Mac OS 下编译安装Lammps

Homebrew里面有直接可安装的Lammps，但是使用的都是默认
参数。为了使用新的特性，这里选择使用gcc49 和MPICH3编译安装之。

1. Macport安装gcc49 并设置其为默认编译器 http://blog.csdn.net/majia_1990/article/details/43372287
2. 编译安装MPICH3.1.3
   a. 下载 http://www.mpich.org/static/downloads/3.1.3/mpich-3.1.3.tar.gz
   b. 编译 以及 安装 参见README
   注意： 一定要把homebrew里面安装的 OpenMPI 给删除了，否则虽然Lammps可以正常编译，但是运行 会 出问题. 参见 http://lammps.sandia.gov/threads/msg27656.html
3. 安装 fftw2.1.5 按照说明即可，Lammps还无法使用最新的fftw3
4. ###编译 Lammps###
   
   • make相关的文件在 src 和 src/MAKE/ src/MAKE/MACHINE src/MAKE/OPTIONS src/MAKE/MINE里面 ，而优先级从后往前。
   • 在 src 目录下直接 输入make，会给出所有的命令。我们使用命令定义自己要安装package
     bash
make package
make yes-all
make no-kim no-gpu no-user-cuda no-atc no-reax no-voronoi

     其中 gpu和cuda是因为本人电脑不支持。而其它因为链接的会出问题，也没找到解决办法这里索性不装了。
   • 接着进入 ../lib 下面把安装的包编译一下，具体编译参见README
   • 修改Makefile.mac_mpi，
     bash
CC = mpicxx
FFTW = fftw-2.1.5的安装路径
以及一些可能的库

   • src目录下，直接 make mac_mpi