改代码目录，32位用ia32, 64位用intel64。intel文件夹中会有多个ifortvars.sh文件，bin目录下是一个索引之类的文件，composer_xe_2013.2.146目录下的则只有一句路径代码，选择bin下的也会指到composer_xe_2013.2.146去，所以选择哪个无太大关系。）
9.cd 主目录，source .bashrc （以后若出现 make：找不到ifort，gfortran 命令、文件之类的，再source .bashrc一下就好了）
10.验证：which ifort显示路径;
   测试：新建文本文档，文件名hello.f90，文本如下：
program main
write(*,*) "hello"
stop
end
终端输入：cd 目录，ifort -o hello hello.f90，运行./hello, 出现hello.


三.安装openmpi
1.下载:http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.8/
2.解压
  cd 主目录 /home/txc , source .bashrc
3.cd 安装包目录
4. ./configure --prefix=/home/txc/install/openmpi （自定义安装目录） F77=ifort FC=ifort
（若不加 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort ，则用gcc编译）
5. sudo make all install
6.在openmpi目录下新建一个openmpi.sh ，内容如下，目录自改


export MPI=/home/txc/install/openmpi
export PATH=$MPI/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$MPI/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=$MANPATH:$MPI/share/man
export INFOPATH=$INFOPATH:$MPI/share/man


然后在.bashrc最后插入
source /home/txc/install/openmpi/openmpi.sh
7.cd 主目录(/home/txc), source .bashrc
（路径加入bashrc后，每次启用当前账户都会自动添加路径，但每次切到root账户后需再次输入source .bashrc，否则会报gfortran 找不到文件 的错误）
检验：
1.$echo $PATH
     $echo $LD_LIBRARY_PATH
结果中显示有刚才的bin和lib路径则为配置成功
2.which mpirun
应显示/home/txc/install/openmpi/bin/mpirun 之类
  3.切换到普通账户，以免提示root账户会修改系统文件的问题
          cd /home/txc/install/openmpi-1.8.2/examples
          make
 mpirun -np 2 hello_c （2为双核）
应出现：
Hello, world, I am 0 of 2
Hello, world, I am 1 of 2


参考：
1.http://blog.sina.com.cn/s/blog_8f86de6b0101ayav.html


四.安装fftw
1.下载：http://www.fftw.org/
2.解压
3.cd 安装包目录
4. ./configure --prefix=/home/txc/install/fftw（自定义安装目录） --enable-mpi F77=ifort F90=ifort
5.make
6.sudo make install 
7.把fftw-3.3.4/api/fftw3.f拷贝到VASP.5.2文件夹下


参考：
1：http://wangzongguo122.blog.163.com/blog/static/291419122012111393011404/
2.http://www.linuxidc.com/Linux/2007-04/3529p2.htm




五.VASP设置
1.修改5.lib的makefile.linux_ifc_P4
FC=ifc 改为 FC=ifort  
FFLAGS = -O0 -FI 改为 FFLAGS = -O2 -FI
2.cd 主目录(/home/txc),source .bashrc
  cd lib目录
  cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
  make（成功应生成libdmy.a)


3.修改5.2的makefile.linux_ifc_P4
（没有提到的可保持原样，同个位置的blas 和lapack注意注释掉其它的同类项）
FC=ifc 改为 FC=ifort


FFLAGS =  -FR -lowercase -assume byterecl -heap-arrays 64


OFLAG=-O3 改为 OFLAG=-O3 -xhost -ip -funroll-loops


32：BLAS=-L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/ia32 -lmkl_intel -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core
64：BLAS=-L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core


32：LAPACK=-L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/ia32  -lmkl_intel  -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core
64：LAPACK=-L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core


若用vasp自带的fft:FFT3D   = fft3dfurth.o fft3dlib.o
若用fftw: FFT3D   = fftw3d.o fft3dlib.o   /home/txc/install/fftw/lib/libfftw3.a


FC=mpif77 改为 FC=mpif90




去掉以下代码的#
FCL=$(FC)


CPP    = $(CPP_) -DMPI  -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \


-Dkind8 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \ 改为 
-DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc \


-DMPI_BLOCK=8000 改为 -DMPI_BLOCK=500  \


BLACS=$(HOME)/archives/SCALAPACK/BLACS/
SCA_=$(HOME)/archives/SCALAPACK/SCALAPACK


SCA= $(SCA_)/libscalapack.a  \
 $(BLACS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a


LIB     = -L../vasp.5.lib -ldmy  \
      ../vasp.5.lib/linpack_double.o  \
      $(SCA) $(LAPACK) $(BLAS)


若用vasp自带的fft: FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dfurth.o fft3dlib.o 
若用fftw: FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o   /home/txc/install/fftw/lib/libfftw3.a
4.cd 主目录(/home/txc),source .bashrc
  cd 5.2目录
  cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
  make（成功应生成名为 vasp 的可执行程序)
5.运行vasp的命令（8为8核cpu）：
mpirun --allow-run-as-root -np 8 vasp


参考：
1.vasp 标准安装文档：
http://wenku.baidu.com/link？url=QKGImmk0_iKGpieLKAimZ1kqOI3d4Zw_KUhT9iW1Qm6ipc4TjiO9KF6_ZycoP66crMsEL_6pjj1mbII1C1U5IcB4aw_fj72Qte2OdTiKuy_
2.曙光HPC调试手册
http://www.docin.com/p-570224760.html
3.http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/Installing_VASP