使用Bioconductor下载GEO（Gene Expression Omnibus）上的数据

library(GEOquery)
gset <- getGEO("GSE46106", GSEMatrix =TRUE)


Found 1 file(s)
GSE46106_series_matrix.txt.gz
trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE46nnn/GSE46106/matrix/GSE46106_series_matrix.txt.gz'
ftp data connection made, file length 4110183 bytes
opened URL
==================================================
downloaded 3.9 Mb
 
File stored at: 
/var/folders/n4/11sc2xz13k56hl85z_h2rgq00000gn/T//RtmpBFQdpL/GPL570.soft


length(gset)


gset <- gset[[1]]


head(pData(gset)[,1:5])


load NCBI platform annotation


gpl <- annotation(gset)


platf <- getGEO(gpl, AnnotGPL=TRUE)


File stored at: 
/var/folders/n4/11sc2xz13k56hl85z_h2rgq00000gn/T//RtmpBFQdpL/GPL570.annot.gz
There were 30 warnings (use warnings() to see them)


ncbifd <- data.frame(attr(dataTable(platf), "table"))
eset <- exprs(gset)
head(eset[,1:5])
          GSM1123782 GSM1123783 GSM1123784 GSM1123785 GSM1123786
1007_s_at    10.1689    10.5247    10.8179    10.3539    10.4964
1053_at       9.6002     7.9436     9.8653     9.9733    10.1960
117_at        5.6808     5.0301     3.7654     2.7751     2.8179
121_at        4.2268     4.6148     4.6147     4.4977     4.6147
1255_g_at     2.1869     2.1869     2.1869     2.1869     2.1869
1294_at       2.1874     2.1874     2.1874     2.1874     2.1874


head(ncbifd[,1:5])
         ID                                  Gene.title Gene.symbol Gene.ID UniGene.title
1 1007_s_at discoidin domain receptor tyrosine kinase 1        DDR1     780          <NA>
2   1053_at replication factor C (activator 1) 2, 40kDa        RFC2    5982          <NA>
3    117_at        heat shock 70kDa protein 6 (HSP70B')       HSPA6    3310          <NA>
4    121_at                                paired box 8        PAX8    7849          <NA>
5 1255_g_at     guanylate cyclase activator 1A (retina)      GUCA1A    2978          <NA>
6   1294_at ubiquitin-like modifier activating enzyme 7        UBA7    7318          <NA>


接着是第二种。


library(GEOquery)


getGEOSuppFiles("GSE46106")
[1] "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE46nnn/GSE46106/suppl/"
trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE46nnn/GSE46106/suppl//GSE46106_RAW.tar'
ftp data connection made, file length 399247360 bytes
opened URL
===============================================
downloaded 380.8 Mb
 
trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE46nnn/GSE46106/suppl//filelist.txt'
ftp data connection made, file length 3308 bytes
opened URL
==================================================
downloaded 3308 bytes


setwd("GSE46106/")


dir()
[1] "filelist.txt"     "GSE46106_RAW.tar"
untar("GSE46106_RAW.tar")


files <- dir(pattern="gz$")
sapply(files, gunzip)
GSM1123782_2147TG11_U133plus2.CEL.gz GSM1123783_2147TG15_U133plus2.CEL.gz  GSM1123784_2147TG1_U133plus2.CEL.gz 
                            33380229                             32529207                             33390958 
 GSM1123785_2147TG6_U133plus2.CEL.gz  GSM1123786_2277TG1_U133plus2.CEL.gz  GSM1123787_2277TG9_U133plus2.CEL.gz 
                            33210730                             33082826                             33531908 
GSM1123788_2665TG15_U133plus2.CEL.gz  GSM1123789_2665TG1_U133plus2.CEL.gz  GSM1123790_2665TG6_U133plus2.CEL.gz 
                            32232774                             33380782                             33432878 
 GSM1123791_3104TG1_U133plus2.CEL.gz  GSM1123792_3104TG3_U133plus2.CEL.gz  GSM1123793_3107TG1_U133plus2.CEL.gz 
                            32850644                             32588606                             32584342 
 GSM1123794_3107TG5_U133plus2.CEL.gz  GSM1123795_3143TG1_U133plus2.CEL.gz  GSM1123796_3143TG5_U133plus2.CEL.gz 
                            33358932                             32369391                             32806108 
 GSM1123797_3204TG1_U133plus2.CEL.gz  GSM1123798_3204TG5_U133plus2.CEL.gz  GSM1123799_3561TG1_U133plus2.CEL.gz 
                            32557782                             33016324                             32883029 
 GSM1123800_3561TG5_U133plus2.CEL.gz  GSM1123801_3611TG1_U133plus2.CEL.gz  GSM1123802_3611TG5_U133plus2.CEL.gz 
                            33454274                             32657648                             33126603 
 GSM1123803_3613TG1_U133plus2.CEL.gz  GSM1123804_3613TG5_U133plus2.CEL.gz  GSM1123805_3807TG1_U133plus2.CEL.gz 
                            32581902                             33193826                             32791917 
 GSM1123806_3807TG5_U133plus2.CEL.gz  GSM1123807_3824TG2_U133plus2.CEL.gz  GSM1123808_3887TG1_U133plus2.CEL.gz 
                            33266865                             33078422                             32479022 
 GSM1123809_3887TG5_U133plus2.CEL.gz  GSM1123810_3904TG1_U133plus2.CEL.gz  GSM1123811_3904TG5_U133plus2.CEL.gz 
                            33291287                             32645537                             33425796 
 GSM1123812_3936TG1_U133plus2.CEL.gz  GSM1123813_3936TG5_U133plus2.CEL.gz  GSM1123814_3963TG1_U133plus2.CEL.gz 
                            32939923                             33317196                             32725410 
 GSM1123815_3963TG5_U133plus2.CEL.gz  GSM1123816_4013TG1_U133plus2.CEL.gz  GSM1123817_4169TG2_U133plus2.CEL.gz 
                            33276082                             33151406                             33167461 
 GSM1123818_4175TG1_U133plus2.CEL.gz  GSM1123819_4272TG1_U133plus2.CEL.gz  GSM1123820_4400TG1_U133plus2.CEL.gz 
                            33139829                             33111635                             33206021 
 GSM1123821_4400TG5_U133plus2.CEL.gz  GSM1123822_4664TG1_U133plus2.CEL.gz  GSM1123823_4849TG1_U133plus2.CEL.gz 
                            33026806                             33364390                             33300210 
 GSM1123824_4888TG1_U133plus2.CEL.gz  GSM1123825_4913TG1_U133plus2.CEL.gz 
                            33299396                             33207528 


filelist <- dir(pattern="CEL$")


library(affy)
library(annotate)
data <- ReadAffy(filenames=filelist)
affydb<-annPkgName(data@annotation,type="db")
require(affydb, character.only=TRUE)
eset<-rma(data,verbose=FALSE)
eset.e <- exprs(eset)


library(annaffy)
symbols<-as.character(aafSymbol(as.character(rownames(eset)),affydb))
genes<-as.character(aafUniGene(as.character(rownames(eset)),affydb))