BLAST-用python实现
来源:互联网 发布:个性围巾 知乎 编辑:程序博客网 时间:2024/05/19 07:11
最近在自学python,又用python实现了一下BLAST。
这次更新了打分函数如下,空位罚分改为-5,但不区分gap open 和 gap extend。
AGCTA2-7-5-7G-72-7-5C-5-72-7T-7-5-72运行结果:
无疑python对字符串的处理更加强大,语言也更加简单,优雅。比如最后逆序输出alignment,java我是单独写了一个逆序函数,而python只用一个语句就可以完成相同任务。
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