perl函数substr

把DNA序列经过整合成一行，然后去除所有的空白字符以后，又把$DNA通过split函数变成了数组，然后进行统计，那有没有更好的办法呢？

其实perl里有一个函数，substr。

我们先来看一看这个函数的用法，substr是针对一个大字符串的操作符（The substr function works with only a part of a larger string )言外之意就是对一个很长的字符串，进行片段化处理，取其中的一部分。我们这里用到的就是这个特性。

$little_string =substr($large_string,$start_position,$length)

$小片段=substr（$大片段，$你要截取的小片段的起始位置，$你要截取的长度）

我们这里为了统计DNA中各种碱基的数量，所以要处理的字符串是一个碱基，所以我们要把$length设置为1。这样才能够满足我们的需求。

下面我们把修改过的代码写下：

[plain] view plaincopyprint?

1. #下面的程序是用来计算一段DNA序列中ATGC的数量的  
2.   
3. #首先定义四种碱基的数量为0  
4. $count_A=0;  
5. $count_T=0;  
6. $count_C=0;  
7. $count_G=0;  
8. #首先要先把序列进行合并成一行  
9.   
10. #先确定所要处理的文件的路径及文件名（在windows系统下面要按照这样的例子写  
11. #f:\\perl\\data.txt  
12. print "please input the Path just like this f:\\\\perl\\\\data.txt\n";  
13. chomp($dna_filename=<STDIN>);  
14. #打开文件  
15. open(DNAFILENAME,$dna_filename)||die("can not open the file!");  
16. #将文件赋予一个数组  
17. @DNA=<DNAFILENAME>;  
18.   
19. #以下两步要把所有的行合并成一行，然后去掉所有的空白符  
20. $DNA=join('',@DNA);  
21. $DNA=~s/\s//g;  
22.   
23.   
24. #然后依次读取字符串的元素，并对四种碱基的数量进行统计  
25. for ($position=0;$position<length $DNA;++$position)  
26. {  
27.     $base=substr($DNA,$position,1);  
28.     if ($base eq 'A')  
29.     {  
30.         $count_A=$count_A+1;  
31.     }  
32.     elsif ($base eq 'T')  
33.     {  
34.         $count_T=$count_T+1;  
35.     }  
36.     elsif ($base eq 'C')  
37.     {  
38.         $count_C=$count_C+1;  
39.     }  
40.     elsif ($base eq 'G')  
41.     {  
42.         $count_G=$count_G+1;  
43.     }  
44.     else  
45.     {  
46.         print "error\n"  
47.     }  
48. }  
49. #输出最后的结果  
50. print "A=$count_A\n";  
51. print "T=$count_T\n";  
52. print "C=$count_C\n";  
53. print "G=$count_G\n";  
54.   
55.       

得到的结果如下：

[plain] view plaincopyprint?

1. F:\>perl\a.pl  
2. please input the Path just like this f:\\perl\\data.txt  
3. f:\\perl\\data.txt  
4. error  
5. A=40  
6. T=17  
7. C=27  
8. G=24  
9.   
10. F:\>