R画corplot
来源:互联网 发布:数据恢复精灵激活码 编辑:程序博客网 时间:2024/06/01 08:11
相关性系数是判别两个样品之间相似度的一种度量方式,如果有多个样品,你打算看看他们之间的相似性,比较好的一种办法就是画corplot
这里给出来一个R语言的ggplot版本的方法,
install.packages("corrplot")
library(corrplot)
rna<-read.table("merge.xls",header=TRUE)
data<-subset(rna,sum1>0)
rnacor<-cor(data[2:7])
#这里用了col1的概念,其实是corplot官方说明文档上的一段代码,挺好用,大家也可以直接拷过去
col1 <- colorRampPalette(c("#7F0000","red","#FF7F00","yellow","white", "cyan", "#007FFF", "blue","#00007F"))col2 <- colorRampPalette(c("#67001F", "#B2182B", "#D6604D", "#F4A582", "#FDDBC7","#FFFFFF", "#D1E5F0", "#92C5DE", "#4393C3", "#2166AC", "#053061"))col3 <- colorRampPalette(c("red", "white", "blue"))col4 <- colorRampPalette(c("#7F0000","red","#FF7F00","yellow","#7FFF7F", "cyan", "#007FFF", "blue","#00007F"))wb <- c("white","black")par(ask = TRUE)
corrplot(rnacor,method="pie",shade.col="red",tl.col="red",tl.offset=0.8,tl.srt=45,order="hclust",addCoef.col="red")
corrplot(rnacor, method="square", col=col2(200),order = "hclust")
这里有一个挺有意思的事情,就是在算person相关性系数的时候,如果在过滤的过程中,把一行全部是0的行去掉,相关性系数会很低,如果把一行内最小值是0的都过滤掉,那么相关性系数就会很高,这个具体算法的取舍,因为皮尔逊相关系数在计算的过程中对0敏感,希望读者在具体项目中要加以注意,这里测试过一下,如果把0赋予一个比较小的值,其相关性系数还是比较低,这样来看应该是较小的数值对pearson系数构成了影响,直接把是0的过滤掉,相关性系数就很高啦。
数据:
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